京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド - grep

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その2】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

はじめに まずは、サンプルデータをダウンロードする 検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 大文字・小文字を区別せず、検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 検索語に一致した文字列の数をカウントする【部分一致検索】 検索語に一致…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

はじめに 練習用のファイルのダウンロード ファイル内のテキストに対する処理 ある特定の文字列を含む行を表示する ある特定の文字列を含まない行を表示する ある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する 空白行を削除する ファイル内の行数をカウン…

【LINUX/Macの基本コマンド①】 システム情報、CPU情報、メモリ情報を表示してみる

前書き システム情報 CPU情報 メモリ情報の確認 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 前書き このコーナーでは、CentOSで使う、基本的なコマンドラインをまとめてみることにする。 第1回目として、ターミナルコマンドで、 システム情報、CPU情報、メモリ情報…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト(text.txt)をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…