Terminalコマンド
はじめに 実行環境 テストデータのダウンロード 関連記事 Javaの設定: スキップ可です fastqcの使い方 Fastqcのインストール Fastqcの基本動作 Fastqcの実行 fastqcレポートの見方 fastqcの原著 MultiQCの使い方 MultiQCのインストール MultiQCの実行 MultiQ…
はじめに FLASHの原著論文 今回のzsh実行環境 M1 Macにおけるflash2のインストール flash2によるペアエンドfastqのマージ実行 GAGEからペアエンドのfastqデータを取得する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 補足 FASTQ形式からFASTA形式への変換 - sed…
はじめに まずは、サンプルデータをダウンロードする 検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 大文字・小文字を区別せず、検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する 検索語に一致した文字列の数をカウントする【部分一致検索】 検索語に一致…
はじめに 練習用のファイルのダウンロード ファイル内のテキストに対する処理 ある特定の文字列を含む行を表示する ある特定の文字列を含まない行を表示する ある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する 空白行を削除する ファイル内の行数をカウン…
はじめに（2022年1月アップデート版） Homebrew でPython３をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python３ をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …
SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル（+ gz圧縮）をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…
はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina（10.15）より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell（zsh）に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…
はじめに Rコードのバックグラウンド実行 最後に はじめに Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代…
はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し（ドット）ファイルも表示 隠し（ドット）ファイルも表示（ただし、「.」「..」を除く） 「再帰的（recursive）」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示（-l: デフォルト…
概要 Docker for macのインストールについて dockerコマンドの動作確認 rocker/rstudioイメージの検索・ダウンロード rocker/rstudioコンテナのセットアップ 各種dockerコマンドについて コンテナ操作に関するdockerコマンドについて dockerの設定情報 ロー…
Spotlightとの決別 【関連キーワード】 実行環境 & mds_storesのプロセスの止め方 まとめ 関連情報 Spotlightとの決別 mds_store というMacのプロセスは、Spotlight のインデクスを作成するプロセスです。これに加えて、mdworkerというプロセスもあり、これ…
はじめに まずは、 ターミナルを立ち上げて、Macの実行環境確認 jupyterの設定 jupyter notebook のインストール jupyter lab のインストール いまさらながら、python2の設定（失敗） Rの設定 ibashの設定 SPARQLの設定 ijsの設定 まとめ 補足 jupyterのipyn…
はじめに LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 .zip について zipコマンドによるzip圧縮 unzipコマンドによるzip解凍 .tarについて tarコマンドによるtarアーカイブ化（非圧縮） tarコマンドによるtarアーカイブ解凍 .gzについて gzipコマンドによるgzip圧縮 …
はじめに 実行環境 検証用のファイル生成 opensslコマンドを用いた、ランダム文字列の生成 echoとtrコマンドを用いた文字列の生成 seqコマンドを用いた連番数字の生成 seqコマンドを用いた検証用ファイルの生成 Rでのファイル読み込み検証 utils::read.table…
はじめに 実行環境 git のインストールとログイン gitのインストール・コマンドの実行 はじめの設定 gitコマンドの使い方 （１）ローカルフォルダ作成からやる場合 １. ローカルリポジトリの初期化 ２. .md/code などを作成・編集する ３. インデックスへの…
この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server（RStudioサーバー）の構築法は推奨しておらず（2020年9月13日現在）、この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 はじめに macOS X編 RStudio Serv…
はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト（text.txt）をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…
はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…
