京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-04-01から1ヶ月間の記事一覧

【LINUX/Macの基本コマンド②】ユーザーー覧の確認、ユーザーの追加・権限付与をする

はじめに まずは、デフォルト情報の確認 ユーザー作成の実行例 実行例(1): デフォルトユーザーの作成 実行例(2): ユーザー作成 + ホームディレクトリのみ作成 実行例(2'): ユーザー作成 + ホームディレクトリ作成をしない 実行例(3): ユーザー作成 +…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

はじめに - Devel版R Quick start 個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド 最後に一言 はじめに - Devel版R Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバー…

CentOS7に、R-4.0シリーズをインストールするTips

はじめに Rの削除 R-4のダウンロード & コンパイル Rstudio-server で、Rパスを確認する方法 補足 参考資料 はじめに 現在(2021年4月)、CentOS7のepelリポジトリからインストールできるRバージョンは、「R-3.6.0-1.el7.x86_64」です。 「R-4.x」シリーズを…

R言語で使用できるデータセット一覧 〜 R package ‘datasets’ version 4.1.0 〜

はじめに データセット一覧 Documentation for package ‘datasets’ version 4.1.0 参考資料 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 R言語 入門について関連図書 RStudio 入門書 はじめに 2021年4月現在、R言語で使用できるデータセット一覧をまとめてみた。 概要の和…

分子モデリングシミュレーションソフトウェア AutoDock関連資料のまとめ

過去に作成した、Autodock関係の説明資料(AutoDock、AutoDock Vina、Raccoon、Ligplot+)をこちらにもまとめてみた。 AutoDock AutoDock_japanese_ver.1.0 AutoDock_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume Autodock Vina AutoDock_vina_japanese_ver.3.0 Auto…

Rstudio-Server on CentOS7 のインストール方法 + nginxのリダイレクト設定 について

はじめに RStudio Server for Red Hat/CentOS のダウンロード・インストール rserver.confファイルの設定 rsession.confファイルの設定 CentOS版 nginx の設定 nginx.confの再作成・編集 default.confの作成・編集 nginxの再起動 リダイレクトの確認 参照資…

R言語で、jsTree・jsTreeR パッケージを使った、 インタラクティブなツリーリスト表示をやってみた件

はじめに jsTreeを使ったツリーリスト表示 事前準備をする jsTreeを使った実行例(1) jsTreeを使った実行例(2) jsTreeを使った実行例(3) jsTreeを使った実行例(4) jsTreeRを使ったツリーリスト表示 事前準備をする jsTreeRを使った実行例(1) j…

R言語で、サイコロ・ゲームを一様分布に従う確率でシミュレーションしてみた件

サイコロゲーム - 序章 実行結果(1) 実行結果(2) (GIF動画作成の場合)ImageMagickのインストール 過去の参考記事 SaikoroGame 関数 補足 6以外が10回出続ける確率 list.files実行について 参考資料 サイコロゲーム - 序章 サイコロを振って、1から…

【Rでの文字列処理シリーズ(その3)】文字列/テキストの検出・検索: 完全一致、部分一致、拡張正規表現、曖昧一致判定

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 【1】完全一致で、その文字列を含むかどうかのの判定 比較演算子 == != base::match、stringr::str_match、演算子 %in% 【2】部分一致で、その文字列を含むかどうかの判定 charmatch関数、pmatch関数 grep…

R言語のRSeleniumを使って、ブラウザ(自動)操作とWebスクレイピングをやってみた件 〜Google検索でのトップヒットページ・ヒット件数・スクショの取得〜

はじめに 事前セットアップ Webブラウザのダウンロード Webブラウザ操作用ドライバーのインストール Javaのインストール selenium.jarのダウンロード・実行 RSeleniumの使い方 - ブラウザ操作の基本 Google検索とか情報取得とかをやってみる 検索結果を取得…