京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

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【R言語と米国株】S&P500指数が年初6ヶ月でマイナス20%以上だった年の後半戦、そして翌年はどうなるのか?

2007年9月-と2021年12月-の2つの GSPCプロットの重ね合わせ(2022年9月19日アップデート) Rコード: 2つのGSPCプロットの重ね合わせ 年初より続く、S&P500指数の下落はかなり稀だった件 消費者物価指数(CPI)についての注釈 1970-1971年のS&P500指数のチャ…

【R言語と株価プロット】S&P500インデックス (SPY: SPDR S&P500 ETF) と仮想通貨(ビットコイン/BTC、イーサリアム/ETH) の季節性変動(Seasonality)を考えてみた件

はじめに seasonalityPlotパッケージを用いた季節変動性のプロット 関連パッケージのインストール SPYチャートの季節変動性プロット ビットコイン・チャートの季節変動性プロット イーサリアム・チャートの季節変動性プロット R言語/quantmodを用いた、SPYチ…

【R言語/速度論/数値計算】10倍量のヨーグルトを作りながら、乳酸菌の増殖曲線を考えてみた件

この記事は、2020年6月13日記事のアップデート版です。 はじめに 方法 (1): 10倍量ヨーグルト作製のマテリアル 方法 (2): 10倍量ヨーグルトの作製プロトコール 結果: 種菌の増殖曲線の検討 まとめ 参考文献 はじめに 最近、ヨーグルト作りにハマっていま…

R言語でのデンドログラム(樹形図)と階層的クラスタリングの諸事【その1 hclustとheatmap.2での階層的クラスタリング】

はじめに パーマー群島(南極大陸)のペンギンさんのデータを活用する hclust関数での階層的クラスタリング ウォード法(ward.D)を使用する場合 ウォードD2法(ward.D2)を使用する場合 最近隣法(single)を使用する場合 群平均法(average)を使用する場合 McQuit…

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…

【R言語での画像処理シリーズ(その2)】主成分分析(PCA)を用いて、画像特徴の次元圧縮をやってみた件

序章 関連パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する Imageクラスを「行列」に変換する RGB成分を3D表示する ヒマワリ画像を64x64ピクセルでクロップ(分割)する 主成分分析(PCA)、累積寄与率の計算と可視化 PCA結果の…

R言語で、サイコロ・ゲームを一様分布に従う確率でシミュレーションしてみた件

サイコロゲーム - 序章 実行結果(1) 実行結果(2) (GIF動画作成の場合)ImageMagickのインストール 過去の参考記事 SaikoroGame 関数 補足 6以外が10回出続ける確率 list.files実行について 参考資料 サイコロゲーム - 序章 サイコロを振って、1から…

【R・ビッグデータ解析の処方箋】Rで、10万ノードを超える大きなネットワーク図を描画するTips 〜 igraph::plot.igraphは使い物にならない件 〜

はじめに graphics::plot.defaultによるネットワーク図の作成例 グラフ・ノード数による描画時間の比較 実行時間の可視化 まとめ 参考資料 はじめに Rでのネットワーク図の作成では、igraph packageがよく使われる。 ただ、igraphによるネットワーク図の描写…

【R言語で作成するアニメーション】データ分布のアニメーション 〜正規分布編〜

正規分布に従うデータのアニメーション 実行したスクリプト 補足 累積分布関数 コルモゴロフ・スミルノフ検定 Q-Qプロット 正規分布に従うデータのアニメーション 正規分布に従うデータ(乱数)を、異なるサンプルサイズで準備して、 それらデータについて、…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】Rのどぎついレインボー・カラーを和らげて、使える色へと変換するTipsについて

はじめに レインボー色(grDevices::rainbow関数)の設定 レインボー・カラー 透明度 FF レインボー・カラー 透明度 80 レインボー・カラー 透明度 60 レインボー・カラー 透明度 40 レインボー・カラー 透明度 20 Rで使える他のカラーパレットについて palet…