京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

Rで、デフォルトパッケージ以外のパッケージを削除するTips

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はじめに

Rのデフォルトパッケージを残して、 追加でインストールしたパッケージだけを削除する方法をメモしておく。

パッケージがいろいろと増えてくると、 パッケージすべてを削除したいとか、 1つのパッケージだけを削除したいといったことを考え出す。

今回は、少し変則的だけど、インストールしたパッケージを削除して、 Rのはじめの環境でインストールされているパッケージだけを残すというのをやってみたい。

インストールパッケージのリスト取得(installed.packages())とか、Rの正規表現(%in%)とか、 パッケージ削除(remove.packages)を組み合わせてやってみる。

#デフォルトの29パッケージ
Pack <- c("base","boot","class","cluster","codetools",
          "compiler","datasets","foreign","graphics",
          "grDevices","grid","KernSmooth","lattice",
          "MASS","Matrix","methods","mgcv","nlme","nnet",
          "parallel","rpart","spatial","splines","stats",
          "stats4","survival","tcltk","tools","utils")

#デフォルトパッケージ以外を選択する
a <- data.frame(installed.packages())$Package
b <- a[!a %in% Pack]

#インストールしたパッケージを削除する
utils::remove.packages(pkgs=b)

補足

#検索されるパッケージ・パス表示
search()
searchpaths()

#ロードされているパッケージ名の表示
loadedNamespaces()