京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

R言語

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その3】敵対的生成ネットワーク (GAN)による教師なし画像生成(image generation)をやってみた件

「敵対的生成ネットワーク(GAN: Generative Adversarial Networks)」は、 ディープラーニングの生成モデルの一種であり、 与えたデータから本物と偽物を見分けるように複数の学習器を用いて学習することで、 新たな画像の生成や画風の変更などができる。 …

Bioconductor/BioImageDbsパッケージの使い方〜深層学習用の画像アレイデータを取得する〜

BioImageDbsパッケージは、Rで可読なフォーマット(.Rds)で、 深層学習(DL)用の画像アレイデータ(4次元あるいは5次元)を 提供するexperimentHubパッケージである。 BioImageDbsパッケージ BioImageDbs概要(英語) 今回、BioImageDbsパッケージの使用方法を解説…

【R言語での画像処理シリーズ(その2)】主成分分析(PCA)を用いて、画像特徴の次元圧縮をやってみた件

今回は、Karhunen-Loève変換(KL変換)という手法を使って、 ヒマワリ画像の圧縮を行ってみた*1。 この手法のデフォルトでは、 主成分分析(PCA; Principal Component Analysis)をクロップ画像に適用することで、一度、画像を主成分ベクトルに変換する。 その後…

【R言語での画像処理シリーズ(その1)】R/EBImageとかを使った画像処理(読み込み、表示、リサイズetc)をやってみた件

今回は、EBImageとimagerを使った、 R環境での画像処理をいろいろと紹介する。 具体的に、画像ファイルの読み込み・表示、 ヒストグラム表示、グレー画像変換、リサイズ(縮小)とかのプログラムを作成・実行してみた。 はじめに、EBImageとimagerをセットアッ…

R/rtweetとか諸々を使って、つぶやきのテキスト解析 (形態素分析 + 感情分析) をやってみた件

twitterのつぶやきを集めて、形態素分析 + 感情分析をやってみた。 つぶやきの感情分析は、単語感情極性対応表を使って、positiveかnegativeかを評価してみた。やってみると、案外、面白かった。 まずは、Rの関連パッケージをインストールしてみる。 #インス…