京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

LINUX

シーケンスリードのクオリティコントロール解析: fastqc、MultiQC、quack、fastpの基本設定と使い方

はじめに 実行環境 テストデータのダウンロード 関連記事 Javaの設定: スキップ可です fastqcの使い方 Fastqcのインストール Fastqcの基本動作 Fastqcの実行 fastqcレポートの見方 fastqcの原著 MultiQCの使い方 MultiQCのインストール MultiQCの実行 MultiQ…

Grep command for string processing (1) Processing of text in a file and other

About grep command Processing of text in files Show lines with a certain string Show lines without the certain string Output lines without a certain string as an alias file Delete blank lines Count the number of lines in a file Searching f…

CentOS7に、R-4.1.0をソースからコンパイルするTips

まずは、古いバージョンのRを消す R-4.1.0 のダウンロード & コンパイル エラーの場合、/usr/binにもシンボリックリンクを追加する configure実行時の補足 参考資料 最近、CentOS7に、R-4.1.0をインストールしたので、その際のメモを残しておく。 まずは、古…

【LINUX/Macの基本コマンド⑤】ファイル同期コマンド rsync

はじめに rsyncのインストール rsyncの使い方 バッチファイルでのrsyncコマンドの実行 rsyncのオプション一覧 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 参考資料 はじめに rsyncは、ディレクトリ・ファイルをローカルあるいはリモートマシンと同期させるコマンド…

【LINUX/Macの基本コマンド④】cd, cat, head/tailなどのコマンドの使い方メモ

はじめに cd : ディレクトリ移動 cat : ファイル内表示・結合・作成 head / tail : ファイルの先頭や末尾を表示 覚えておくと良いターミナルコマンド ターミナルコマンド補足編 まとめ LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 はじめに ターミナル上で、よく使う…

【LINUX/Macの基本コマンド③】lsコマンドの使い方メモ

はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し(ドット)ファイルも表示 隠し(ドット)ファイルも表示(ただし、「.」「..」を除く) 「再帰的(recursive)」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示(-l: デフォルト…

洒落乙 htop でタスクマネージをやってみた件

htopのインストール htopの実行 今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコマンドを打つだけである。 #MacOSXの場合 brew install…

【LINUX/Macの基本コマンド②】ユーザーー覧の確認、ユーザーの追加・権限付与をする

はじめに まずは、デフォルト情報の確認 ユーザー作成の実行例 実行例(1): デフォルトユーザーの作成 実行例(2): ユーザー作成 + ホームディレクトリのみ作成 実行例(2'): ユーザー作成 + ホームディレクトリ作成をしない 実行例(3): ユーザー作成 +…

CentOS7に、R-4.0シリーズをインストールするTips

はじめに Rの削除 R-4のダウンロード & コンパイル Rstudio-server で、Rパスを確認する方法 補足 参考資料 はじめに 現在(2021年4月)、CentOS7のepelリポジトリからインストールできるRバージョンは、「R-3.6.0-1.el7.x86_64」です。 「R-4.x」シリーズを…

Rstudio-Server on CentOS7 のインストール方法 + nginxのリダイレクト設定 について

はじめに RStudio Server for Red Hat/CentOS のダウンロード・インストール rserver.confファイルの設定 rsession.confファイルの設定 CentOS版 nginx の設定 nginx.confの再作成・編集 default.confの作成・編集 nginxの再起動 リダイレクトの確認 参照資…

文字コード変換のLINUXコマンド 〜文字化け変換、シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 UTF・BOM Unicodeエスケープ文字・パーセントエンコード文字 nkfコマンドの基本的な使い方 nkfコマンドでの文字コードの変換例 UTF-8からUTF-8(BOM付)への変換 Unicodeエスケープシーケンス形式を日本語文字に変換す…

【LINUX/Macの基本コマンド①】 システム情報、CPU情報、メモリ情報を表示してみる

前書き システム情報 CPU情報 メモリ情報の確認 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 前書き このコーナーでは、CentOSで使う、基本的なコマンドラインをまとめてみることにする。 第1回目として、ターミナルコマンドで、 システム情報、CPU情報、メモリ情報…

最近、CentOS7で、R言語のインストールでややハマった件

はじめに EPELリポジトリをダウンロードする リポジトリの有効・無効を調べる yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加する Rのセットアップ 参考資料 はじめに CentOS7でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。 結局、デフォルトのまま…