京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Mac - R

【R言語と株価プロット】S&P500インデックス (SPY: SPDR S&P500 ETF) と仮想通貨(ビットコイン/BTC、イーサリアム/ETH) の季節性変動(Seasonality)を考えてみた件

はじめに seasonalityPlotパッケージを用いた季節変動性のプロット 関連パッケージのインストール SPYチャートの季節変動性プロット ビットコイン・チャートの季節変動性プロット イーサリアム・チャートの季節変動性プロット R言語/quantmodを用いた、SPYチ…

Mac版wgetコマンドのプログレス・ログ詳細を表示させないTips

はじめに - 問題提起 Googleドライブからのファイルダウンロード デフォルトログ表示への対策 R言語でのwget実行 参考資料 はじめに - 問題提起 wgetコマンドを使ってたら、そのデフォルトログが冗長で嫌になりませんか?? 今回の記事では、その対策として…

R言語で『eval + parse + paste関数』を使って、文字列をRプログラムとして実行するTips

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

Macで、RをTerminalコマンドでアンインストールするときにやること

Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI(R.APP)とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…

R環境でのパッケージのversion管理の諸事

はじめに まずは、remotesパッケージのインストール kerasのバージョン管理で試してみた はじめに パッケージを不意にアップデートしたばかりに、 解析ワークフローが動かなくなったりする。。 Rで特定のバージョン*1のパッケージを 管理するには、やはりCRA…

【R言語とテキスト変換】pdf2textを実行して、PDFファイルをテキストに変換するの巻

はじめに 関連パッケージのインストール Getting started (1) 英語論文での事例 Getting started (2) 日本語資料での事例 他のユーティリティについて pdf_toc関数で目次(ToC)を取得・表示する メタデータに関する情報 まとめ はじめに 科学論文などの文献資…

R言語で、現在最強の機械翻訳ツール「DeepL API」を使ってみた件

deepRstudio: DeepL API および rstudioapi を使用した RStudio でのシームレスな言語翻訳 (2023年8月24日 更新) はじめに DeepL登録HP DeepL APIを使って、和訳・英訳をやってみる。 DeepLの練習(1)いつもの例題: 英語 to 日本語 DeepLの練習(2)専門的な文…

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 イントロダクション ゲノム解析の関連記事 Bioconductor - RNAseq123 Bioconductorパッケージのインストール データ・ダウンロード セットアップ 関連パッケージの読み込み TXTデータの読み込み サンプルにアノテーションをつける。 遺伝子をアノテーシ…