京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

CentOS7に、R-4.1.0をソースからコンパイルするTips

最近、CentOS7に、R-4.1.0をインストールしたので、その際のメモを残しておく。

まずは、古いバージョンのRを消す

#とりあえず、yumで削除する
sudo yum remove R
#あと、sudo rmも使って、不要なバージョンを削除する、、

#Rパスを確認する
which R

#/usr/bin/which: no R in (/usr/lib64/qt-3.3/bin:/home/rch/perl5/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/
#usr/local/sbin:/usr/sbin:/usr/local/cuda-9.0/bin:/usr/local/cuda-9.0/lib64:/usr/local/cuda
#-9.0/bin:/usr/lib/python2.7/site-packages/:/home/sas/.local/bin:/home/rch/.local/bin:/home/rch/bin)
#というように、表示されればOK

R-4.1.0 のダウンロード & コンパイル

現在の最新版あたりである、R-4.1.0 (2021-05-18 09:05) をダウンロードして、コンパイルする。

いま、一番最新は、R-4.1.2であるが、普段使いのPCにはまだ怖くて入れられない。。。

#CRANからのダウンロード
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.0.tar.gz

#解凍
tar -zxvf R-4.1.0.tar.gz

#のちほど、不要なファイルを削除
#sudo rm -rf R-4.1.0.tar.gz

#Rディレクトリ内に移動
cd R-4.1.0

#コンパイル実行
sudo ./configure --enable-R-shlib
#--enable-R-shlibを設定すると、結構時間がかかる
#--prefix: インストール先を指定できる。ex. --prefix=~/R

#make 実行(以下を順番に実行する、5-10分くらいかかる)
sudo make
sudo make check
sudo make install

上記の実行が完了すれば、Rのパスとバージョンを確認しておく。

which R
#/usr/local/bin/R

#バージョンを確認する
R --version

#R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
#Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
#Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#
#R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
#You are welcome to redistribute it under the terms of the
#GNU General Public License versions 2 or 3.
#For more information about these matters see
#https://www.gnu.org/licenses/.

上記のR実行で、 -bash: /usr/bin/R: そのようなファイルやディレクトリはありません というエラーが出たら、、、

/usr/binにもシンボリックリンクを追加してみる。

#シンボリックリンクの追加
sudo ln /usr/local/bin/R /usr/bin

そして、Rが起動できて、以下のように表示さされば、インストールは完了である。

R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 
'citation()' と入力してください。 

'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。

configure実行時の補足

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: 
PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

というエラーが出たとしても、無視かな。。。

参考資料

cran.r-project.org

atmarkit.itmedia.co.jp