京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

最近、CentOS7で、R言語のインストールでややハマった件

CentOS7でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。

結局、デフォルトのままだと、EPELリポジトリが無効になっているっぽい。

まずは、パッケージのバージョンを最新版にあげておく、

#リポジトリのアップデートなど
$ sudo yum update

#OR
#Brokenエラーで止まる場合には、--skip-brokenフラッグを入れるらしい。
$ sudo yum update  --skip-broken

つぎに、EPELリポジトリをダウンロードする。

なぜか、EPELリポジトリのインストールが、 yum でうんともすんともうまくいかないので、wgetでダウンロードする。

#ダウンロード
$ wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/e/epel-release-7-13.noarch.rpm

#Epelをインストールする。
$ sudo rpm -ivh ~/epel-release-7-13.noarch.rpm 

# -i : パッケージのインストール
# -v : 詳細の情報表示
# -h : インストールの経過表示

#いちおう消しておく
#rm -rf epel-release-7-13.noarch.rpm

だが、これでも、まだダメみたい。。。

$ sudo yum install -y R
#=> まだ、うまくインストールできない・・・

そこで、リポジトリの有効・無効を調べてみる。

$ yum repolist all

読み込んだプラグイン:fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: ftp-srv2.kddilabs.jp
 * updates: ftp-srv2.kddilabs.jp
リポジトリー ID                      リポジトリー名              状態
C7.0.1406-base/x86_64                CentOS-7.0.1406 - Base      無効
#(中略)
epel/x86_64                          Extra Packages for Enterpri 無効
epel-debuginfo/x86_64                Extra Packages for Enterpri 無効
epel-source/x86_64                   Extra Packages for Enterpri 無効
epel-testing/x86_64                  Extra Packages for Enterpri 無効
epel-testing-debuginfo/x86_64        Extra Packages for Enterpri 無効
epel-testing-source/x86_64           Extra Packages for Enterpri 無効
extras/7/x86_64                      CentOS-7 - Extras           無効
extras-source/7                      CentOS-7 - Extras Sources   無効
fasttrack/7/x86_64                   CentOS-7 - fasttrack        無効
intel-daal-repo                      Intel(R) Data Analytics Acc 無効
intel-ipp-repo                       Intel(R) Integrated Perform 無効
intel-mkl-repo                       Intel(R) Math Kernel Librar 無効
intel-tbb-repo                       Intel(R) Threading Building 無効
intelpython                          Intel(R) Distribution for P 無効
updates/7/x86_64                     CentOS-7 - Updates          有効:  1,580+60
updates-source/7                     CentOS-7 - Updates Sources  無効
repolist: 11,742

どうもepelが無効化されている。。。

ということで、結局、yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加すると、Rがインストールできた。

$ sudo yum --enablerepo=epel install -y R 

#関連パッケージもまとめて、インストール
$ sudo yum install -y libpng-devel libjpeg-turbo-devel libxml2-devel libcurl-devel openssl-devel libssh2-devel

次に、Rのセットアップもついでに行っておく。

# R起動
$ R

############
#パッケージ・リスト
pkg_list = c('tidyverse', 'rmarkdown', 'shiny', 'flexdashboard', 'shinydashboard',                                               
             'devtools', 'testthat', 'roxygen2', 'profvis', 'RSQLite', 
             'RcppArmadillo', 'rbenchmark', 'microbenchmark', 'zoo', 'xts', 'forecast',                                                          
             'maps', 'maptools', 'mapproj', 'mapdata', 'ggmap', 'GGally', 'ggrepel', 'ggraph',
             'cowplot', 'gridExtra', 'patchwork', 'tidytext', 'survey', 'fivethirtyeight', 'nycflights13', 
             'babynames', 'neiss', 'ggplot2movies', 'caTools', 'bitops',
             'PKI', 'RCurl', 'RJSONIO', 'packrat', 'rstudioapi', 'rsconnect', 'miniUI')
             
# Rパッケージのインストール
install.packages(pkg_list,
                 repos = "https://cloud.r-project.org",
                 Ncpus = 2)

## Bioconductor - EBImageのインストール
install.packages("BiocManager", repos = "https://cloud.r-project.org")
BiocManager::install("EBImage")

これで、CentOSでのR言語のセットアップは完了である。

参考資料

qiita.com

qiita.com

www.atmarkit.co.jp