京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Mac

R/rtweetとか諸々を使って、つぶやきのテキスト解析 (形態素分析 + 感情分析) をやってみた件

はじめに rtweetの諸設定から もし「Error in default_cached_auth():」がでた時の対処 米国株をクエリに呟きを検索してみる。 つぶやきの形態素解析 単語感情極性対応表を使った感情分析 全つぶやきで、感情分析してみる。 まとめ 補足 M1 Macでのmecabのイ…

【LINUX/Macの基本コマンド③】lsコマンドの使い方メモ

はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し(ドット)ファイルも表示 隠し(ドット)ファイルも表示(ただし、「.」「..」を除く) 「再帰的(recursive)」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示(-l: デフォルト…

まさに、Chromeでのタブ管理・収納の女神「OneTab」を使ってみた件

はじめに Google Chrome OneTab はじめに OneTab は、ブラウザで開いている沢山のタブをワンクリックでリスト化、 またはリストを復元・共有できてしまう神的ツールである。 日頃から、沢山のタブを開いたままにして、ブラウザが重くて仕方ないという状況に…

こういうキラーアプリを探していた!!重複ファイルを検索・削除するツール dupeguru を使ってみた件

はじめに dupeguruのインストール・実行 dupeguruの使い方の概要 まとめ 参考資料 はじめに 今回の記事は、コンピュータ上の重複ファイルを検索するソフトウェア「dupeguru」を紹介します。。 このソフトウェアでは、 ファイル名またはコンテンツのいずれか…

洒落乙 htop でタスクマネージをやってみた件

htopのインストール htopの実行 今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコ…

pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

はじめに MacTexのインストール universal-darwinの方にもパスの設定 tlmgr のパス確認とアップデート 参考記事 はじめに OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその1つである、MacTexをインストールした時の話であ…

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

はじめに - Devel版R Quick start 個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド 最後に一言 はじめに - Devel版R Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバー…

R言語のRSeleniumを使って、ブラウザ(自動)操作とWebスクレイピングをやってみた件 〜Google検索でのトップヒットページ・ヒット件数・スクショの取得〜

はじめに 事前セットアップ Webブラウザのダウンロード Webブラウザ操作用ドライバーのインストール Javaのインストール selenium.jarのダウンロード・実行 RSeleniumの使い方 - ブラウザ操作の基本 Google検索とか情報取得とかをやってみる 検索結果を取得…

R/Slack APIの諸設定、slackrの使い方、及びGoogle scholarで検索された新着論文情報を知らせるTips

はじめに : R版Slack API Salck API設定の手順 1. Slackのワークスペースに、任意のチャネルを作る。(必要なら) 2. Slack アプリを新規作成する 3. Incomming WebhooksをActiveにする 4. Bot User OAuth Tokenの取得、OAuth & Permissionsの設定 5. Slack ア…

MacOSXでやってはいけないコマンド実行、やったら初期化は逃れないかも 〜.DS_Storeファイルが邪魔なのですべて消してみた件〜

序章 Macでやってはいけないコマンド実行 序章 この記事の内容を実行してしまったばっかりに、 Mac PCのクリーンアップ(初期化)を余儀なくされても、 一切保証できるものではありませんので、あしからず。 先日、.DS_Storeファイルが無性に邪魔に感じて、 …

Mac PyMolで使う基本コマンドラインのまとめ

PyMOLは、オープンソースの分子グラフィックスツールである。 いまも、教育版(Educational-use-only PyMOL)は、以下のフォームで登録すれば、フリーで使用できるらしい。 pymol.org 少し前にまとめた資料であるが、PyMolコマンドのメモとしてアップしてお…

文字コード変換のLINUXコマンド 〜文字化け変換、シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 UTF・BOM Unicodeエスケープ文字・パーセントエンコード文字 nkfコマンドの基本的な使い方 nkfコマンドでの文字コードの変換例 UTF-8からUTF-8(BOM付)への変換 Unicodeエスケープシーケンス形式を日本語文字に変換す…

RからのKaggleコマンド実行のTips 〜コンペ一覧・データセット取得・submitなどを一通りやってみた。Predictionはまた今度で編〜

はじめに Pythonの設定・configについて Kaggleコマンドの使い方 基本的な文法 【1】コンペ一覧の表示①: 全一覧の表示 【2】コンペ一覧の表示②: titanicで検索した一覧の表示 【3】コンペ・ランキングの表示: titanic 【4】コンペ・データセットの表示: …

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョンのインストール python@3.8へとlinkを書き換える pythonとpip関連コマンドのエイリアス名を書き換える 補足 pythonの古いバージョンのインストール pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージ…

Mac版 JAVAバージョン切り替えメモ : Java 14 から 12 への切り替え

Javaパスを切り替えるメモ書き 環境変数の設定に関する2パターンの方法 一時的な設定の場合 一時的な設定の場合 設定後の確認 Javaパスを切り替えるメモ書き Mac PC内に、Java 14 と 12 が混在している状況で、Java 14 からJava 12にパスを切り替えるメモ書…

【SPARQLとオープンデータ】Curl コマンドで、MacターミナルからSPARQLクエリを実行してみる 〜Wikidata、大阪市オープンデータを扱ってみた件〜

はじめに curl コマンドを用いたSPARQL実行の基本形 実施例①-1: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの下位概念〜 実施例①-2: WikidataでのSPRQLクエリ 〜データサイエンスの上位概念〜 SPARQL_Example01.command 実施例②: WikidataでのSPRQLクエリ …

これから「Mac版ImageJ/Fiji」はHomeBrewでインストールしよう!!

はじめに brewコマンドでのfijiのインストール はじめに 最近ではMacOS Xのフォルダ/ファイルのアクセス制限から、Fijiのインストールすら、不便になってきた。 Fiji(Fiji)のHPから、アプリをダウンロードしてきたのだが、「read-only」のエラーが出て、F…

Macのスティッキーズ.appが飛んだ時の対処について

.DS_Store を消したら悲劇が。。。 解決策。。。 まとめ .DS_Store を消したら悲劇が。。。 .DS_Store を消していたら、Macの設定がいろいろと消えてしまいました*1。。。なんてこった!! 現在、MacOS X 10.15.7を使っていますが、スティッキーズのデータ復…

画像解析関連のRパッケージについて調査してみた件 〜ANTsRNetを用いた、RにおけるU-NETの実装事例〜

今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを(広く浅く)紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…

【Macの定期メンテナンス】Finderのクイックルック機能、GUIでのファイル・フォルダ移動が遅くなり始めたら、結局これをやること。。

悩ましいMac PCの定期メンテナンス 定期メンテナンスの実行 まとめ 関連情報 悩ましいMac PCの定期メンテナンス Mac歴が12年以上となるが、Mac PC内の定期メンテナンスは、過去のOSバージョンからも悩ましい問題である。 過去には、ディスクユーティリティ…

Mac版wgetでGoogle DriveからファイルをダウンロードするTips〜フォルダの共通設定からwgetコマンド実行まで〜

はじめに テストファイルの生成 Google Driveの共通フォルダ設定・ファイルアップロード ファイルURLの取得・書き換え wgetでのファイル・ダウンロード 小さいファイルの場合 大きいファイル(100MB以上)の場合 まとめ 補足 gdrive_downloadのスクリプト 参…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

はじめに NDPIToolsのセットアップ NDPIテストファイルのダウンロード ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開 Fiji/ImageJでのCompress TIFFのインポート&エクスポート ImageJマクロでの実行 まとめ ImageJ & 画像解析に関する入門書 補足 Fiji/Image…

【R言語と形態素解析】R環境/reticulateで実行する、Python版Sudachi『SudachiPy』による日本語形態素解析

はじめに 実行環境 SudachiPyのデフォルト・インストール Sudachi 辞書 fullの設定 R環境でのコマンドライン版sudachipyの実行 R環境でのPythonパッケージ版sudachipyの実行 自作関数SudachiTokenizerRについて まとめ 補足 辞書の設定ファイル「sudachi.jso…

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

概要 Docker for macのインストールについて dockerコマンドの動作確認 rocker/rstudioイメージの検索・ダウンロード rocker/rstudioコンテナのセットアップ 各種dockerコマンドについて コンテナ操作に関するdockerコマンドについて dockerの設定情報 ロー…

Macで、mds_stores のプロセスを消し出したら、Spotlightとの決別のサインかも!?

Spotlightとの決別 【関連キーワード】 実行環境 & mds_storesのプロセスの止め方 まとめ 関連情報 Spotlightとの決別 mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスです。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これ…

【R言語と学術論文】PubMed API「RISmed」と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

はじめに Rパッケージのセットアップ PubMed全体でキーワード検索をやってみる 少し脱線して、年ごとの論文数をまとめてみた 本題に入って、googletransによる論文情報の和訳とレポート作成をやってみる まとめ 全Rコード in gist 補足 MEDLINEタグ情報*5 Pu…

Mac Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

はじめに まずは、 ターミナルを立ち上げて、Macの実行環境確認 jupyterの設定 jupyter notebook のインストール jupyter lab のインストール いまさらながら、python2の設定(失敗) Rの設定 ibashの設定 SPARQLの設定 ijsの設定 まとめ 補足 jupyterのipyn…

Macでの圧縮・解凍コマンドをメモっておく件

はじめに LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 .zip について zipコマンドによるzip圧縮 unzipコマンドによるzip解凍 .tarについて tarコマンドによるtarアーカイブ化(非圧縮) tarコマンドによるtarアーカイブ解凍 .gzについて gzipコマンドによるgzip圧縮 …

初心者向け ソフトウェア開発プラットフォーム GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

はじめに 実行環境 git のインストールとログイン gitのインストール・コマンドの実行 はじめの設定 gitコマンドの使い方 (1)ローカルフォルダ作成からやる場合 1. ローカルリポジトリの初期化 2. .md/code などを作成・編集する 3. インデックスへの…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server(RStudioサーバー)の構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 はじめに macOS X編 RStudio Serv…