京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-01-01から1年間の記事一覧

Wikipedia 英語記事「COVID-19」の日本語訳を公開してみた【その1: COVIDの概要】

はじめに 概要 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容だった…

最も重要な ribosomal RNA(rRNA)の1つである『16S rRNA』の生命科学的な話

リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である リボソーマルRNA(rRNA) 16S rRNA とは?? 16S rRNAの特徴 16S rRNA 遺伝子検出と次世代シーケンスの利用 まとめ 参考資料 リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である まず、リボソーム(riboso…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…

Macで、DS_Storeとか、Rの隠しファイルをバッチファイル(.command)で削除するTips

はじめに .commandのバッチファイルを作成する shスクリプトをコピペする .commandファイルに実行権限を与える 補足: chmodの使い方 はじめに Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがある…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その3

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その2

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その1

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「HIV(ヒト免疫不全ウイルス)の構造とゲノム」の日本語訳 その2

はじめに Genome organization / ゲノム構造 Viral structural proteins / ウイルス構造タンパク質 Essential regulatory elements / 必須の規制要素 Accessory regulatory proteins / アクセサリー制御タンパク質 RNA secondary structure / RNAの二次構造 …

MacでPower Point(パワポ)ファイル(.pptx)を展開して、xmlファイル、画像メディアなどの構成ファイルを見る方法 〜パワポファイルがクラッシュしたときのファイル修復・普及に使える〜

前書き 解凍ソフトウェアのインストール ファイルの拡張子をpptxからzipに変更する The Unarchiverでzipファイルに展開する 同じ名前のフォルダが解凍されると、ほぼ完了である。 まとめ 前書き 今回、やることは、タイトルの通りである。 パワポファイル(.…

Wikipedia 英語記事「HIV(ヒト免疫不全ウイルス)の構造とゲノム」の日本語訳 その1

はじめに 概要 Structure / 構造 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月13日現在のWikipedia 英語記事「Structure and genome of HIV」を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ペー…

R言語で核酸配列データを扱ってみた件【その1: 生物学的配列の検索と解析パッケージ seqinr】

はじめに DNAの基礎知識 seqinrパッケージのインストール seqinrパッケージを使って、DNA配列データを扱う 配列データを使った基本的な処理 seqinr::AAstat 関数 補足 seqinr: Biological Sequences Retrieval and Analysis DNAコドン表 RNAコドン表 はじめ…

R言語で『eval + parse + paste関数』を使って、文字列をRプログラムとして実行するTips

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

Macターミナルのコマンドライン先頭に表示されるディレクトリ表示を無くすTips【zsh編】

はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina(10.15)より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell(zsh)に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…

Macで、RをTerminalコマンドでアンインストールするときにやること

Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI(R.APP)とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その4

はじめに History / ヒストリー Reported cases / 報告された事例 Market reactions / マーケットの反応 International response / 国際的な対応 はじめに この記事は、2021年12月8日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳し…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その3

はじめに Prevention / 予防 Treatment / 治療 Epidemiology / 疫学 統計 / Statistics その4に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その2

はじめに Signs and symptoms / 兆候と症状 Characteristics / 特徴 Diagnosis / 診断 その3に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その1

はじめに 概要 Classification / 分類 Nomenclature / 命名法 Mutations / 変異 Possible consequences / 想定される影響 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月5日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものであ…

MacOSXでの「R CMD check --as-cran」実行時のエラー対応について

はじめに Error in texi2dvi への対応 LaTeX errors when creating PDF version. への対応 参考 はじめに R CMD check --as-cranは、 R/CRANパッケージ作成時に実行するチェックコマンドの1つである。 久々に、checkコマンドを叩くと見慣れないエラーが連発…

Rscriptをバックグラウンド実行するときに知っておくべきこと

はじめに Rコードのバックグラウンド実行 最後に はじめに Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代…

R環境でのパッケージのversion管理の諸事

はじめに まずは、remotesパッケージのインストール kerasのバージョン管理で試してみた はじめに パッケージを不意にアップデートしたばかりに、 解析ワークフローが動かなくなったりする。。 Rで特定のバージョン*1のパッケージを 管理するには、やはりCRA…

CentOS7に、R-4.1.0をソースからコンパイルするTips

まずは、古いバージョンのRを消す R-4.1.0 のダウンロード & コンパイル エラーの場合、/usr/binにもシンボリックリンクを追加する configure実行時の補足 参考資料 最近、CentOS7に、R-4.1.0をインストールしたので、その際のメモを残しておく。 まずは、古…

【Rでの文字列処理シリーズ(その6)】類似文字列検索ライブラリpython版simstringをRから使って、文字列の距離計算をやってみた件

はじめに テキスト処理の関連記事 python版simstringのインストール R言語で、simstringライブラリを実行してみる。 まとめ はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミングを行うなかで、文字列・テキストに対する色々な操作のことを指します。それ…

【Rでの文字列処理シリーズ(その5)】文字列の抽出・切り出し・検出

はじめに テキスト処理の関連記事 関連パッケージをロードする 文字列の抽出/切り出しについて 文字数指定で、文字列を抽出する 文字列の検出 「月の英語表記」を「月の数字」に置換する方法について 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プロ…

代表的なプレプリント・サーバー

はじめに arXiv(アーカイヴ) bioRxiv(バイオアーカイヴ) はじめに 雑誌に掲載れる前に、プレプリントで話題になる昨今。。 プレプリントとは、論文原稿を一般的な査読を受けずに、専用のサーバーで無償公開することを指す。 代表的なプレプリント・サー…

Mac Homebrewで、pandocのインストール

はじめに pandocのインストール はじめに R/Knitで、bibtexのリファレンスの処理ができなくなったと思ったら、pandocが消えてるっぽい。 Pandocというのは、文書作成ツール や出版作業時に用いられるドキュメント・コンバータの1つであり、、、、 なので、p…

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

はじめに AWS CLIのインストール AWS CLIの各種設定 AWSサーバーにアクセスして、ファイルをアップロードする。 補足 CentOSでの AWS cli のインストール 以下のRequestTimeTooSkewedエラーが出たら、PCの時計がズレているかも。。。 参考資料 関連図書 はじ…

R/rvestを使って、Google画像検索で画像サムネイルを取得して、機械学習・ディープラーニング用の4次元アレイデータに変換するTips

はじめに パッケージの準備 画像の取得・変換を行う関数の定義 事例1: 「ペルシャ猫」をクエリとした画像検索の結果 事例2: 「広末涼子」をクエリとした画像検索の結果 Webスクレイピングについての関連図書 まとめ 作成したスクリプト English page (Google…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その3】敵対的生成ネットワーク (GAN)による教師なし画像生成(image generation)をやってみた件

はじめに 関連パッケージのインストール・ロード ministデータセットをダウンロードする 7のみのデータを抽出して、アレイ形式に変換してノーマライズする 生成器モデル (1) Generatorモデル (生成器モデル)の作成(1) Discriminatorモデル (識別器モデル)の…

Google検索で、rpubs.com サイト内を検索するTips ~自分のサイトとか指定したWebサイトでも可能~

rpubs.comは、 RのMarkdownドキュメントなどをWeb共有するサイトである。 rpubs.com自体には、検索機能が実装されていないので、 サードパーティアプリから検索する必要がある。。。 Google検索で、rpubs.com サイト内を検索する場合には、 例えば、「site:r…