京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

Terminalコマンド

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA(Sequence Read Archive)ファイルをダウンロードしてみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net prefetchコマンドについて prefetchは、SRA(Sequence Read Archive)、dbGaP、ADSPデータのコマンドライン・ダウンロードを…

Macターミナルのコマンドライン先頭に表示されるディレクトリ表示を無くすTips【zsh編】

MacOS X Catalina(10.15)より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell(zsh)に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、セキュリティの問題が浮上したようだ。 そのため、ターミナルのログイン時の設定は、 デフォルトシェ…

Rscriptをバックグラウンド実行するときに知っておくべきこと

Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代替フロントエンドである。 つまりは、Macのターミナル上か…

【LINUX/Macの基本コマンド③】lsコマンドの使い方メモ

LINUX/Macのコマンドライン入門を目指したポストです。 lsコマンド(list segments)は、ディレクトリにあるファイルやフォルダの名前を表示するUNIXコマンドである。 今回は、代表的なオプションの使い方をまとめてみた。 あと、MacOSXでは動作確認をしている…

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); 概要 過去の記事で、「【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定」を紹介した。 現状、MacローカルでのRstudio Server動作について、 バージョン・アップ等の問題…

Macで、mds_storesのプロセスを消し出したら、Spotlightとの決別のサインかも!?

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); Spotlightとの決別 mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスである。これに加えて、mdworkerというプロセスも…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その2】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

「grepコマンドによる文字列処理をやってみた」の続編である。 以前扱えていなかった内容をやっていきたい。 grepコマンドの基本については過去の記事を参照のこと。 skume.hatenablog.com skume.hatenablog.com まずは、サンプルデータをダウンロードする $…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

grepコマンドは、ある特定の文字列を含むものを取り出す・検索するときに使用する。 大別して、ファイル内のテキストに対してgrepを行うか、ファイル名に対してgrepを行うかでやり方が変わってくる。 やってることは単純だが、いろいろと応用できるので、今…

Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という2種類のタイプ…

Macでの圧縮・解凍コマンドをメモっておく件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに よく使う割にいつもネットで調べるはめになるので、、 このタイミングで、Mac Terminalでの圧縮と解凍コマンドをメモっておく*1。 データ圧縮方式 / アーカイブ方式 .zip .tar .gz & .tar.gz &…

【R言語】データサイズ・行数が異なるテキストファイルにおけるファイル読み込み関数の速度比較

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに 最近、数GBを超えるテキストデータを扱うようになり、今更ながら、Rのファイル読み込み関数の速度比較について一度検討してみた。 今回、以下の3つのファイル読み込み関数について調査してみ…

GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

master => main に変更されたみたい(11 Feb 2021) GitHub は、ソフトウェア開発のプラットフォームである。また、ソフトウェア開発者のみならず、ソフトウェア・ユーザーにとっても、ほぼ必須といえる、コード共有のコミュニティでもある。 GitHubリポジトリ…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server(RStudioサーバー)の構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com #########…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに grep コマンドは、AppleのHPにファイル内の文字列を探すツールであると説明されているが、 grep コマンドを知ると、単に「文字列を探す」だけでなく、 いろいろな応用的な操作ができるようにな…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに 大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、H…