京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

Terminalコマンド - chmod

【LINUX/Macの基本コマンド④】cd, cat, head/tailなどのコマンドの使い方メモ

ターミナル上で、よく使うであろう基本コマンドを紹介する。 cd、cat、head/tail、chmod、shutdownなどを解説する。 cd : ディレクトリ移動 cd [ディレクトリ] #このとき、「tab」を押すと、ファイルを表示・補完 #コマンド実行時に、[ ]は不要 #(1) Homeデ…

Mac Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンを「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせるTips

Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないということがある。 今回、「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせる実行例を取り上げる。 #Docker のインストール $ brew install --cask docker #Docker.appの起動 $ open /Applicat…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

今回、バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの1つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式」であり、…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

grepコマンドは、ある特定の文字列を含むものを取り出す・検索するときに使用する。 大別して、ファイル内のテキストに対してgrepを行うか、ファイル名に対してgrepを行うかでやり方が変わってくる。 やってることは単純だが、いろいろと応用できるので、今…