京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

R言語

LLMでR言語を学ぼう 〜2023年の大革命、ゼロからプログラミングを学ぶLLM入門編〜

はじめに R言語をやる目的は何か? 何を学ぶか? ゼロから何を学べばよいか? 最低限、R言語の何を学べば、実践に移行できるのか? まとめ はじめに 人類がこれまでに作成した文書の総量を正確に計測することは非常に困難です。しかし、間違いなく、過去から…

【MacOS X版】R言語とRStudioでGitHub Copilotを活用する方法: 設定ガイドと使い方

はじめに GitHubアカウント側での設定 RStudio daily版のインストール RStudio上でのGlobal options設定 まとめ 参考記事 はじめに 最近の生成AIの勢いはとどまることを知らず、データ分析やプログラミング時の面倒な作業の大半がAIで解決されつつあります。…

Rで、OpenAI APIの "DALL·E 2" モデルを使って『テキストから画像生成(txt2img)』を試してみた件

はじめに 実行環境 txt2img実行関数の読み込み・API keyの設定 generateImage4R関数で、画像生成を実行した 自作したプロンプトで画像生成 GPT-4で作成したプロンプトで画像生成 photorealisticプラグイン + GPT-4による最適化で作成したプロンプトで画像生…

【R言語パッケージ作成のマスターガイド】GPT4にR言語のパッケージ開発の手順を聞いてみた件

はじめに 初心者でも分かりやすいように、R言語のパッケージ開発の手順を聞いてみた パッケージの構築デザインを考える際の注意点は??? CRANにパッケージを投稿・登録する際に、留意点は??? CRAN以外にRパッケージを投稿できるリポジトリは??? 中級…

LLMを使って、R関数の実行プロセスをダイアグラムで可視化してみた件

はじめに chat4R 関数の詳細とその可視化 R関数にroxygen2形式の説明を付与する R関数のダイアグラムを作成する ChatGPTのプラグイン設定 chat4R関数の実行プロセスをMermaidで表現したダイアグラム まとめ 補足: R関数の可視化で使用したプロンプト(命令分)…

【2023年6月版】ChatGPTの現状理解と今月のLLM情報

BioPackathon 2023 #6: ChatGPTとLarge Language Models(LLM)の現状と最新情報 はじめに ChatGPTとは? iOS版ChatGPTアプリのリリース ウェブ情報の取得とプラグイン ChatGPTの限界 日本初のChatGPTプラグイン: 食べログ プロンプトエンジニアリング Magic…

【2023年5月版】ChatGPTの現状理解とR関数&パッケージ作成への活用

先日5月17日に、研究会でトークしたスライドです。 speakerdeck.com ChatGPTの現状理解 OpenAI社について ChatGPTとは? GPT-3.5とGPT-4 フロンプトとは? ChatGPTの得意なこと・苦手なこと(事例とTipsも) R関数&パッケージ作成への活用 GPT API keyの取得…

【R言語と仮想通貨】ビットコイン(BTC)の平均足(Heikin-Ashi)のキャンドルチャートを作成してみた件

はじめに 関連パッケージ BTCの月足データの平均足チャートを作成する 月足データのストキャスティクスRSIオシレーター BTCの週足データの平均足チャートを作成する BTCの日足データの平均足チャートを作成する dygraphsで複数のローソクチャートを描く まと…

R言語で、皆さん憧れの、ランダムウォーク・シミュレーションをやってみた件

はじめに 実行環境 パッケージ準備 1次元ランダムウォーク 2次元ランダムウォーク: 2方向移動 2次元ランダムウォーク: 全方向移動 ランダムウォークで画像表示のアニメーションを作成してみると、こうなる。 twitterから収集した画像を使ってみたら、こうな…

RでODE(常微分方程式)【R言語/ODEを用いて生化学の主要反応速度論モデルを数値的に解いてみたの巻】

はじめに 解析解と数値解 今回扱う反応式の事例 実行環境 パッケージ準備 一次反応モデルの数値解析 animationパッケージでモーションチャート作成 ggplot2でモーションチャート作成 plot_lyでモーションチャート作成 逐次反応モデルの数値解析 逐次反応モデ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をモーションチャートで観察してみた件【S&P100のスキャッチャープロット編】

はじめに 関連記事 実行環境 パッケージ準備 SP100銘柄のデータ取得 plotlyによるモーションチャート(motion chart)の作図 dygraphsによるインタラクティブな作図 まとめ 補足 plotlyによるインタラクティブチャート + ハイライト ggplotlyによるインタラク…

R言語でヒートマップ入門:インタラクティブなヒートマップでデータ分析をもっと楽しくしよう!!

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み heatmap3パッケージを用いた、ハイカラなヒートマップ表現 heatmap3でのヒートマップ作成(1)シンプルなヒートマップ heatmap3でのヒートマップ作成(2)少し複雑なヒートマップ heatmaplyパッケージを使った、ヒ…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をバー・チャート・レースで観察してみた件【その2 ダウ・ジョーンズ工業株価平均(ダウ平均)編】

はじめに 実行環境 Rパッケージの準備 ダウ平均銘柄のデータ取得 ダウ平均銘柄でのバー・チャート・レース ダウ平均銘柄のバー・チャート・レース作成 まとめ 関連記事 Rコード: getDJIA.R はじめに いま。。このブログは、「アニメーショングラフ」推しです…

【R言語とケモインフォ】PubChemからの化合物の情報・構造の取得、およびOpen-Babelを使ったファイル形式変換についての諸々

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み Open-Babel & PyMolのインストールについて Open-Babelの基本動作 Open-Babelの関連コマンドについて PubChemからの化合物の情報・構造データの取得 Rで、PubChem化合物データを読み込み 「gluc」あるいは「glyc」…

【R初心者向け】R言語/RStudioのインストールと諸設定について

はじめに R-CRANからのR言語アプリのインストール 「r」でgoogle検索すると。。。 「CRAN」でgoogle検索すると。。。 MacOSでpkgを実行して、Rをインストールする Mac Homebrewで、R言語をインストールする posit HPから、RStudioをインストールする Mac Hom…

【R言語とWebスクレイピングとアニメーショングラフ】仮想通貨や株価変動をバー・チャート・レースで観察してみた件【その1 日経225・Nikkei225 編】

はじめに 実行環境 Rパッケージの準備 日経225銘柄のデータ取得 日経225銘柄でのバー・チャート・レース 日経225 上位20銘柄でのバー・チャート・レース作成 日経225 下位20銘柄でのバー・チャート・レース作成 まとめ 参考資料 Rコード: getNikkei225.R は…

【R言語と時系列解析】Prophetパッケージを利用した、時系列データの未来予測: ブログ利用者数の推移予測とか、ビットコインや日経225の価格トレンド推移予測とか

はじめに 実行環境 Prophetのデータフォーマット 関連パッケージの準備 ブログ利用ユーザー数の推移を未来予測する 過去14日間の訪問ユーザー数(y_14day列)を使って、ブログ利用ユーザー数の推移を予測する 他のプロット方法について 過去28日間の訪問ユーザ…

【R言語と仮想通貨】ビットコイン(BTC)の長期トレンド解析について

はじめに パッケージ準備 ビットコインの長期チャートデータについて 長期の移動平均から、BTCの経験的な底値が分かるかも?? 長期の加重移動平均線(WMA)から、BTCの経験的な底値が分かるかも WMAの長期トレンドを網掛け(ポリゴン)表示について SMAの長期ト…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】意外と分からない、ファイルを別ディレクトリに移動させる操作関数篇: filesstringsパッケージ

はじめに とあるディレクトリとファイル構成について まずは、filesstringsパッケージをインストールする ファイルを移動させる関数群 同時に、N個のものを移動させる場合 まとめ 参考資料 はじめに 過去に、R環境から行う、 フォルダの基本操作(作成・削除…

【R/binancer】バイナンス仮想通貨の上昇傾向銘柄を検出して、Twitterにポストするボット機能を作成してみた件

はじめに R環境のセットアップ binancerを用いて、バイナンス仮想通貨のシンボル情報を取得する 上昇傾向にある、バイナンス仮想通貨・アルトコインの探索と可視化を行うプログラム 仮想通貨・ビットコイン・アルトコインについて(1) 仮想通貨・アルトコイ…

【R/binancerとか】仮想通貨の価格を秒速で取得・可視化してみた件

はじめに バイナンス R環境のセットアップ binancerを用いて、仮想通貨の現在価格を取得する coin360.comのテーブル情報から、マーケットキャップなどを取得する バイナンスから仮想通貨の価格変動を取得して、プロットする 3つの仮想通貨(BTC, ETH, BNB)の…

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

【R言語と画像認識】学習済みAIモデルを使って、顔認識がサクサクできた話

Rで顔認識をやってみた話 顔認識の関連パッケージをセットアップする 男性画像に対する顔認識の検証 顔認識後に、顔部分をクロップ(切り出す)する 女性の画像を用いた顔認識の検証実験 まとめ 参考 - 顔認識 Rで顔認識をやってみた話 ふと思い立って調べてみ…

【R言語と文字認識】R環境で、OCR(光学文字認識)をやってみると、やはりの結果だった件

はじめに tesseract::ocr関数を使った、画像からの文字起こし OCR関連パッケージのセットアップ 文字認識して、英語を抽出する場合: 英文字のみ 文字認識して、日本語を抽出する場合: その1 日本語文字のみ 文字認識して、日本語を抽出する場合: その2 日本…

【R言語と米国株】S&P500指数が年初6ヶ月でマイナス20%以上だった年の後半戦、そして翌年はどうなるのか?

2007年9月-と2021年12月-の2つの GSPCプロットの重ね合わせ(2022年10月8日アップデート) 2007年9月-と2021年12月-の2つの GSPCプロットの重ね合わせ(2022年9月19日アップデート) Rコード: 2つのGSPCプロットの重ね合わせ 年初より続く、S&P500指数の下落…

【R言語とオープンデータ】アメリカ地質調査所が提供する世界中の地震データを地図表示してみた件 〜初心者でもできるオープンデータを使った世界地図の簡単プロット〜

はじめに オープンデータの関連記事 アメリカ地質調査所、および同研究所が提供する世界で発生した地震データのスプレッドシート 過去1日地震データのスプレッドシートURL 過去7日地震データのスプレッドシート 過去30日地震データのスプレッドシート leafle…

R環境で小説のテキストマイニングをやってみたら、○○○な結末になった件【その4: テキストマイニングと形態素のワードクラウド】

はじめに: 『R環境で小説のテキストマイニング』の連載シリーズ 連載シリーズの目次 まずは、実行環境 形態素のワードクラウドに関するイントロダクション RMeCab形態素解析済みの結果の読み込み .Rdsをロードする場合 .txtをロードする場合 ワードクラウド…

【R言語/速度論/数値計算】10倍量のヨーグルトを作りながら、乳酸菌の増殖曲線を考えてみた件

この記事は、2020年6月13日記事のアップデート版です。 はじめに 方法 (1): 10倍量ヨーグルト作製のマテリアル 方法 (2): 10倍量ヨーグルトの作製プロトコール 結果: 種菌の増殖曲線の検討 まとめ 参考文献 はじめに 最近、ヨーグルト作りにハマっていま…

R環境で小説のテキストマイニングをやってみたら、○○○な結末になった件【その3: 形態素解析と複合語抽出 (名詞、接頭辞、接尾辞の品詞ルールベース抽出、pytermextract)】

はじめに: 『R環境で小説のテキストマイニング』の連載シリーズです。 連載シリーズの目次 実行環境 名詞、接頭辞、接尾辞をくっつける、品詞のルールベースの複合語抽出 pytermextractを使った複合語抽出 ターミナル環境上での、pytermextractを使った複合…

R環境で小説のテキストマイニングをやってみたら、○○○な結末になった件【その2: 形態素解析と辞書設定】

はじめに: 『R環境で小説のテキストマイニング』の連載シリーズです。 連載シリーズの目次 実行環境 形態素解析と辞書設定 mecabを使った形態素解析 MeCabの辞書設定 辞書による形態素解析結果の違い デフォルトのipadic辞書を使った場合 neologd辞書を使っ…