京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-09-01から1ヶ月間の記事一覧

R/rvestを使って、Google画像検索で画像サムネイルを取得して、機械学習・ディープラーニング用の4次元アレイデータに変換するTips

はじめに パッケージの準備 画像の取得・変換を行う関数の定義 事例1: 「ペルシャ猫」をクエリとした画像検索の結果 事例2: 「広末涼子」をクエリとした画像検索の結果 Webスクレイピングについての関連図書 まとめ 作成したスクリプト English page (Google…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その3】敵対的生成ネットワーク (GAN)による教師なし画像生成(image generation)をやってみた件

はじめに 関連パッケージのインストール・ロード ministデータセットをダウンロードする 7のみのデータを抽出して、アレイ形式に変換してノーマライズする 生成器モデル (1) Generatorモデル (生成器モデル)の作成(1) Discriminatorモデル (識別器モデル)の…

Google検索で、rpubs.com サイト内を検索するTips ~自分のサイトとか指定したWebサイトでも可能~

rpubs.comは、 RのMarkdownドキュメントなどをWeb共有するサイトである。 rpubs.com自体には、検索機能が実装されていないので、 サードパーティアプリから検索する必要がある。。。 Google検索で、rpubs.com サイト内を検索する場合には、 例えば、「site:r…

Bioconductor/BioImageDbsパッケージの使い方〜深層学習用の画像アレイデータを取得する〜

画像アレイデータを提供するexperimentHubパッケージ BioImageDbsのインストール BioImageDbsのデータセット表示 画像アレイデータのダウンロード (1) EM_id0001_Brain_CA1_hippocampus_region (2) LM_id0001_DIC_C2DH_HeLa 画像アレイデータを提供するexper…

【Rでの文字列処理シリーズ(その4)】文字列の近似的文字列マッチング

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 近似的文字列マッティング agrep & agrepl 関数 adist 関数 stringdist / stringdistmatrix関数で、文字列間の距離指標を計算する あとがき 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミン…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】Rコンソールにカラーテキストを表示するTips

はじめに base::message()関数 Crayon - stylish terminal output in R Crayonのインストール 実行 textcolor: Colourise text for display in the terminal. GerminaRのインストール 実行 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 参考資料 はじめに R言語で、message(…