FASTA形式
R
DNA配列
FASTA形式
R - seqinr
R - seqinr::read.fasta
R - seqinr::s2c
R - seqinr::c2s
R - seqinr::comp
R - Biostrings
R - BiocManager
R - Biostrings::readDNAStringSet
R - Biostrings::complement
R x 核酸配列データ
はじめに seqinrパッケージのインストール Biostringsパッケージのインストール seqinr::read.fastaを使って、HIV-1 全ゲノムのFASTAファイルの読み込み場合 seqinr::read.fastaを使って、FASTAを「ベクトル」として読み込む seqinr::read.fastaを使って、FA…
Mac
M1 Mac
R言語
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - brew
R - download.file
NCBI
NCBI - RefSeq
RefSeq FTP
リファレンンスゲノム
FASTA形式
NCBI - E-utilities
はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌（Bacillus subtilis）のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…
NCBI
シークエンスデータの取得
NGSデータ
SRA Toolkit
fastq-dump
vdb-config
SRA
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - open
Terminalコマンド - echo
パス設定
FASTQ形式
FASTA形式
R - バイオインフォ
FASTQファイル
はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…
