はじめに
CentOS７でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。
結局、デフォルトのままだと、EPELリポジトリが無効になっているっぽい。
まずは、パッケージのバージョンを最新版にあげておく、
#リポジトリのアップデートなど $ sudo yum update #OR #Brokenエラーで止まる場合には、--skip-brokenフラッグを入れるらしい。 $ sudo yum update --skip-broken
EPELリポジトリをダウンロードする
つぎに、EPELリポジトリをダウンロードする。
なぜか、EPELリポジトリのインストールが、 yum でうんともすんともうまくいかないので、wgetでダウンロードする。
#ダウンロード $ wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/e/epel-release-7-13.noarch.rpm #Epelをインストールする。 $ sudo rpm -ivh ~/epel-release-7-13.noarch.rpm # -i : パッケージのインストール # -v : 詳細の情報表示 # -h : インストールの経過表示 #いちおう消しておく #rm -rf epel-release-7-13.noarch.rpm
だが、これでも、まだダメみたい。。。
$ sudo yum install -y R #=> まだ、うまくインストールできない・・・
リポジトリの有効・無効を調べる
そこで、リポジトリの有効・無効を調べてみる。
$ yum repolist all 読み込んだプラグイン:fastestmirror, langpacks Loading mirror speeds from cached hostfile * base: ftp-srv2.kddilabs.jp * updates: ftp-srv2.kddilabs.jp リポジトリー ID リポジトリー名 状態 C7.0.1406-base/x86_64 CentOS-7.0.1406 - Base 無効 #（中略） epel/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 epel-debuginfo/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 epel-source/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 epel-testing/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 epel-testing-debuginfo/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 epel-testing-source/x86_64 Extra Packages for Enterpri 無効 extras/7/x86_64 CentOS-7 - Extras 無効 extras-source/7 CentOS-7 - Extras Sources 無効 fasttrack/7/x86_64 CentOS-7 - fasttrack 無効 intel-daal-repo Intel(R) Data Analytics Acc 無効 intel-ipp-repo Intel(R) Integrated Perform 無効 intel-mkl-repo Intel(R) Math Kernel Librar 無効 intel-tbb-repo Intel(R) Threading Building 無効 intelpython Intel(R) Distribution for P 無効 updates/7/x86_64 CentOS-7 - Updates 有効: 1,580+60 updates-source/7 CentOS-7 - Updates Sources 無効 repolist: 11,742
どうもepelが無効化されている。。。
yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加する
ということで、結局、yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加すると、Rがインストールできた。
$ sudo yum --enablerepo=epel install -y R #関連パッケージもまとめて、インストール $ sudo yum install -y libpng-devel libjpeg-turbo-devel libxml2-devel libcurl-devel openssl-devel libssh2-devel
Rのセットアップ
次に、Rのセットアップもついでに行っておく。
# R起動 $ R ############ #パッケージ・リスト pkg_list = c('tidyverse', 'rmarkdown', 'shiny', 'flexdashboard', 'shinydashboard', 'devtools', 'testthat', 'roxygen2', 'profvis', 'RSQLite', 'RcppArmadillo', 'rbenchmark', 'microbenchmark', 'zoo', 'xts', 'forecast', 'maps', 'maptools', 'mapproj', 'mapdata', 'ggmap', 'GGally', 'ggrepel', 'ggraph', 'cowplot', 'gridExtra', 'patchwork', 'tidytext', 'survey', 'fivethirtyeight', 'nycflights13', 'babynames', 'neiss', 'ggplot2movies', 'caTools', 'bitops', 'PKI', 'RCurl', 'RJSONIO', 'packrat', 'rstudioapi', 'rsconnect', 'miniUI') # Rパッケージのインストール install.packages(pkg_list, repos = "https://cloud.r-project.org", Ncpus = 2) ## Bioconductor - EBImageのインストール install.packages("BiocManager", repos = "https://cloud.r-project.org") BiocManager::install("EBImage")
これで、CentOSでのR言語のセットアップは完了である。
