京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

FASTA形式

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…

R言語で核酸配列データを扱ってみた件【その2: FASTAフォーマット・ファイルの読み込み】

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに Rを用いた、DNA配列データの基本的な処理の方法をメモっておく。 今回は、seqinrあるいはBiostringsパッケージを用いて FASTA形式のファイルを読み込んで、DNA配列データとして扱ってみる。 配…