京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

M1 Mac

【R言語とケモインフォ】PubChemからの化合物の情報・構造の取得、およびOpen-Babelを使ったファイル形式変換についての諸々

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み Open-Babel & PyMolのインストールについて Open-Babelの基本動作 Open-Babelの関連コマンドについて PubChemからの化合物の情報・構造データの取得 Rで、PubChem化合物データを読み込み 「gluc」あるいは「glyc」…

シーケンスリードのクオリティコントロール解析: fastqc、MultiQC、quack、fastpの基本設定と使い方

はじめに 実行環境 テストデータのダウンロード 関連記事 Javaの設定: スキップ可です fastqcの使い方 Fastqcのインストール Fastqcの基本動作 Fastqcの実行 fastqcレポートの見方 fastqcの原著 MultiQCの使い方 MultiQCのインストール MultiQCの実行 MultiQ…

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

M1 Mac環境で、flash2を使ってペアエンドfastqをマージしてみた件

はじめに FLASHの原著論文 今回のzsh実行環境 M1 Macにおけるflash2のインストール flash2によるペアエンドfastqのマージ実行 GAGEからペアエンドのfastqデータを取得する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 補足 FASTQ形式からFASTA形式への変換 - sed…

M1チップ搭載の MacBook Air におけるAutoDock Vina (1.2.2) の使い方とドッキングシミュレーションについて

はじめに - AutoDock Vina 原著論文 - AutoDock Vina - 今回やること セットアップ brewの設定 brewコマンドを用いたパッケージのセットアップ Autodock Vina 1.2.2のセットアップ AutoDock Vinaのチュートリアル「basic_docking」を実行してみる 実行時のコ…