京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Mac

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

Mac OSXでよく使う・使ったら便利なショートカット集

Macのショートカット 画面キャプチャー・スクリーンショット Finder上で隠しファイルを表示させる ショートカットキーいろいろ 削除系のショートカットキー 履歴系のショートカットキー カーソルの移動系のショートカットキー 処理系のショートカットキー そ…

M1 Mac環境で、flash2を使ってペアエンドfastqをマージしてみた件

はじめに FLASHの原著論文 今回のzsh実行環境 M1 Macにおけるflash2のインストール flash2によるペアエンドfastqのマージ実行 GAGEからペアエンドのfastqデータを取得する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 補足 FASTQ形式からFASTA形式への変換 - sed…

R/rtweetを使って、Twitterでつぶやくための基本的な関数『post_tweet』のこと

はじめに rtweetパッケージのインストール テキストをつぶやく 画像をつぶやく まとめ 補足 全てのフレンドのフォローを辞めるTips 闇を消そう、、Twitterのポストを全削除するTips 闇からの開放企画(v2): ユーザーが行った「いいね」をすべて削除するTips…

M1チップ搭載の MacBook Air におけるAutoDock Vina (1.2.2) の諸設定とドッキングシミュレーションについて

はじめに - AutoDock Vina 原著論文 - AutoDock Vina - 今回やること セットアップ brewの設定 brewコマンドを用いたパッケージのセットアップ Autodock Vina 1.2.2のセットアップ AutoDock Vinaのチュートリアル「basic_docking」を実行してみる 実行時のコ…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】エクセルデータをクリップボードにコピーして、Rのread.table関数でデータフレームとして読み込むTips

エクセルデータをクリップボードにコピーしてR環境に読み込む コピーしたセルがヘッダーを含む場合 コピーしたセルがヘッダーを含まない場合 追記(2020年6月10日): マークダウンなどでテーブル出力 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 参考資料 エクセルデータを…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その2】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

はじめに まずは、サンプルデータをダウンロードする 検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 大文字・小文字を区別せず、検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 検索語に一致した文字列の数をカウントする【部分一致検索】 検索語に一致…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

はじめに 練習用のファイルのダウンロード ファイル内のテキストに対する処理 ある特定の文字列を含む行を表示する ある特定の文字列を含まない行を表示する ある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する 空白行を削除する ファイル内の行数をカウン…

MacOSXターミナルでのbz2形式の圧縮・解凍についてまとめてみた件

.bz2について bzip2コマンドによるbzip2圧縮 bzip2圧縮を行い、任意のファイル名で保存する場合 bunzip2コマンドによるbzip2解凍 .tar.bz2について tarコマンドによるtar.bz2圧縮 tarコマンドによるtar.bz2解凍 .bz2について bzip2では、 圧縮効率を良くする…

Homebrew を使って、Python 3.9 をインストールしたときの設定諸々 〜インストール先が「/opt/homebrew/bin」になってるよ!!〜

はじめに(2022年1月アップデート版) Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python3 をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA(Sequence Read Archive)ファイルをダウンロードしてみた件

SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル(+ gz圧縮)をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…

Macで、DS_Storeとか、Rの隠しファイルをバッチファイル(.command)で削除するTips

はじめに .commandのバッチファイルを作成する shスクリプトをコピペする .commandファイルに実行権限を与える 補足: chmodの使い方 はじめに Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがある…

MacでPower Point(パワポ)ファイル(.pptx)を展開して、xmlファイル、画像メディアなどの構成ファイルを見る方法 〜パワポファイルがクラッシュしたときのファイル修復・普及に使える〜

前書き 解凍ソフトウェアのインストール ファイルの拡張子をpptxからzipに変更する The Unarchiverでzipファイルに展開する 同じ名前のフォルダが解凍されると、ほぼ完了である。 まとめ 前書き 今回、やることは、タイトルの通りである。 パワポファイル(.…

R言語で『eval + parse + paste関数』を使って、文字列をRプログラムとして実行するTips

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

Macで、RをTerminalコマンドでアンインストールするときにやること

Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI(R.APP)とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…

Mac Homebrewで、pandocのインストール

はじめに pandocのインストール はじめに R/Knitで、bibtexのリファレンスの処理ができなくなったと思ったら、pandocが消えてるっぽい。 Pandocというのは、文書作成ツール や出版作業時に用いられるドキュメント・コンバータの1つであり、、、、 なので、p…

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

はじめに AWS CLIのインストール AWS CLIの各種設定 AWSサーバーにアクセスして、ファイルをアップロードする。 補足 CentOSでの AWS cli のインストール 以下のRequestTimeTooSkewedエラーが出たら、PCの時計がズレているかも。。。 参考資料 関連図書 はじ…

【R言語での画像処理シリーズ(その2)】主成分分析(PCA)を用いて、画像特徴の次元圧縮をやってみた件

序章 関連パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する Imageクラスを「行列」に変換する RGB成分を3D表示する ヒマワリ画像を64x64ピクセルでクロップ(分割)する 主成分分析(PCA)、累積寄与率の計算と可視化 PCA結果の…

【R言語での画像処理シリーズ(その1)】R/EBImageとかを使った画像処理(読み込み、表示、リサイズetc)をやってみた件

はじめに パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する RGB画像をヒストグラムで表示する グレー画像をヒストグラムで表示する RGB画像を各成分に分離して、各画像を表示する フィルターを変えて、画像の縮小を行い、結果…

R/rtweetとか諸々を使って、つぶやきのテキスト解析 (形態素分析 + 感情分析) をやってみた件

はじめに rtweetの諸設定から もし「Error in default_cached_auth():」がでた時の対処 米国株をクエリに呟きを検索してみる。 つぶやきの形態素解析 単語感情極性対応表を使った感情分析 全つぶやきで、感情分析してみる。 まとめ 補足 M1 Macでのmecabのイ…

【LINUX/Macの基本コマンド③】lsコマンドの使い方メモ

はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し(ドット)ファイルも表示 隠し(ドット)ファイルも表示(ただし、「.」「..」を除く) 「再帰的(recursive)」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示(-l: デフォルト…

まさに、Chromeでのタブ管理・収納の女神「OneTab」を使ってみた件

はじめに Google Chrome OneTab はじめに OneTab は、ブラウザで開いている沢山のタブをワンクリックでリスト化、 またはリストを復元・共有できてしまう神的ツールである。 日頃から、沢山のタブを開いたままにして、ブラウザが重くて仕方ないという状況に…

こういうキラーアプリを探していた!!重複ファイルを検索・削除するツール dupeguru を使ってみた件

はじめに dupeguruのインストール・実行 dupeguruの使い方の概要 まとめ 参考資料 はじめに 今回の記事は、コンピュータ上の重複ファイルを検索するソフトウェア「dupeguru」を紹介します。。 このソフトウェアでは、 ファイル名またはコンテンツのいずれか…

洒落乙 htop でタスクマネージをやってみた件

htopのインストール htopの実行 今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコマンドを打つだけである。 #MacOSXの場合 brew install…

pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

はじめに MacTexのインストール universal-darwinの方にもパスの設定 tlmgr のパス確認とアップデート 参考記事 はじめに OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその1つである、MacTexをインストールした時の話であ…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

はじめに - Devel版R Quick start 個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド 最後に一言 はじめに - Devel版R Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバー…

R言語のRSeleniumを使って、ブラウザ(自動)操作とWebスクレイピングをやってみた件 〜Google検索でのトップヒットページ・ヒット件数・スクショの取得〜

はじめに 事前セットアップ Webブラウザのダウンロード Webブラウザ操作用ドライバーのインストール Javaのインストール selenium.jarのダウンロード・実行 RSeleniumの使い方 - ブラウザ操作の基本 Google検索とか情報取得とかをやってみる 検索結果を取得…

R/Slack APIの諸設定、slackrの使い方、及びGoogle scholarで検索された新着論文情報を知らせるTips

はじめに : R版Slack API Salck API設定の手順 1. Slackのワークスペースに、任意のチャネルを作る。(必要なら) 2. Slack アプリを新規作成する 3. Incomming WebhooksをActiveにする 4. Bot User OAuth Tokenの取得、OAuth & Permissionsの設定 5. Slack ア…

MacOSXでやってはいけないコマンド実行、やったら初期化は逃れないかも 〜.DS_Storeファイルが邪魔なのですべて消してみた件〜

序章 Macでやってはいけないコマンド実行 序章 この記事の内容を実行してしまったばっかりに、 Mac PCのクリーンアップ(初期化)を余儀なくされても、 一切保証できるものではありませんので、あしからず。 先日、.DS_Storeファイルが無性に邪魔に感じて、 …