京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Macで、DS_Storeとか、Rの隠しファイルをバッチファイル(.command)で削除するTips

はじめに

Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがあるのではないだろうか。

この記事では、シェル(sh)スクリプトのバッチ処理で、 DS_Storeとか、R関連の隠しファイルを削除するやり方を紹介する。

.commandのバッチファイルを作成する

まずは、任意のテキストエディタを使用して、 .commandの拡張子を持つターミナル実行のバッチファイルを作成する。

例えば、DS.commandとか、任意の名前をつける。

shスクリプトをコピペする

以下の#!/bin/bashから始まる、スクリプトをcommandファイル内にコピペする。

このスクリプトで、.commandファイルがあるディレクトリ下位の.DS_Store、.RData、.Rhistory、および.Rproj.userの隠しファイルが削除できる。

#!/bin/bash

MY_DIRNAME=$(dirname $0)
cd $MY_DIRNAME

du -a | grep .DS_Store | xargs rm -rf
du -a | grep .RData | xargs rm -rf
du -a | grep .Rhistory | xargs rm -rf
du -a | grep .Rproj.user | xargs rm -rf

exit

#!/bin/bashは、このスクリプトをbashで実行することを意味する。 MY_DIRNAME=$(dirname $0)の行で、ファイルがあるディレクトリパスをMY_DIRNAME変数に代入する。 cd $MY_DIRNAMEで、設定されたディレクトリに移動する。

du -a | grep .DS_Store | xargs rm -rf行の実行で、関連ファイルを削除する。 xargsは、その前の出力結果を受け取って、その次のrmコマンドの引数として受け渡すコマンドである。

また、grepのあとの引数を削除したい任意のファイル名の文字列に変えることで、 任意のファイルを削除できる。

.commandファイルに実行権限を与える

.commandファイルは、通常、ダブルクリックして実行するのだが、 作っただけだと、おそらく、実行権限がないとかで怒られるかもしれない。 そういうときには、chmod コマンドで、ユーザーに実行権限を与える。

例えば、DS.commandに実行権限を与えるには、ターミナルで以下のコマンドを実行する。

chmod +x DS.command

補足: chmodの使い方

chmodの使い方については、以下の記事も参考のこと。

skume.net

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その3

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。

en.wikipedia.org

この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だと思いましたので、このwikipedia記事の日本語訳を作成することにしました。

Microbiology / 微生物学

Structure / 構造について

f:id:skume:20211217004439p:plain
コロナウイルスの構造

コロナウイルスは、独特の表面突起を持つ、大きなほぼ球状の粒子である*1。 その大きさは非常に多様で、平均直径は80〜120 nmである。 極端なサイズとしては、直径50~200 nmが知られている*2。 総分子量は、平均で40,000 kDaである。 コロナウイルスは、多数のタンパク質分子で埋め尽くされたエンベロープに包まれている*3。 脂質二重層のエンベロープ、膜タンパク質、ヌクレオキャプシドによって、ウイルスが宿主細胞の外にいるときは保護されている*4

ウイルスエンベロープは、膜(M)、エンベロープ(E)、スパイク(S)の構造タンパク質が固定された脂質二重層で構成されている*5。 脂質二重層におけるE : S : Mのモル比は、約1:20:300である*6。 EとMタンパク質は、脂質二重層と結合して、ウイルスエンベロープを形成し、その大きさを維持するための構造タンパク質である*7。 Sタンパク質は、宿主細胞との相互作用に必要である。 しかし、ヒトコロナウイルスNL63は、Sタンパク質ではなく、 Mタンパク質が宿主細胞との結合部位を持つという特殊なタイプである*8。 エンベロープの直径は、85 nmである。 電子顕微鏡写真では、ウイルスのエンベロープは、明確な一対の電子密度の高い殻(ウイルス粒子の走査に用いられる電子ビームに対して比較的不透明な殻)として見える*9 *10

Genome / ゲノム

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SARS-CoVのゲノムとタンパク質

コロナウイルスは、ポジティブセンスの一本鎖RNAゲノムを持つ。 コロナウイルスのゲノムのサイズは、26.4から31.7kb(キロベース)である*11。 RNAウイルスの中では、コロナウイルスは最大級のゲノムサイズである。 ゲノムは、5' メチル化キャップと3' ポリアデニル [poly(A)] 化テールを持つ*12

コロナウイルスのゲノム構成は、5′-leader-UTR-リプリカーゼ(ORF1ab) - スパイク(S) - エンベロープ(E) - 膜(M) - ヌクレオカプシド(N) - 3′UTR - poly (A) テールとなっている。 ゲノムの2/3を占めるオープンリーディングフレーム 1a と 1b は、レプリカーゼポリタンパク質(pp1ab)をコードしている。 レプリカーゼポリタンパク質は自己切断して、16個の非構造タンパク質(nsp1-nsp16)を形成する*13

後半のリーディングフレームは、スパイク、エンベロープ、膜、ヌクレオキャプシドという4つの主要な構造タンパク質をコードしている*14。 これらのリーディングフレーム(ORF)の間に、 アクセサリータンパク質のORFが挟まれている。 アクセサリータンパク質の数とその機能は、 特定のコロナウイルス種に依存して独特である*15

Replication cycle / 複製サイクル

Cell entry / 細胞への侵入

f:id:skume:20211217004522p:plain
コロナウイルスのライフサイクル

ウイルスのスパイクタンパク質が、宿主細胞の受容体と相補的に結合することで感染が始まる。 ウイルスが付着後、宿主細胞のプロテアーゼが受容体に付着したスパイクタンパク質を切断し、活性化させる。 宿主細胞のプロテアーゼが利用可能かどうかに応じて、切断と活性化により、ウイルスはエンドサイトーシスまたはウイルスエンベロープと宿主膜の直接融合によって宿主細胞内に侵入する*16

*1:Goldsmith CS, Tatti KM, Ksiazek TG, Rollin PE, Comer JA, Lee WW, et al. (February 2004). "Ultrastructural characterization of SARS coronavirus". Emerging Infectious Diseases. 10 (2): 320–6. doi:10.3201/eid1002.030913. PMC 3322934. PMID 15030705. Virions acquired an envelope by budding into the cisternae and formed mostly spherical, sometimes pleomorphic, particles that averaged 78 nm in diameter (Figure 1A).

*2:Masters PS (2006). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research. 66: 193–292. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3. ISBN 9780120398690. PMC 7112330. PMID 16877062.

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*5:Lai MM, Cavanagh D (1997). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research. 48: 1–100. doi:10.1016/S0065-3527(08)60286-9. ISBN 9780120398485. PMC 7130985. PMID 9233431.

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*8:Naskalska A, Dabrowska A, Szczepanski A, Milewska A, Jasik KP, Pyrc K (October 2019). "Membrane Protein of Human Coronavirus NL63 Is Responsible for Interaction with the Adhesion Receptor". Journal of Virology. 93 (19). doi:10.1128/JVI.00355-19. PMC 6744225. PMID 31315999.

*9:Neuman BW, Adair BD, Yoshioka C, Quispe JD, Orca G, Kuhn P, et al. (August 2006). "Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy". Journal of Virology. 80 (16): 7918–28. doi:10.1128/JVI.00645-06. PMC 1563832. PMID 16873249. Particle diameters ranged from 50 to 150 nm, excluding the spikes, with mean particle diameters of 82 to 94 nm; Also See Figure 1 for double shell.

*10:Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. pp. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure.

*11:Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (August 2010). "Coronavirus genomics and bioinformatics analysis". Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. Coronaviruses possess the largest genomes [26.4 kb (ThCoV HKU12) to 31.7 kb (SW1)] among all known RNA viruses (Figure 1) [2,13,16].

*12:Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. pp. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure.

*13:Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. pp. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure.

*14:Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, et al. (August 2003). "Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage". Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMC 7159028. PMID 12927536. See Figure 1.

*15:Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". In Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. pp. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure.

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Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その2

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。

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この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だと思いましたので、このwikipedia記事の日本語訳を作成することにしました。

History / ヒストリー

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器官培養したコロナウイルスOC43の透過型電子顕微鏡写真

動物におけるコロナウイルス感染の最初の報告は、1920年代後半、北米において、家畜の鳥類で起こった急性呼吸器感染症であった*1。 1931年、Arthur Schalk と M.C. Hawn は、ノースダコタ州におけるニワトリの新しい呼吸器感染症について、初めて詳細な報告を行った。 生まれたばかりのヒナの感染は、あえぎ声と無気力によって特徴づけられ、40-90%の高い死亡率であった*2。 Leland David BushnellとCarl Alfred Brandlyは、1933年にこの感染症の原因となるウイルスを分離した*3。 当時、このウイルスは、伝染性気管支炎ウイルス(IBV)と呼ばれていた。 Charles D. Hudson と Fred Robert Beaudetteは、1937年に初めてこのウイルスの培養に成功した*4。 この標本は、ボーデット株と呼ばれるようになった。 1940年代後半には、さらに、2種類の動物コロナウイルス、脳疾患(マウス脳炎)を引き起こすJHMと、マウスに肝炎を引き起こすマウス肝炎ウイルス(MHV)が発見された*5。 当時は、この3つの異なるウイルスが関連しているとはまだ分かっていなかった*6 *7

ヒトコロナウイルスは、1960年代にイギリスとアメリカで2つの異なる手法で発見された*8 *9。 英国医学研究評議会のCommon Cold Unitで働く、E.C. Kendall、Malcolm Bynoe、David Tyrrellは、1961年にB814と名付けられた独特な風邪のウイルスを収集した*10 *11 *12。 このウイルスは、ライノウイルスやアデノウイルスなど既知の風邪ウイルスの培養に成功していた標準的な技術では培養することができなかった。 1965年、TyrrellとBynoeは、ヒト胚気管の器官培養にウイルスを連続的に通過させることによって、この新しいウイルスの培養に成功した*13。 この新しい培養方法は、Bertil Hoornによって研究室に導入された*14。 単離されたウイルスをボランティアに鼻腔内接種すると風邪を引き起こした。また、エーテルで不活性化されたことで、脂質エンベロープを持っていることが示された*15 *16。 シカゴ大学のDorothy Hamre*17とJohn Procknowは、1962年に医学生から新しい風邪を分離しました。彼らは、腎臓の組織培養でウイルスを分離・増殖させ、229Eと命名した。 この新型ウイルスはボランティアに風邪を引き起こし、B814と同様にエーテルで不活性化された*18

ロンドンのセント・トーマス病院に勤務する、スコットランド人・ウイルス学者June Almeidaは、Tyrrellと共同で、1967年にIBV、B814、229Eの構造を比較した*19 *20。 電子顕微鏡を使用して、3つのウイルスはその一般的な形状と特徴的な棍棒のようなトゲによって形態学的に関連していることが示された*21。 同年、国立衛生研究所の研究グループは、臓器培養を用いて、この新しいウイルス群の別のメンバーを分離することができ、そのうちの1つを(臓器培養のOCに因んで)OC43と命名した*22。 新型風邪ウイルスOC43は、B814、229E、IBVと同様に、電子顕微鏡で観察すると、クラブ/棍棒のような特徴的なトゲがあった*23 *24

IBVに似た、新型風邪のウイルスは、すぐにマウス肝炎ウイルスとも形態的に関連していることが示された*25。 この新しいウイルス群は、その特徴的な形態的外観から、コロナウイルス(王冠ウイルス、coronaviruses)と名付けられた*26。 ヒトコロナウイルス229EとヒトコロナウイルスOC43は、その後、数十年にわたり研究が続けられた*27 *28。 その間、コロナウイルスB814株は消失した。現存のどのヒトコロナウイルスであるかは不明である*29。 また、1960年代以降、多数の動物コロナウイルスが同定されてきた*30

その3に続く

skume.net

*1:Estola T (1970). "Coronaviruses, a New Group of Animal RNA Viruses". Avian Diseases. 14 (2): 330–336. doi:10.2307/1588476. ISSN 0005-2086. JSTOR 1588476. PMID 4316767.

*2:Fabricant J (1998). "The Early History of Infectious Bronchitis". Avian Diseases. 42 (4): 648–650. doi:10.2307/1592697. ISSN 0005-2086. JSTOR 1592697. PMID 9876830.

*3:Bushnell LD, Brandly CA (1933). "Laryngotracheitis in chicks". Poultry Science. 12 (1): 55–60. doi:10.3382/ps.0120055

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*6:"Il était une fois les coronavirus". Réalités Biomédicales (in French). 2020-03-27. Retrieved 2020-04-18.

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*12:"Obituary Notices: Malcom Byone". British Medical Journal. 2 (5660): 827–829. 1969-06-28. doi:10.1136/bmj.2.5660.827. S2CID 220187042.

*13:Tyrrell DA, Bynoe ML (June 1965). "Cultivation of a Novel Type of Common-Cold Virus in Organ Cultures". British Medical Journal. 1 (5448): 1467–70. doi:10.1136/bmj.1.5448.1467. PMC 2166670. PMID 14288084.

*14:Tyrrell DA, Fielder M (2002). Cold Wars: The Fight Against the Common Cold. Oxford University Press. pp. 93–95. ISBN 978-0-19-263285-2.

*15:Kendall EJ, Bynoe ML, Tyrrell DA (July 1962). "Virus isolations from common colds occurring in a residential school". British Medical Journal. 2 (5297): 82–6. doi:10.1136/bmj.2.5297.82. PMC 1925312. PMID 14455113.

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