京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

Bioconductor

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を用いる。 readFast…

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

はじめに Amazon Web Services(AWS)とは、 Amazon.comにより提供されているクラウドコンピューティングサービスである。 今回、AWSサービスを管理するための統合ツールである、 AWS CLIのインストールとかセットアップについてまとめてみた。 まずは、ター…

Bioconductor/BioImageDbsパッケージの使い方〜深層学習用の画像アレイデータを取得する〜

BioImageDbsパッケージは、Rで可読なフォーマット(.Rds)で、 深層学習(DL)用の画像アレイデータ(4次元あるいは5次元)を 提供するexperimentHubパッケージである。 BioImageDbsパッケージ BioImageDbs概要(英語) 今回、BioImageDbsパッケージの使用方法を解説…

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。 データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。 本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomics # Spring 2017 # Tuesday, May 9 & Thursday, May 1…