京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

Devel版R(あるいは、R-devel)は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバージョンである。

Bioconductorのページを参考にして、 Devel版RのDockerイメージを使ってみたので、その方法をメモしておく。

bioconductor.org

Mac版 Dockerのインストールや設定は、過去の記事を参考のこと。

skume.net

Bioconductorのサイトに載っている、Quick start の手順は以下のとおりである。

Quick start

1. Docker インストール & 起動

2. ターミナルを起動する

3. Biocイメージのダウンロード・起動

docker run \
     -e PASSWORD=bioc \
     -p 8787:8787 \
     bioconductor/bioconductor_docker:devel

4. Webブラウザで、「http://localhost:8787」にアクセス。

5. 終了時は、ターミナルをアクティブにして「コントロール + c」で停止する。

これでも、悪いことはないけど、好みの問題かも。

個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド

Devel版なので、Root権限、フォルダの共有もしておきたいということで、以下の手順となった。

1. Docker インストール & 起動

2. ターミナルを起動する & 作業ディレクトリに移動する

3. Biocイメージのダウンロード・起動 + 「 -d & -v 」オプション etc

#Dockerコンテナの作成 & 起動
docker run \
     -d \
     --name bioc \
     -v $(pwd)/Bioc:/home/rstudio/Bioc \
     -e ROOT=TRUE \
     -e PASSWORD=bioc \
     -p 8787:8787 \
     bioconductor/bioconductor_docker:devel

-vオプション(Docker側へのフォルダ参照の指定)は、適時、Biocを書き換えて使用する。

また、R上から実行する場合には、バックスラッシュ x 2 \\ となる。

#Dockerコンテナの作成 & 起動
system("docker run \\
        -d \\
        --name bioc \\
        -v $(pwd)/Bioc:/home/rstudio/Bioc \\
        -e ROOT=TRUE \\
        -e PASSWORD=bioc \\
        -p 8787:8787 \\
        bioconductor/bioconductor_docker:devel")

4. openコマンドで、Webブラウザ起動

open http://localhost:8787

#R上から
system("open http://localhost:8787")

5. 終了時にやること

#コンテナ起動の確認
docker ps

#Dockerコンテナの停止
docker stop [CONTAINER ID]

最後に一言

Devel版Rは、普段使いにはあれなので、Dcokerにしよう。