京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

fasterq-dump

【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形 複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション 補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…