京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2022-12-01から1ヶ月間の記事一覧

RでODE(常微分方程式)【R言語/ODEを用いて生化学の主要反応速度論モデルを数値的に解いてみたの巻】

はじめに 解析解と数値解 今回扱う反応式の事例 実行環境 パッケージ準備 一次反応モデルの数値解析 animationパッケージでモーションチャート作成 ggplot2でモーションチャート作成 plot_lyでモーションチャート作成 逐次反応モデルの数値解析 逐次反応モデ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をモーションチャートで観察してみた件【S&P100のスキャッチャープロット編】

はじめに 関連記事 実行環境 パッケージ準備 SP100銘柄のデータ取得 plotlyによるモーションチャート(motion chart)の作図 dygraphsによるインタラクティブな作図 まとめ 補足 plotlyによるインタラクティブチャート + ハイライト ggplotlyによるインタラク…

R言語でヒートマップ入門:インタラクティブなヒートマップでデータ分析をもっと楽しくしよう!!

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み heatmap3パッケージを用いた、ハイカラなヒートマップ表現 heatmap3でのヒートマップ作成(1)シンプルなヒートマップ heatmap3でのヒートマップ作成(2)少し複雑なヒートマップ heatmaplyパッケージを使った、ヒ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をバー・チャート・レースで観察してみた件【その2 ダウ・ジョーンズ工業株価平均(ダウ平均)編】

はじめに 実行環境 Rパッケージの準備 ダウ平均銘柄のデータ取得 ダウ平均銘柄でのバー・チャート・レース ダウ平均銘柄のバー・チャート・レース作成 まとめ 関連記事 Rコード: getDJIA.R はじめに いま。。このブログは、「アニメーショングラフ」推しです…

【R言語とケモインフォ】PubChemからの化合物の情報・構造の取得、およびOpen-Babelを使ったファイル形式変換についての諸々

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み Open-Babel & PyMolのインストールについて Open-Babelの基本動作 Open-Babelの関連コマンドについて PubChemからの化合物の情報・構造データの取得 Rで、PubChem化合物データを読み込み 「gluc」あるいは「glyc」…

【R初心者向け】R言語/RStudioのインストールと諸設定について

はじめに R-CRANからのR言語アプリのインストール 「r」でgoogle検索すると。。。 「CRAN」でgoogle検索すると。。。 MacOSでpkgを実行して、Rをインストールする Mac Homebrewで、R言語をインストールする posit HPから、RStudioをインストールする Mac Hom…