京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド - chmod

M1チップ搭載の MacBook Air におけるAutoDock Vina (1.2.2) の諸設定とドッキングシミュレーションについて

はじめに - AutoDock Vina 原著論文 - AutoDock Vina - 今回やること セットアップ brewの設定 brewコマンドを用いたパッケージのセットアップ Autodock Vina 1.2.2のセットアップ AutoDock Vinaのチュートリアル「basic_docking」を実行してみる 実行時のコ…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

はじめに 練習用のファイルのダウンロード ファイル内のテキストに対する処理 ある特定の文字列を含む行を表示する ある特定の文字列を含まない行を表示する ある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する 空白行を削除する ファイル内の行数をカウン…

【LINUX/Macの基本コマンド④】cd, cat, head/tailなどのコマンドの使い方メモ

はじめに cd : ディレクトリ移動 cat : ファイル内表示・結合・作成 head / tail : ファイルの先頭や末尾を表示 覚えておくと良いターミナルコマンド ターミナルコマンド補足編 まとめ LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 はじめに ターミナル上で、よく使う…

Mac Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンを「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせるTips

はじめに docker-compose 1.28.4 をGitHubリポジトリからダウンロード・インストール 【追記 2021/4/13】Mac docker-compose 1.26.2 を 1.27.4 にアップグレードする まとめ はじめに Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないという…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

はじめに NDPIToolsのセットアップ NDPIテストファイルのダウンロード ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開 Fiji/ImageJでのCompress TIFFのインポート&エクスポート ImageJマクロでの実行 まとめ ImageJ & 画像解析に関する入門書 補足 Fiji/Image…