京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-08-01から1ヶ月間の記事一覧

【R言語で作成するアニメーション】楕円・斜め楕円のアニメーションを作図してみた件

はじめに 楕円の作図 斜め楕円の作図 後書き 参考資料 はじめに ふと、夏季休暇中に、 楕円の公式のパラメータを変えたときに、 どんな図形になるんだったっけと思い立ち、 Rで、アニメーションのプログラムを作ってみた。 楕円の公式を解析的に解いてみて作…

【R言語での画像処理シリーズ(その2)】主成分分析(PCA)を用いて、画像特徴の次元圧縮をやってみた件

序章 関連パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する Imageクラスを「行列」に変換する RGB成分を3D表示する ヒマワリ画像を64x64ピクセルでクロップ(分割)する 主成分分析(PCA)、累積寄与率の計算と可視化 PCA結果の…

【LINUX/Macの基本コマンド⑤】ファイル同期コマンド rsync

はじめに rsyncのインストール rsyncの使い方 バッチファイルでのrsyncコマンドの実行 rsyncのオプション一覧 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 参考資料 はじめに rsyncは、ディレクトリ・ファイルをローカルあるいはリモートマシンと同期させるコマンド…

【LINUX/Macの基本コマンド④】cd, cat, head/tailなどのコマンドの使い方メモ

はじめに cd : ディレクトリ移動 cat : ファイル内表示・結合・作成 head / tail : ファイルの先頭や末尾を表示 覚えておくと良いターミナルコマンド ターミナルコマンド補足編 まとめ LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 はじめに ターミナル上で、よく使う…

細胞形態デジタルATLASのWebページをまとめてた件〜生体組織や細胞の光顕画像・電顕画像を中心に〜

序章 日本国内 (無料公開) 理研微細構造画像メタデータベース(RIKEN MIM) マウス ラット 東京医科歯科大学 教養部 生物学分野 海外 (無料公開) Biology 130 Lab Review Images, University of Wisconsin Laboratory 3 : The Plant Cell ATLAS of PLANT and A…