京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-02-01から1ヶ月間の記事一覧

【LINUX/Macの基本コマンド①】 システム情報、CPU情報、メモリ情報を表示してみる

はじめに システム情報 CPU情報 メモリ情報の確認 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 はじめに このシリーズでは、LINUX/CentOSで使う、基本的なコマンドラインをまとめてみました。 第1回目として、ターミナルコマンドで、 システム情報、CPU情報、メモリ…

最近、CentOS7で、R言語のインストールでややハマった件

はじめに EPELリポジトリをダウンロードする リポジトリの有効・無効を調べる yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加する Rのセットアップ 参考資料 はじめに CentOS7でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。 結局、デフォルトのまま…

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョンのインストール python@3.8へとlinkを書き換える pythonとpip関連コマンドのエイリアス名を書き換える 補足 pythonの古いバージョンのインストール pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージ…

Mac Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンを「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせるTips

はじめに docker-compose 1.28.4 をGitHubリポジトリからダウンロード・インストール 【追記 2021/4/13】Mac docker-compose 1.26.2 を 1.27.4 にアップグレードする まとめ はじめに Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないという…

【R・ビッグデータ解析の処方箋】readLines、connection オブジェクトを使って、テキストファイルの1行ずつ読み込みを実行してみた件〜

はじめに 練習ファイルのダウンロード readLinesのダメな実行例 readLinesの実行コード例 まとめ R・ビッグデータ解析の処方箋 関連記事 R言語 お勧め書籍 補足 readLines関数で、10万行の同時読み込み 参考資料 はじめに 現状、数十GB・数百GBといった、…

Mac版 JAVAバージョン切り替えメモ : Java 14 から 12 への切り替え

Javaパスを切り替えるメモ書き 環境変数の設定に関する2パターンの方法 一時的な設定の場合 一時的な設定の場合 設定後の確認 Javaパスを切り替えるメモ書き Mac PC内に、Java 14 と 12 が混在している状況で、Java 14 からJava 12にパスを切り替えるメモ書…

R言語/Webスクレイピングで、Wikipediaページからテーブル情報を取得する 〜日経225、米国ダウ平均株価、S&P500、NASDAQ-100とかの銘柄リストを取得して、株価も見てみた件〜

はじめに 各銘柄リストのWikipediaページ、Rでの下準備 日経平均株価(日経225) 米国ダウ平均株価 30銘柄 (Dow Jones Industrial Average) NASDAQ-100 S&P500 S&P100 使用するパッケージの事前準備 Wikipediaページからの銘柄リストの取得 日経平均株価(日…

【SPARQLとオープンデータ】Curl コマンドで、MacターミナルからSPARQLクエリを実行してみる 〜Wikidata、大阪市オープンデータを扱ってみた件〜

はじめに curl コマンドを用いたSPARQL実行の基本形 実施例①-1: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの下位概念〜 実施例①-2: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの上位概念〜 SPARQL_Example01.command 実施例②: WikidataでのSPRQLクエリ …

【Rのジミ〜な小技シリーズ】フォルダ・ディレクトリの作成・削除・コピー・名前変更 〜フォルダが存在しない時にだけ作成を実行する〜

はじめに フォルダ・ディレクトリの作成・削除・コピー・名前変更 フォルダの作成・削除について フォルダのコピー・フォルダ削除(file.removeで消せない時の対応) フォルダ名を変更する 複数階層のフォルダを作成する フォルダが存在しない時にだけ、フォ…