京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド - brew

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

Homebrew を使って、Python 3.9 をインストールしたときの設定諸々 〜インストール先が「/opt/homebrew/bin」になってるよ!!〜

はじめに(2022年1月アップデート版) Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python3 をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …

【LINUX/Macの基本コマンド⑤】ファイル同期コマンド rsync

はじめに rsyncのインストール rsyncの使い方 バッチファイルでのrsyncコマンドの実行 rsyncのオプション一覧 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 参考資料 はじめに rsyncは、ディレクトリ・ファイルをローカルあるいはリモートマシンと同期させるコマンド…

洒落乙 htop でタスクマネージをやってみた件

htopのインストール htopの実行 今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコマンドを打つだけである。 #MacOSXの場合 brew install…

pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

はじめに MacTexのインストール universal-darwinの方にもパスの設定 tlmgr のパス確認とアップデート 参考記事 はじめに OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその1つである、MacTexをインストールした時の話であ…

文字コード変換のLINUXコマンド 〜文字化け変換、シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 UTF・BOM Unicodeエスケープ文字・パーセントエンコード文字 nkfコマンドの基本的な使い方 nkfコマンドでの文字コードの変換例 UTF-8からUTF-8(BOM付)への変換 Unicodeエスケープシーケンス形式を日本語文字に変換す…

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョンのインストール python@3.8へとlinkを書き換える pythonとpip関連コマンドのエイリアス名を書き換える 補足 pythonの古いバージョンのインストール pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージ…

Mac版 JAVAバージョン切り替えメモ : Java 14 から 12 への切り替え

Javaパスを切り替えるメモ書き 環境変数の設定に関する2パターンの方法 一時的な設定の場合 一時的な設定の場合 設定後の確認 Javaパスを切り替えるメモ書き Mac PC内に、Java 14 と 12 が混在している状況で、Java 14 からJava 12にパスを切り替えるメモ書…

【SPARQLとオープンデータ】Curl コマンドで、MacターミナルからSPARQLクエリを実行してみる 〜Wikidata、大阪市オープンデータを扱ってみた件〜

はじめに curl コマンドを用いたSPARQL実行の基本形 実施例①-1: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの下位概念〜 実施例①-2: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの上位概念〜 SPARQL_Example01.command 実施例②: WikidataでのSPRQLクエリ …

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

概要 Docker for macのインストールについて dockerコマンドの動作確認 rocker/rstudioイメージの検索・ダウンロード rocker/rstudioコンテナのセットアップ 各種dockerコマンドについて コンテナ操作に関するdockerコマンドについて dockerの設定情報 ロー…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

はじめに macOS X編 RStudio ServerのインストールのTips*3 実行環境 Rとか関連パッケージをHomebrewでインストールする RStudio Serverをインストールする To complete the installation of RStudio Server 続けて、RStudio Serverの設定が必要である。 rse…

Homebrewで OpenJDK の特定バージョンをインストールするときのTips

Homebrewのインストール・環境設定のやり方については以前の記事を参考に Java について バージョン対応表 brewを使って、OpenJDK 12 をMacにインストールする方法 AdoptOpenJDK/openjdk の formula を追加する OpenJDK (コマンドでは小文字) を検索しておく…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…