2021-01-01から1年間の記事一覧
はじめに 概要 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容だった…
リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である リボソーマルRNA（rRNA） 16S rRNA とは？？ 16S rRNAの特徴 16S rRNA 遺伝子検出と次世代シーケンスの利用 まとめ 参考資料 リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である まず、リボソーム（riboso…
はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…
はじめに .commandのバッチファイルを作成する shスクリプトをコピペする .commandファイルに実行権限を与える 補足: chmodの使い方 はじめに Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがある…
この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…
この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…
この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…
はじめに Genome organization / ゲノム構造 Viral structural proteins / ウイルス構造タンパク質 Essential regulatory elements / 必須の規制要素 Accessory regulatory proteins / アクセサリー制御タンパク質 RNA secondary structure / RNAの二次構造 …
前書き 解凍ソフトウェアのインストール ファイルの拡張子をpptxからzipに変更する The Unarchiverでzipファイルに展開する 同じ名前のフォルダが解凍されると、ほぼ完了である。 まとめ 前書き 今回、やることは、タイトルの通りである。 パワポファイル（.…
はじめに 概要 Structure / 構造 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月13日現在のWikipedia 英語記事「Structure and genome of HIV」を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ペー…
はじめに DNAの基礎知識 seqinrパッケージのインストール seqinrパッケージを使って、DNA配列データを扱う 配列データを使った基本的な処理 seqinr::AAstat 関数 補足 seqinr: Biological Sequences Retrieval and Analysis DNAコドン表 RNAコドン表 はじめ…
はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…
はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina（10.15）より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell（zsh）に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…
Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI（R.APP）とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…
はじめに History / ヒストリー Reported cases / 報告された事例 Market reactions / マーケットの反応 International response / 国際的な対応 はじめに この記事は、2021年12月8日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳し…
はじめに Prevention / 予防 Treatment / 治療 Epidemiology / 疫学 統計 / Statistics その4に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…
はじめに Signs and symptoms / 兆候と症状 Characteristics / 特徴 Diagnosis / 診断 その3に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…
はじめに 概要 Classification / 分類 Nomenclature / 命名法 Mutations / 変異 Possible consequences / 想定される影響 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月5日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものであ…
はじめに Error in texi2dvi への対応 LaTeX errors when creating PDF version. への対応 参考 はじめに R CMD check --as-cranは、 R/CRANパッケージ作成時に実行するチェックコマンドの１つである。 久々に、checkコマンドを叩くと見慣れないエラーが連発…
はじめに Rコードのバックグラウンド実行 最後に はじめに Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代…
はじめに まずは、remotesパッケージのインストール kerasのバージョン管理で試してみた はじめに パッケージを不意にアップデートしたばかりに、 解析ワークフローが動かなくなったりする。。 Rで特定のバージョン*1のパッケージを 管理するには、やはりCRA…
まずは、古いバージョンのRを消す R-4.1.0 のダウンロード & コンパイル エラーの場合、/usr/binにもシンボリックリンクを追加する configure実行時の補足 参考資料 最近、CentOS7に、R-4.1.0をインストールしたので、その際のメモを残しておく。 まずは、古…
はじめに テキスト処理の関連記事 python版simstringのインストール R言語で、simstringライブラリを実行してみる。 まとめ はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミングを行うなかで、文字列・テキストに対する色々な操作のことを指します。それ…
はじめに テキスト処理の関連記事 関連パッケージをロードする 文字列の抽出/切り出しについて 文字数指定で、文字列を抽出する 文字列の検出 「月の英語表記」を「月の数字」に置換する方法について 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プロ…
はじめに arXiv（アーカイヴ） bioRxiv（バイオアーカイヴ） はじめに 雑誌に掲載れる前に、プレプリントで話題になる昨今。。 プレプリントとは、論文原稿を一般的な査読を受けずに、専用のサーバーで無償公開することを指す。 代表的なプレプリント・サー…
はじめに pandocのインストール はじめに R/Knitで、bibtexのリファレンスの処理ができなくなったと思ったら、pandocが消えてるっぽい。 Pandocというのは、文書作成ツール や出版作業時に用いられるドキュメント・コンバータの１つであり、、、、 なので、p…
はじめに AWS CLIのインストール AWS CLIの各種設定 AWSサーバーにアクセスして、ファイルをアップロードする。 補足 CentOSでの AWS cli のインストール 以下のRequestTimeTooSkewedエラーが出たら、PCの時計がズレているかも。。。 参考資料 関連図書 はじ…
はじめに パッケージの準備 画像の取得・変換を行う関数の定義 事例1: 「ペルシャ猫」をクエリとした画像検索の結果 事例2: 「広末涼子」をクエリとした画像検索の結果 Webスクレイピングについての関連図書 まとめ 作成したスクリプト English page (Google…
はじめに 関連パッケージのインストール・ロード ministデータセットをダウンロードする 7のみのデータを抽出して、アレイ形式に変換してノーマライズする 生成器モデル (1) Generatorモデル (生成器モデル)の作成(1) Discriminatorモデル (識別器モデル)の…
rpubs.comは、 RのMarkdownドキュメントなどをWeb共有するサイトである。 rpubs.com自体には、検索機能が実装されていないので、 サードパーティアプリから検索する必要がある。。。 Google検索で、rpubs.com サイト内を検索する場合には、 例えば、「site:r…
