R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

Mac R言語 Bioconductor R - Bioconductor FASTQ形式 ShortRead ShortRead - readFastq SRA Toolkit fastq-dump シークエンスデータの取得シークエンスデータ解析 R - バイオインフォ FASTQファイル R - par()

はじめに今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を用いる。 readFast…

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2021-10-03

Mac Homebrewで、AWS CLIをインストールする

Mac AWS CLI Mac - aws Bioconductor

はじめに Amazon Web Services（AWS）とは、 Amazon.comにより提供されているクラウドコンピューティングサービスである。今回、AWSサービスを管理するための統合ツールである、 AWS CLIのインストールとかセットアップについてまとめてみた。まずは、ター…

2021-09-19

Bioconductor/BioImageDbsパッケージの使い方〜深層学習用の画像アレイデータを取得する〜

R言語 Bioconductor ExperimentHub ExperimentHub - query BioImageDbs 深層学習画像アレイデータ画像アニメーション magick magick - image_read

BioImageDbsパッケージは、Rで可読なフォーマット(.Rds)で、深層学習(DL)用の画像アレイデータ(4次元あるいは5次元)を提供するexperimentHubパッケージである。 BioImageDbsパッケージ BioImageDbs概要(英語) 今回、BioImageDbsパッケージの使用方法を解説…

2021-05-08

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル（HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版）

Mac - R Bioconductor RNA-seq解析 R - Bioconductor R - RNAseq123 R - limma R - Glimma R - edgeR R - Mus.musculus R - 数式表現 RNA-seq解析チュートリアル R - シークエンス解析 R - RNA sequence 解析 R - RNA解析

概要 R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomics # Spring 2017 # Tuesday, May 9 & Thursday, May 1…