京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

R - Bioconductor

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…

公共(バイオ)画像データのリポジトリをまとめてみた

はじめに 公共(バイオ)画像データのリポジトリ Dataset Search - Google Kaggle - image BioImageDbs - Bioconductor BioImage Archive (EMPIAR, Cell-IDR and Tissue-IDR) BIAFlows Broad Bioimage Benchmark Collection CELL TRACKING CHALLENGE Segment…

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 イントロダクション ゲノム解析の関連記事 Bioconductor - RNAseq123 Bioconductorパッケージのインストール データ・ダウンロード セットアップ 関連パッケージの読み込み TXTデータの読み込み サンプルにアノテーションをつける。 遺伝子をアノテーシ…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

はじめに - Devel版R Quick start 個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド 最後に一言 はじめに - Devel版R Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバー…