京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2022-10-01から1ヶ月間の記事一覧

【Rのジミ〜な小技シリーズ】意外と分からない、ファイルを別ディレクトリに移動させる操作関数篇: filesstringsパッケージ

はじめに とあるディレクトリとファイル構成について まずは、filesstringsパッケージをインストールする ファイルを移動させる関数群 同時に、N個のものを移動させる場合 まとめ 参考資料 はじめに 過去に、R環境から行う、 フォルダの基本操作(作成・削除…

Prospects for wide area imaging and comprehensive morphological analysis of biological tissues using electron microscopy : Introduction

Introduction Biological morphome Morphomics The above illustration is reprinted from : Omics - Wikipedia Introduction Biological tissues contain countless amounts of extremely fine and complex morphological information. In order to underst…

Grep command for string processing (1) Processing of text in a file and other

About grep command Processing of text in files Show lines with a certain string Show lines without the certain string Output lines without a certain string as an alias file Delete blank lines Count the number of lines in a file Searching f…

【生命科学とダイエット】低糖質ダイエットを生命科学的にヤルとしたら、どうすれば良いか??

はじめに、低糖質ダイエットとは? 糖質を食べると、どうなる? 摂取した糖質はどう利用されるか? マルターゼは、α-グルコシダーゼと呼ばれる 薬剤化合物の探索とα-グルコシダーゼの阻害剤について アカルボースについて 編集後記 はじめに、低糖質ダイエッ…

R言語で核酸配列データを扱ってみた件【その2: FASTAフォーマット・ファイルの読み込み】

はじめに seqinrパッケージのインストール Biostringsパッケージのインストール seqinr::read.fastaを使って、HIV-1 全ゲノムのFASTAファイルの読み込み場合 seqinr::read.fastaを使って、FASTAを「ベクトル」として読み込む seqinr::read.fastaを使って、FA…

【R/binancer】バイナンス仮想通貨の上昇傾向銘柄を検出して、Twitterにポストするボット機能を作成してみた件

はじめに R環境のセットアップ binancerを用いて、バイナンス仮想通貨のシンボル情報を取得する 上昇傾向にある、バイナンス仮想通貨・アルトコインの探索と可視化を行うプログラム 仮想通貨・ビットコイン・アルトコインについて(1) 仮想通貨・アルトコイ…

【R/binancerとか】仮想通貨の価格を秒速で取得・可視化してみた件

はじめに バイナンス R環境のセットアップ binancerを用いて、仮想通貨の現在価格を取得する coin360.comのテーブル情報から、マーケットキャップなどを取得する バイナンスから仮想通貨の価格変動を取得して、プロットする 3つの仮想通貨(BTC, ETH, BNB)の…

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…