【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

Mac M1 Mac R言語 Terminalコマンド - wget Terminalコマンド - brew R - download.file NCBI NCBI - RefSeq RefSeq FTP リファレンンスゲノム FASTA形式 NCBI - E-utilities

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について枯草菌（Bacillus subtilis）のRefSeqのダウンロード実行について枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

#R言語 #E-utilities #Mac #RefSeq #NCBI #wget

2022-01-09

【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

NCBI シークエンスデータの取得 NGSデータ SRA Toolkit fasterq-dump FASTQ形式 FASTQファイル

SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…

2021-12-28

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

NCBI シークエンスデータの取得 NGSデータ SRA Toolkit fastq-dump vdb-config SRA Terminalコマンド - wget Terminalコマンド - open Terminalコマンド - echo パス設定 FASTQ形式 FASTA形式 R - バイオインフォ FASTQファイル

はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…