京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

R - Bioconductor

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 Sh…

公共(バイオ)画像データのリポジトリをまとめてみた

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに ライフサイエンス・基礎生物、医療・医用などの画像データを中心に、 機械学習・深層学習に使えそうな、データセット関連のページリンクをまとめてみた。 【24 June 2021, updated】随時更新予…

R言語/Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); 概要 R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。 データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。 本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomi…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバージョンである。 Bioconductorのページを参考にして、 Devel版RのDockerイメージを使ってみたので、その方法をメモしておく。 bioconductor.org Mac版 Docke…