FASTQファイル
はじめに 実行環境 テストデータのダウンロード 関連記事 Javaの設定: スキップ可です fastqcの使い方 Fastqcのインストール Fastqcの基本動作 Fastqcの実行 fastqcレポートの見方 fastqcの原著 MultiQCの使い方 MultiQCのインストール MultiQCの実行 MultiQ…
はじめに FLASHの原著論文 今回のzsh実行環境 M1 Macにおけるflash2のインストール flash2によるペアエンドfastqのマージ実行 GAGEからペアエンドのfastqデータを取得する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 補足 FASTQ形式からFASTA形式への変換 - sed…
SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形 複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション 補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…
SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル（+ gz圧縮）をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…
はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…
はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…
