京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-10-01から1ヶ月間の記事一覧

【Rでの文字列処理シリーズ(その6)】類似文字列検索ライブラリpython版simstringをRから使って、文字列の距離計算をやってみた件

はじめに テキスト処理の関連記事 python版simstringのインストール R言語で、simstringライブラリを実行してみる。 まとめ はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミングを行うなかで、文字列・テキストに対する色々な操作のことを指します。それ…

【Rでの文字列処理シリーズ(その5)】文字列の抽出・切り出し・検出

はじめに テキスト処理の関連記事 関連パッケージをロードする 文字列の抽出/切り出しについて 文字数指定で、文字列を抽出する 文字列の検出 「月の英語表記」を「月の数字」に置換する方法について 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プロ…

代表的なプレプリント・サーバー

はじめに arXiv(アーカイヴ) bioRxiv(バイオアーカイヴ) はじめに 雑誌に掲載れる前に、プレプリントで話題になる昨今。。 プレプリントとは、論文原稿を一般的な査読を受けずに、専用のサーバーで無償公開することを指す。 代表的なプレプリント・サー…

Mac Homebrewで、pandocのインストール

はじめに pandocのインストール はじめに R/Knitで、bibtexのリファレンスの処理ができなくなったと思ったら、pandocが消えてるっぽい。 Pandocというのは、文書作成ツール や出版作業時に用いられるドキュメント・コンバータの1つであり、、、、 なので、p…

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

はじめに AWS CLIのインストール AWS CLIの各種設定 AWSサーバーにアクセスして、ファイルをアップロードする。 補足 CentOSでの AWS cli のインストール 以下のRequestTimeTooSkewedエラーが出たら、PCの時計がズレているかも。。。 参考資料 関連図書 はじ…