はじめに - AutoDock Vina AutoDockは、 30年近く開発が進められている、分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つです。 主に、タンパク質–リガンドのドッキングに利用されています。 2009年からオープンソース・ソフトウェアとなり、非商業的利用…

はじめに grepコマンドは、ある特定の文字列を含むものを取り出す・検索するときに使用します。 大別して、ファイル内のテキストに対してgrepを行うか、ファイル名に対してgrepを行うかでやり方が変わってきます。 やってることは単純だが、いろいろと応用で…

ターミナル上で、よく使うであろう基本コマンドを紹介する。 cd、cat、head/tail、chmod、shutdownなどを解説する。 cd : ディレクトリ移動 cd [ディレクトリ] #このとき、「tab」を押すと、ファイルを表示・補完 #コマンド実行時に、[ ]は不要 #(1) Homeデ…

はじめに Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないということがある。 今回、「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせる実行例を取り上げる。 #Docker のインストール $ brew install --cask docker #Docker.appの起動 $ open …

はじめに 今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式…