【Rのジミ〜な小技シリーズ】変数で、データフレームに「任意の列名」を追加するTips

R - data.frame Rのジミ〜な小技シリーズ R - 複数列の追加 R - ジミ〜な小技シリーズ R - paste R - 列追加

はじめにデータフレームの列名を追加する文字列の変数で、データフレームの列名を追加するはじめに pasteなどで連結して作成した文字列をもとにして、それらをデータフレームの列名にしたい。そういうケースがよくあるのです。食わず嫌い的に試して無か…

#R言語 #データフレーム

2022-01-27

【Rのジミ〜な小技シリーズ】エクセルデータをクリップボードにコピーして、Rのread.table関数でデータフレームとして読み込むTips

Mac R データ読み込み Rのジミ〜な小技シリーズ R - kable R - エクセルコピペ R - クリップボード R言語

エクセルデータをクリップボードにコピーしてR環境に読み込むコピーしたセルがヘッダーを含む場合コピーしたセルがヘッダーを含まない場合追記（2020年6月10日）: マークダウンなどでテーブル出力【Rのジミ〜な小技シリーズ】参考資料エクセルデータを…

#r エクセル #データエクセル #r データエクセル #r エクセル小技 #r データ読み込み

2022-01-26

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その２】検索語のヒット数カウントとか検索語の前後文字の抽出とか色々

Mac Terminalコマンド Terminalコマンド - grep Terminalコマンド - sed Terminalコマンド - svn Terminalコマンド - cat 正規表現のまとめ grepで文字列処理

はじめにまずは、サンプルデータをダウンロードする検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する大文字・小文字を区別せず、検索語に一致した文字列のみを抜き出して出力する検索語に一致した文字列の数をカウントする【部分一致検索】検索語に一致…

#grep #語彙検索

2022-01-25

grepコマンドで文字列処理をやってみた件【その１】ファイル内のテキストに対する処理とか

Mac Terminalコマンドテキスト処理 Terminalコマンド - grep Terminalコマンド - svn Terminalコマンド - cat Terminalコマンド - wc Terminalコマンド - du Terminal - ショートカット Terminalコマンド - head Terminalコマンド - tail Terminalコマンド - shutdown Terminalコマンド - chmod grepで文字列処理

はじめに練習用のファイルのダウンロードファイル内のテキストに対する処理ある特定の文字列を含む行を表示するある特定の文字列を含まない行を表示するある特定の文字列を含まない行を別ファイルに出力する空白行を削除するファイル内の行数をカウン…

#文字列処理 #grep

2022-01-24

htmlwidgets for R のShowcaseにあるパッケージがCodePenでブログ表示できるかを調べた件

R R - htmlwidgets インタラクティブ図示 CodePen

はじめにとりあえず、結果表示結果 Leaflet Dygraphs networkD3 d3heatmap DataTables MetricsGraphics まとめはじめに htmlwidgets for R パッケージは、Rでインタラクティブな図が作成できる王道的なパッケージであり、それを使った色々な依存パッケー…

#Showcase #htmlwidgets #CodePen

2022-01-21

MacOSXターミナルでのbz2形式の圧縮・解凍についてまとめてみた件

Mac 圧縮・解凍 bz2圧縮 bz2解凍 tar.bz2圧縮 tar.bz2解凍 Terminalコマンド - bzip2

.bz2について bzip2コマンドによるbzip2圧縮 bzip2圧縮を行い、任意のファイル名で保存する場合 bunzip2コマンドによるbzip2解凍 .tar.bz2について tarコマンドによるtar.bz2圧縮 tarコマンドによるtar.bz2解凍 .bz2について bzip2では、圧縮効率を良くする…

#圧縮・解凍 #bz2圧縮 #bz2解凍 #tar.bz2圧縮 #tar.bz2解凍

2022-01-20

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その２】教師なしニューラルネットワーク Autoencoder with 2D CNNの実装、そして色ムラ・ノイズ除去(Denoising)をやってみた件

R Deep Learning R - Keras R - TensorFlow DL - Autoencoder グラフ可視化画像データノイズ除去 R - rasterImage 人工知能

はじめに R/Kerasのセットアップ MNISTデータの準備 Autoencoder with 2D CNN のモデル構築ちょっとした関数の説明 DLモデルの出力結果の評価色ムラに対するDenoising Autoencoder 色ムラがある手書き文字の生成 Autoencoder for denoising モデルの構築 …

#R言語 #Keras #TensorFlow #Deep learning #AutoEncoder #画像データ #ノイズ除去

2022-01-19

Homebrew を使って、Python 3.9 をインストールしたときの設定諸々〜インストール先が「/opt/homebrew/bin」になってるよ！！〜

Homebrew Python Mac Terminalコマンド Terminalコマンド - brew Homebrew - python brew - python

はじめに（2022年1月アップデート版） Homebrew でPython３をインストールする。実行環境 Homebrew で、Python３をインストールする Pythonパスを確認する次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変えるまとめ Python …

#Python 3.9 #Homebrew #/opt/homebrew/bin #Mac

2022-01-18

R言語/Webスクレイピングで、Wikipediaページのテーブル情報からNASDAQ-100の銘柄リストを取得して、2021年中の株価推移を見てみた件

はじめに NASDAQ-100のWikipediaページ、Rでの下準備 NASDAQ-100 使用するパッケージの事前準備 Wikipediaページからの銘柄リストの取得 NASDAQ-100 NASDAQ-100銘柄の年間パフォーマンスをアニメーションにする 1年間のパフォーマンスツリーマップのアニメ…

#r wikipedia #wikipedia スクレイピング #web スクレイピング言語 #web スクレイピングとは #r web スクレイピング #wiki スクレイピング #web スクレイピング r #r 言語スクレイピング

2022-01-17

Rで、デフォルトパッケージ以外のパッケージを削除するTips

R - デフォルトパッケージ R - パッケージ削除 R - remove.packages R言語 R - installed.packages R - %in%

特定パッケージだけを削除する方法 R環境での実行例補足: 他の関数群特定パッケージだけを削除する方法 Rのデフォルトパッケージを残して、追加でインストールしたパッケージだけを削除する方法をメモしておく。パッケージがいろいろと増えてくると、パ…

#R言語 #パッケージ削除

2022-01-09

【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

NCBI シークエンスデータの取得 NGSデータ SRA Toolkit fasterq-dump FASTQ形式 FASTQファイル

SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…

2022-01-08

R言語/rstudio 初心者におすすめ入門本・参考書・R本: 厳選５選＋α ！！

R言語 R 参考書 R 書籍 R 本 R 入門書 R 初級本 Rstudio 書籍 R プログラミング R 統計入門書 R ディープラーニング R 機械学習

はじめに R言語のおすすめ入門本 5 選 + アルファを紹介！！改訂2版 RユーザのためのRStudio[実践]入門〜tidyverseによるモダンな分析フローの世界 R言語ではじめるプログラミングとデータ分析 Rでらくらくデータ分析入門 ~効率的なデータ加工のための基礎…

#プログラミング r #r プログラミング言語 #統計学 r #r 初心者 #統計解析 r #プログラミング学習本 #r 本おすすめ #r 言語入門本 #r プログラミング本

2022-01-05

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA（Sequence Read Archive）ファイルをダウンロードしてみた件

Mac Terminalコマンド FASTQ形式 SRA形式 SRA Toolkit fastq-dump prefetch シークエンスデータの取得 R - バイオインフォ FASTQファイル SRAファイルシェルスクリプト NCBI - Sequence Read Archive Accession List

SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション複数のSRAファイルを一度にダウンロードする補足シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル（+ gz圧縮）をダウンロードする。ゲノム解析の関連記事参考資…

#mac ファイルダウンロード #ダウンロード mac #mac でダウンロード

2022-01-03

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

Mac R言語 Bioconductor R - Bioconductor FASTQ形式 ShortRead ShortRead - readFastq SRA Toolkit fastq-dump シークエンスデータの取得シークエンスデータ解析 R - バイオインフォ FASTQファイル R - par() par - family日本語設定 R - ggplot2

はじめに関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込みリード長を取り出す方法クオリティスコアを可視化するサイクルごとにクオリティスコアを可視化するまとめゲノム解析…

#fastq r #r データ解析 #r 言語解析 #r shortread #sra tool kit #r FASTQ #FASTQ クオリティ

2022-01-02

Wikipedia 英語記事「COVID-19」の日本語訳を公開してみた【その3: COVID感染症の病態生理】

COVID-19 SARS-CoV-2 Wikipedia 英語記事新型コロナウイルス生命科学

はじめに Pathophysiology / 病態生理過去の記事はじめにこの記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構…