京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その2】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

はじめに まずは、サンプルデータをダウンロードする 検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 大文字・小文字を区別せず、検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 検索語に一致した文字列の数をカウントする【部分一致検索】 検索語に一致…

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その1】ファイル内のテキストに対する処理とか

はじめに 練習用のファイルのダウンロード ファイル内のテキストに対する処理 ある特定の文字列を含む行を表示する ある特定の文字列を含まない行を表示する ある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する 空白行を削除する ファイル内の行数をカウン…

Homebrew を使って、Python 3.9 をインストールしたときの設定諸々 〜インストール先が「/opt/homebrew/bin」になってるよ!!〜

はじめに(2022年1月アップデート版) Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python3 をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA(Sequence Read Archive)ファイルをダウンロードしてみた件

SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル(+ gz圧縮)をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…

Macターミナルのコマンドライン先頭に表示されるディレクトリ表示を無くすTips【zsh編】

はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina(10.15)より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell(zsh)に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…

Rscriptをバックグラウンド実行するときに知っておくべきこと

はじめに Rコードのバックグラウンド実行 最後に はじめに Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代…

【LINUX/Macの基本コマンド③】lsコマンドの使い方メモ

はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し(ドット)ファイルも表示 隠し(ドット)ファイルも表示(ただし、「.」「..」を除く) 「再帰的(recursive)」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示(-l: デフォルト…

Mac版Dockerで、rocker/rstudio (= RStudio Server Docker Image)をトラブルフリーでセットアップしてみた件

概要 Docker for macのインストールについて dockerコマンドの動作確認 rocker/rstudioイメージの検索・ダウンロード rocker/rstudioコンテナのセットアップ 各種dockerコマンドについて コンテナ操作に関するdockerコマンドについて dockerの設定情報 ロー…

Macで、mds_stores のプロセスを消し出したら、Spotlightとの決別のサインかも!?

Spotlightとの決別 【関連キーワード】 実行環境 & mds_storesのプロセスの止め方 まとめ 関連情報 Spotlightとの決別 mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスです。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これ…

Mac Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

はじめに まずは、 ターミナルを立ち上げて、Macの実行環境確認 jupyterの設定 jupyter notebook のインストール jupyter lab のインストール いまさらながら、python2の設定(失敗) Rの設定 ibashの設定 SPARQLの設定 ijsの設定 まとめ 補足 jupyterのipyn…

Macでの圧縮・解凍コマンドをメモっておく件

はじめに LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 .zip について zipコマンドによるzip圧縮 unzipコマンドによるzip解凍 .tarについて tarコマンドによるtarアーカイブ化(非圧縮) tarコマンドによるtarアーカイブ解凍 .gzについて gzipコマンドによるgzip圧縮 …

【R言語】データサイズ・行数が異なるテキストファイルにおけるファイル読み込み関数の速度比較

はじめに 実行環境 検証用のファイル生成 opensslコマンドを用いた、ランダム文字列の生成 echoとtrコマンドを用いた文字列の生成 seqコマンドを用いた連番数字の生成 seqコマンドを用いた検証用ファイルの生成 Rでのファイル読み込み検証 utils::read.table…

GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

はじめに 実行環境 git のインストールとログイン gitのインストール・コマンドの実行 はじめの設定 gitコマンドの使い方 (1)ローカルフォルダ作成からやる場合 (2)GitHubリモートリポジトリを作成してからやる場合 .DS_Storeに関する補足 gistのイン…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

はじめに macOS X編 RStudio ServerのインストールのTips*3 実行環境 Rとか関連パッケージをHomebrewでインストールする RStudio Serverをインストールする To complete the installation of RStudio Server 続けて、RStudio Serverの設定が必要である。 rse…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト(text.txt)をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…