京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

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【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net Mac版のSRA Toolkitを設定すれば、 そのままの設定で、fasterq-dumpコマンドも実行できる。 fasterq-dumpコマンドで、FAST…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・デー…