京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

R - Bioconductor

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を用いる。 readFast…

公共(バイオ)画像データのリポジトリをまとめてみた

はじめに ライフサイエンス・基礎生物、医療・医用などの画像データを中心に、 機械学習・深層学習に使えそうな、データセット関連のページリンクをまとめてみた。 【24 June 2021, updated】随時更新予定 Dataset Search - Google Dataset Search 「segment…

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。 データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。 本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomics # Spring 2017 # Tuesday, May 9 & Thursday, May 1…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバージョンである。 Bioconductorのページを参考にして、 Devel版RのDockerイメージを使ってみたので、その方法をメモしておく。 bioconductor.org Mac版 Docke…