京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-03-01から1ヶ月間の記事一覧

gtrendsRの使い方 と Googleトレンドの情報取得・可視化をやってみた件

はじめに gtrendsRなどの関連パッケージのインストール gtrendsの使い方 代表的な国コード gtrendsのシンプルな実行例 実行例(1)NASDAQのトレンドを国別で12ヶ月分取得して、折れ線プロットを描く 実行例(2)NASDAQ銘柄のトレンドを、米国(US)で12ヶ月…

R/Slack APIの諸設定、slackrの使い方、及びGoogle scholarで検索された新着論文情報を知らせるTips

はじめに : R版Slack API Salck API設定の手順 1. Slackのワークスペースに、任意のチャネルを作る。(必要なら) 2. Slack アプリを新規作成する 3. Incomming WebhooksをActiveにする 4. Bot User OAuth Tokenの取得、OAuth & Permissionsの設定 5. Slack ア…

【R・ビッグデータ解析の処方箋】Rで、10万ノードを超える大きなネットワーク図を描画するTips 〜 igraph::plot.igraphは使い物にならない件 〜

はじめに graphics::plot.defaultによるネットワーク図の作成例 グラフ・ノード数による描画時間の比較 実行時間の可視化 まとめ 参考資料 はじめに Rでのネットワーク図の作成では、igraph packageがよく使われる。 ただ、igraphによるネットワーク図の描写…

【Rでの文字列処理シリーズ(その2)】文字列ベクトルの連結と文字列長のカウント

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 【1】文字列ベクトルの連結 base::paste0 関数・ stringr::str_c 関数 stringr::str_c 関数 【2】文字列長のカウント base::nchar 関数 stringr::str_length 関数 ・ stringr::str_count 関数 補足 format…

【Rでの文字列処理シリーズ(その1)】テキストファイルの読み込み・文字列の分割

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について テキストファイルの読み込み について 【1】テキストファイルを1行ごと読み込んで、ベクトルにする。 【2】テキストファイルを文字列で読み込んで、ベクトルにする。 【3】テキストファイルを読み込んで…

MacOSXでやってはいけないコマンド実行、やったら初期化は逃れないかも 〜.DS_Storeファイルが邪魔なのですべて消してみた件〜

序章 Macでやってはいけないコマンド実行 序章 この記事の内容を実行してしまったばっかりに、 Mac PCのクリーンアップ(初期化)を余儀なくされても、 一切保証できるものではありませんので、あしからず。 先日、.DS_Storeファイルが無性に邪魔に感じて、 …

Mac PyMolで使う基本コマンドラインのまとめ

PyMOLは、オープンソースの分子グラフィックスツールである。 いまも、教育版(Educational-use-only PyMOL)は、以下のフォームで登録すれば、フリーで使用できるらしい。 pymol.org 少し前にまとめた資料であるが、PyMolコマンドのメモとしてアップしてお…

【R言語で作成するアニメーション】データ分布のアニメーション 〜正規分布編〜

正規分布に従うデータのアニメーション 実行したスクリプト 補足 累積分布関数 コルモゴロフ・スミルノフ検定 Q-Qプロット 正規分布に従うデータのアニメーション 正規分布に従うデータ(乱数)を、異なるサンプルサイズで準備して、 それらデータについて、…

文字コード変換のLINUXコマンド 〜文字化け変換、シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 UTF・BOM Unicodeエスケープ文字・パーセントエンコード文字 nkfコマンドの基本的な使い方 nkfコマンドでの文字コードの変換例 UTF-8からUTF-8(BOM付)への変換 Unicodeエスケープシーケンス形式を日本語文字に変換す…

RからのKaggleコマンド実行のTips 〜コンペ一覧・データセット取得・submitなどを一通りやってみた。Predictionはまた今度で編〜

はじめに Pythonの設定・configについて Kaggleコマンドの使い方 基本的な文法 【1】コンペ一覧の表示①: 全一覧の表示 【2】コンペ一覧の表示②: titanicで検索した一覧の表示 【3】コンペ・ランキングの表示: titanic 【4】コンペ・データセットの表示: …