京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Terminalコマンド - brew

洒落乙 htop でタスクマネージをやってみた件

今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコマンドを打つだけである。 #MacOSXの場合 brew install htop #CentOSの場合 yum instal…

pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその1つである、MacTexをインストールした時の話である。 Homebrewをインストールして、ターミナルで以下を実行する。 skume.net brew update brew install mactex #実行時に…

文字コード変換コマンド 〜シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 「シングルバイト文字」は、1バイト(7ビット、または8ビット)のデータ量で表現できる文字である。文字コードとしては、ASCIIコードなどが該当する。 一方、ダブルバイト文字は、1文字を2バイト以上(16ビット以上…

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージのlinkをしないと、それが使えなくなっている。 今回、python3.8をbrewでインストールして、パッケージのlinkをやり直して、 コマンド名を「python」に書き換えるまでをやっ…

Mac版 JAVAバージョン切り替えメモ : Java 14 から 12 への切り替え

Mac PC内に、Java 14 と 12 が混在している状況で、Java 14 からJava 12にパスを切り替えるメモ書き。 #現在のJava パス $ which java /usr/bin/java # Javaのバージョン確認 => java 14 が使用されている $ java -version java version "14" 2020-03-17 Jav…

Curl コマンドで、MacターミナルからSPARQLクエリを実行してみる 〜Wikidata、大阪市オープンデータを扱ってみた件〜

SPARQL(スパークル)は、RDF(Resource Description Framework)問合せ言語の1つである。SPARQL言語、SPARQLクエリとも呼ばれる。 主に、RDF形式のLinked Data / ナレッジグラフ、またはオープンなライセンスで公開されているOpen Linked Data (LOD)、*1の検…

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

過去の記事で、「【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定」を紹介した。 現状、MacローカルでのRstudio Server動作について、 バージョン・アップ等の問題で*1、少々動作が不安定な場合がある。 そのため、ローカル…

Homebrew を使って、Python3をインストールしたときの設定諸々

Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python3をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); H…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com (adsbygoogle = window.adsbyg…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、Homebrew で行っている*1。 Homebrew は、macOS X用のパッケージ…