京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

【LINUX/Macの基本コマンド⑧】圧縮ファイルを解凍せずに、ファイル一覧やファイルの中身を閲覧するコマンドについて【zip/gz編】

はじめに 実行環境 まずは、ファイルを圧縮する 解凍せずに、zipファイルに含まれるファイル一覧を表示する 解凍せずに、gzファイルの中身を閲覧する 解凍せずに、gzファイルの中身を部分的に閲覧する まとめ 参考資料 はじめに Linux/Mac環境では圧縮された…

【LINUX/Macの基本コマンド⑦】df/duコマンドで、ディスクの空き容量・使用量を知ろう

はじめに 実行環境 dfコマンドの実行例 duコマンドの実行例 まとめ はじめに dfとduという、2つのコマンドを紹介します。 ハードディスクの容量監視をする上で、重要なコマンドなので、ぜひ知っておこう。 dfコマンドはディスクの空き領域を知るコマンド、 …

【LINUX/Macの基本コマンド⑥】chmodコマンドで、ファイルモード(ファイル権限など)を変更する

はじめに lsコマンドで、現在のパーミッション設定を表示する ファイルのアクセス権限の見方について 全てのユーザーに実行権限(a+x)を追加する 他ユーザーの実行権限(o-x)を削除する 3つの数字列で、アクセス権限を与える ディレクトリ下のすべてのフォルダ…

【R言語と仮想通貨】ビットコイン(BTC)の平均足(Heikin-Ashi)のキャンドルチャートを作成してみた件

はじめに 関連パッケージ BTCの月足データの平均足チャートを作成する 月足データのストキャスティクスRSIオシレーター BTCの週足データの平均足チャートを作成する BTCの日足データの平均足チャートを作成する dygraphsで複数のローソクチャートを描く まと…

R言語で、皆さん憧れの、ランダムウォーク・シミュレーションをやってみた件

はじめに 実行環境 パッケージ準備 1次元ランダムウォーク 2次元ランダムウォーク: 2方向移動 2次元ランダムウォーク: 全方向移動 ランダムウォークで画像表示のアニメーションを作成してみると、こうなる。 twitterから収集した画像を使ってみたら、こうな…

RでODE(常微分方程式)【R言語/ODEを用いて生化学の主要反応速度論モデルを数値的に解いてみたの巻】

はじめに 解析解と数値解 今回扱う反応式の事例 実行環境 パッケージ準備 一次反応モデルの数値解析 animationパッケージでモーションチャート作成 ggplot2でモーションチャート作成 plot_lyでモーションチャート作成 逐次反応モデルの数値解析 逐次反応モデ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をモーションチャートで観察してみた件【S&P100のスキャッチャープロット編】

はじめに 関連記事 実行環境 パッケージ準備 SP100銘柄のデータ取得 plotlyによるモーションチャート(motion chart)の作図 dygraphsによるインタラクティブな作図 まとめ 補足 plotlyによるインタラクティブチャート + ハイライト ggplotlyによるインタラク…

R言語でヒートマップ入門:インタラクティブなヒートマップでデータ分析をもっと楽しくしよう!!

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み heatmap3パッケージを用いた、ハイカラなヒートマップ表現 heatmap3でのヒートマップ作成(1)シンプルなヒートマップ heatmap3でのヒートマップ作成(2)少し複雑なヒートマップ heatmaplyパッケージを使った、ヒ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をバー・チャート・レースで観察してみた件【その2 ダウ・ジョーンズ工業株価平均(ダウ平均)編】

はじめに 実行環境 Rパッケージの準備 ダウ平均銘柄のデータ取得 ダウ平均銘柄でのバー・チャート・レース ダウ平均銘柄のバー・チャート・レース作成 まとめ 関連記事 Rコード: getDJIA.R はじめに いま。。このブログは、「アニメーショングラフ」推しです…

【R言語とケモインフォ】PubChemからの化合物の情報・構造の取得、およびOpen-Babelを使ったファイル形式変換についての諸々

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み Open-Babel & PyMolのインストールについて Open-Babelの基本動作 Open-Babelの関連コマンドについて PubChemからの化合物の情報・構造データの取得 Rで、PubChem化合物データを読み込み 「gluc」あるいは「glyc」…

【R初心者向け】R言語/RStudioのインストールと諸設定について

はじめに R-CRANからのR言語アプリのインストール 「r」でgoogle検索すると。。。 「CRAN」でgoogle検索すると。。。 MacOSでpkgを実行して、Rをインストールする Mac Homebrewで、R言語をインストールする posit HPから、RStudioをインストールする Mac Hom…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をバー・チャート・レースで観察してみた件【その1 日経225・Nikkei225 編】

はじめに 実行環境 Rパッケージの準備 日経225銘柄のデータ取得 日経225銘柄でのバー・チャート・レース 日経225 上位20銘柄でのバー・チャート・レース作成 日経225 下位20銘柄でのバー・チャート・レース作成 まとめ 参考資料 Rコード: getNikkei225.R は…

シーケンスリードのクオリティコントロール解析: fastqc、MultiQC、quack、fastpの基本設定と使い方

はじめに 実行環境 テストデータのダウンロード 関連記事 Javaの設定: スキップ可です fastqcの使い方 Fastqcのインストール Fastqcの基本動作 Fastqcの実行 fastqcレポートの見方 fastqcの原著 MultiQCの使い方 MultiQCのインストール MultiQCの実行 MultiQ…

【R言語と時系列解析】Prophetパッケージを利用した、時系列データの未来予測: ブログ利用者数の推移予測とか、ビットコインや日経225の価格トレンド推移予測とか

はじめに 実行環境 Prophetのデータフォーマット 関連パッケージの準備 ブログ利用ユーザー数の推移を未来予測する 過去14日間の訪問ユーザー数(y_14day列)を使って、ブログ利用ユーザー数の推移を予測する 他のプロット方法について 過去28日間の訪問ユーザ…

【R言語と仮想通貨】ビットコイン(BTC)の長期トレンド解析について

はじめに パッケージ準備 ビットコインの長期チャートデータについて 長期の移動平均から、BTCの経験的な底値が分かるかも?? 長期の加重移動平均線(WMA)から、BTCの経験的な底値が分かるかも WMAの長期トレンドを網掛け(ポリゴン)表示について SMAの長期ト…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】意外と分からない、ファイルを別ディレクトリに移動させる操作関数篇: filesstringsパッケージ

はじめに とあるディレクトリとファイル構成について まずは、filesstringsパッケージをインストールする ファイルを移動させる関数群 同時に、N個のものを移動させる場合 まとめ 参考資料 はじめに 過去に、R環境から行う、 フォルダの基本操作(作成・削除…

Prospects for wide area imaging and comprehensive morphological analysis of biological tissues using electron microscopy : Introduction

Introduction Biological morphome Morphomics The above illustration is reprinted from : Omics - Wikipedia Introduction Biological tissues contain countless amounts of extremely fine and complex morphological information. In order to underst…

Grep command for string processing (1) Processing of text in a file and other

About grep command Processing of text in files Show lines with a certain string Show lines without the certain string Output lines without a certain string as an alias file Delete blank lines Count the number of lines in a file Searching f…

【生命科学とダイエット】低糖質ダイエットを生命科学的にヤルとしたら、どうすれば良いか??

はじめに、低糖質ダイエットとは? 糖質を食べると、どうなる? 摂取した糖質はどう利用されるか? マルターゼは、α-グルコシダーゼと呼ばれる 薬剤化合物の探索とα-グルコシダーゼの阻害剤について アカルボースについて 編集後記 はじめに、低糖質ダイエッ…

R言語で核酸配列データを扱ってみた件【その2: FASTAフォーマット・ファイルの読み込み】

はじめに seqinrパッケージのインストール Biostringsパッケージのインストール seqinr::read.fastaを使って、HIV-1 全ゲノムのFASTAファイルの読み込み場合 seqinr::read.fastaを使って、FASTAを「ベクトル」として読み込む seqinr::read.fastaを使って、FA…

【R/binancer】バイナンス仮想通貨の上昇傾向銘柄を検出して、Twitterにポストするボット機能を作成してみた件

はじめに R環境のセットアップ binancerを用いて、バイナンス仮想通貨のシンボル情報を取得する 上昇傾向にある、バイナンス仮想通貨・アルトコインの探索と可視化を行うプログラム 仮想通貨・ビットコイン・アルトコインについて(1) 仮想通貨・アルトコイ…

【R/binancerとか】仮想通貨の価格を秒速で取得・可視化してみた件

はじめに バイナンス R環境のセットアップ binancerを用いて、仮想通貨の現在価格を取得する coin360.comのテーブル情報から、マーケットキャップなどを取得する バイナンスから仮想通貨の価格変動を取得して、プロットする 3つの仮想通貨(BTC, ETH, BNB)の…

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

Mac OSXでよく使う・使ったら便利なショートカット集

Macのショートカット 画面キャプチャー・スクリーンショット Finder上で隠しファイルを表示させる ショートカットキーいろいろ 削除系のショートカットキー 履歴系のショートカットキー カーソルの移動系のショートカットキー 処理系のショートカットキー そ…

Python/パイソン 初心者におすすめ入門本・参考書・AI学習書!!

はじめに シリコンバレー一流プログラマーが教える Pythonプロフェッショナル大全 はじめに この記事では、Pythonに興味を持っている方や、これからPythonプログラミングを始めてみたい方、プログラミングに興味のある学生さんに向けて、Pythonのおすすめ入…

【R言語と画像認識】学習済みAIモデルを使って、顔認識がサクサクできた話

Rで顔認識をやってみた話 顔認識の関連パッケージをセットアップする 男性画像に対する顔認識の検証 顔認識後に、顔部分をクロップ(切り出す)する 女性の画像を用いた顔認識の検証実験 まとめ 参考 - 顔認識 Rで顔認識をやってみた話 ふと思い立って調べてみ…

【R言語と文字認識】R環境で、OCR(光学文字認識)をやってみると、やはりの結果だった件

はじめに tesseract::ocr関数を使った、画像からの文字起こし OCR関連パッケージのセットアップ 文字認識して、英語を抽出する場合: 英文字のみ 文字認識して、日本語を抽出する場合: その1 日本語文字のみ 文字認識して、日本語を抽出する場合: その2 日本…

【R言語と米国株】S&P500指数が年初6ヶ月でマイナス20%以上だった年の後半戦、そして翌年はどうなるのか?

2007年9月-と2021年12月-の2つの GSPCプロットの重ね合わせ(2022年10月8日アップデート) 2007年9月-と2021年12月-の2つの GSPCプロットの重ね合わせ(2022年9月19日アップデート) Rコード: 2つのGSPCプロットの重ね合わせ 年初より続く、S&P500指数の下落…

【R言語と株価プロット】S&P500インデックス (SPY: SPDR S&P500 ETF) と仮想通貨(ビットコイン/BTC、イーサリアム/ETH) の季節性変動(Seasonality)を考えてみた件

はじめに seasonalityPlotパッケージを用いた季節変動性のプロット 関連パッケージのインストール SPYチャートの季節変動性プロット ビットコイン・チャートの季節変動性プロット イーサリアム・チャートの季節変動性プロット R言語/quantmodを用いた、SPYチ…

【R言語とオープンデータ】アメリカ地質調査所が提供する世界中の地震データを地図表示してみた件 〜初心者でもできるオープンデータを使った世界地図の簡単プロット〜

はじめに オープンデータの関連記事 アメリカ地質調査所、および同研究所が提供する世界で発生した地震データのスプレッドシート 過去1日地震データのスプレッドシートURL 過去7日地震データのスプレッドシート 過去30日地震データのスプレッドシート leafle…