FASTA形式
NCBI
シークエンスデータの取得
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SRA Toolkit
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SRA
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - open
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パス設定
FASTQ形式
FASTA形式
R - バイオインフォ
FASTQファイル
はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…
R
DNA配列
FASTA形式
R - seqinr
R - seqinr::read.fasta
R - seqinr::s2c
R - seqinr::c2s
R - seqinr::comp
R - Biostrings
R - BiocManager
R - Biostrings::readDNAStringSet
R - Biostrings::complement
R x 核酸配列データ
(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに Rを用いた、DNA配列データの基本的な処理の方法をメモっておく。 今回は、seqinrあるいはBiostringsパッケージを用いて FASTA形式のファイルを読み込んで、DNA配列データとして扱ってみる。 配…
