Mac
OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその１つである、MacTexをインストールした時の話である。 Homebrewをインストールして、ターミナルで以下を実行する。 skume.net brew update brew install mactex #実行時に…
Devel版R（あるいは、R-devel）は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバージョンである。 Bioconductorのページを参考にして、 Devel版RのDockerイメージを使ってみたので、その方法をメモしておく。 bioconductor.org Mac版 Docke…
RでのWebスクレイピングのやり方の１つとして、rvestパッケージを使う方法がある。 詳細は、過去の記事を参照 skume.net skume.net ただ、このパッケージだと、Webスクレイピングがやや難解なケースがある。 実際、Google検索のヒット件数項目を取得するのを…
RのSlack APIであるslackrパッケージの使い方について、いろいろとまとめてみた*1。 APIの諸設定、基本的なslackrの使い方に加えて、新着論文情報をRからチャネルに送信するプログラムも実装してみた。 まずは、Salck API設定の手順からはじめよう。 Salck A…
この記事の内容を実行してしまったばっかりに、 Mac PCのクリーンアップ（初期化）を余儀なくされても、 一切保証できるものではありませんので、あしからず。 先日、.DS_Storeファイルが無性に邪魔に感じて、 Mac内にある同ファイルすべてを消してみたのだ…
PyMOLは、オープンソースの分子グラフィックスツールである。 いまも、教育版（Educational-use-only PyMOL）は、以下のフォームで登録すれば、フリーで使用できるらしい。 pymol.org 少し前にまとめた資料であるが、PyMolコマンドのメモとしてアップしてお…
Kaggle（読み方は「ケグル」？？、どうも「カグル」らしい）は、世界中のデータサイエンティストや統計分析者がその最適モデルを競い合う、予測モデリング及び分析手法関連プラットフォームである*1。 この記事では、Terminalを使わずに、R上からすべてのKag…
（削除） ショートカットキー １文字の削除 DeleteCtrl (Control) + h １単語の削除 Ctrl + w カーソル位置から行頭まで削除 Ctrl + u カーソル位置から行末まで削除 Ctrl + k カーソル上の1文字削除 Ctrl + d （履歴） ショートカットキー 一つ前のコマンド…
pythonの古いバージョン（例えば、3.8とか）をインストールしたいとき、 パッケージのlinkをしないと、それが使えなくなっている。 今回、python3.8をbrewでインストールして、パッケージのlinkをやり直して、 コマンド名を「python」に書き換えるまでをやっ…
Mac PC内に、Java 14 と 12 が混在している状況で、Java 14 からJava 12にパスを切り替えるメモ書き。 #現在のJava パス $ which java /usr/bin/java # Javaのバージョン確認 => java 14 が使用されている $ java -version java version "14" 2020-03-17 Jav…
SPARQL（スパークル）は、RDF(Resource Description Framework)問合せ言語の１つである。SPARQL言語、SPARQLクエリとも呼ばれる。 主に、RDF形式のLinked Data / ナレッジグラフ、またはオープンなライセンスで公開されているOpen Linked Data (LOD)、*1の検…
最近ではMacOS Xのフォルダ／ファイルのアクセス制限から、Fijiのインストールすら、不便になってきた。 Fiji（Fiji - ImageJ）のHPから、アプリをダウンロードしてきたのだが、「read-only」のエラーが出て、Fijiのアップデートができない。意味不明である…
.DS_Store を消していたら、Macの設定がいろいろと消えてしまった*1。。。なんてこった！！ 現在、MacOS X 10.15.7を使っているが、スティッキーズのデータ復旧が以前のバージョンとやや変わっているようた。 実際、~/Libraryに、StickiesDatabase というの…
今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを（広く浅く）紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…
Mac歴が１２年以上となるが、Mac PC内の定期メンテナンスは、過去のOSバージョンからも悩ましい問題である。 過去には、ディスクユーティリティをいじってみたり、 ファイルのセグメント化を直してみたりと、 いろいろと試したが、結局あまり効果がない。 Ma…
最近、データを置いておくのに良さそうな公共リポジトリが見つからず、 やっぱ、Google Driveを使うのが無難かなと思いだしたので、その関連記事を書いてみた。 今回、Google Driveをデータリポジトリとして、データを公開して、 コマンドラインでそのデータ…
今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式」であり、…
SudachiPyは、日本語形態素解析器SudachiのPython版である。 今回、R/RStudio上でのSudachiPyの実行例を概説する。 個人的には、RユーザーにとってPythonパッケージがR環境上で実行できると、いろいろと良いのでは考えている*1。 例の如く、HomeBrewでPython…
過去の記事で、「【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定」を紹介した。 現状、MacローカルでのRstudio Server動作について、 バージョン・アップ等の問題で*1、少々動作が不安定な場合がある。 そのため、ローカル…
mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスである。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これらのプロセスが頑張って、Macのファイル検索システムであるSpotlight関連の機能を実現している。 知らず知らずのうち…
「grepコマンドによる文字列処理をやってみた」の続編である。 以前扱えていなかった内容をやっていきたい。 grepコマンドの基本については過去の記事を参照のこと。 skume.hatenablog.com skume.hatenablog.com まずは、サンプルデータをダウンロードする $…
論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨（Abstract）を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…
今までほぼやってなかったけど、さっき使ってみて思いの外便利だったので、今後はこれを使いたいと強いメッセージを込めて、これのみでメモっておく。 まずは、エクセルの任意のセルを選択して、command + c でコピーする。 Rを起動して、以下のコマンドを打…
grepコマンドは、ある特定の文字列を含むものを取り出す・検索するときに使用する。 大別して、ファイル内のテキストに対してgrepを行うか、ファイル名に対してgrepを行うかでやり方が変わってくる。 やってることは単純だが、いろいろと応用できるので、今…
Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という２種類のタイプ…
よく使う割にいつもネットで調べるはめになるので、、 このタイミングで、Mac Terminalでの圧縮と解凍コマンドをメモっておく*1。 データ圧縮方式 / アーカイブ方式 .zip .tar .gz & .tar.gz & .tgz .bz2 & .tar.bz2 .tar.xz について、まとめてみた。 .zip …
master => main に変更されたみたい(11 Feb 2021) GitHub は、ソフトウェア開発のプラットフォームである。また、ソフトウェア開発者のみならず、ソフトウェア・ユーザーにとっても、ほぼ必須といえる、コード共有のコミュニティでもある。 GitHubリポジトリ…
Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python３をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); H…
この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず（2020年9月13日現在）、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com (adsbygoogle = window.adsbyg…
grep コマンドは、AppleのHPにファイル内の文字列を探すツールであると説明されているが、 grep コマンドを知ると、単に「文字列を探す」だけでなく、 いろいろな応用的な操作ができるようになる。 この記事では、Mac版 grepコマンド の基本的なテキスト処理…
