京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

Deep Learning

公共(バイオ)画像データのリポジトリをまとめてみた

ライフサイエンス・基礎生物、医療・医用などの画像データを中心に、 機械学習・深層学習に使えそうな、データセット関連のページリンクをまとめてみた。 【24 June 2021, updated】随時更新予定 Dataset Search - Google Dataset Search 「segmentation」で…

画像解析関連のRパッケージについて調査してみた件 〜ANTsRNetを用いた、RにおけるU-NETの実装事例〜

今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを(広く浅く)紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…

Paperswithcode.com(主にDLモデル・コード、論文、コンペのスコアとかのまとめサイト)にあるComputer-Visionセクションのまとめをしてみた件

Papers with Codeというサイトがある。そのサイトのAboutを見てみると、 Our mission Papers with Codeのミッションは、機械学習の論文、コード、評価表を含む無料でオープンなリソースを作成することです。 これは、NLPとMLに支えられたコミュニティと一緒…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その2】教師なしニューラルネットワーク Autoencoder with 2D CNNの実装、そして色ムラ・ノイズ除去(Denoising)をやってみた件

「R/Keras/TensorFlowでやるディープラーニングのすゝめ」の連載2回目です。 【1】では、ベクトルデータに対する Autoencoderを取り上げたが、 今回は、 2D Convolutional Neural Network (CNN: 畳み込みニューラルネットワーク) を使ったAutoencoderの実…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その1】教師なしニューラルネットワークDeep Autoencoder のsimple modelをやってみた件

Rで、ディープラーニング( Deep Learning )をやるというのが最近の活動である。 【1】では、教師なしニューラルネットワークであるAutoencoder(オートエンコーダー)のsimple modelを実装してみる。 Autoencoder は、Encoder(元データから低次元への変換…