京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Bioconductor

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

はじめに AWS CLIのインストール AWS CLIの各種設定 AWSサーバーにアクセスして、ファイルをアップロードする。 補足 CentOSでの AWS cli のインストール 以下のRequestTimeTooSkewedエラーが出たら、PCの時計がズレているかも。。。 参考資料 関連図書 はじ…

Bioconductor/BioImageDbsパッケージの使い方〜深層学習用の画像アレイデータを取得する〜

画像アレイデータを提供するexperimentHubパッケージ BioImageDbsのインストール BioImageDbsのデータセット表示 画像アレイデータのダウンロード (1) EM_id0001_Brain_CA1_hippocampus_region (2) LM_id0001_DIC_C2DH_HeLa 画像アレイデータを提供するexper…

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 イントロダクション ゲノム解析の関連記事 Bioconductor - RNAseq123 Bioconductorパッケージのインストール データ・ダウンロード セットアップ 関連パッケージの読み込み TXTデータの読み込み サンプルにアノテーションをつける。 遺伝子をアノテーシ…