京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。現在、DL勉強中。

Mac - R

Mac版wgetコマンドのプログレス・ログ詳細を表示させないTips

wgetのデフォルトログが冗長な問題があって、その対策を検討してみた。 wgetの使い方の基本は、過去の記事を参考のこと。 skume.net skume.net Googleドライブからのファイルダウンロード Googleドライブに置いてあるZipファイル(10MBくらい)のwgetダウンロ…

R言語で、pdf2textを実行する

科学論文などは、通常、PDF形式のファイルで保管される。 このフォーマットは主に印刷用に設計されているため、検索や索引付けにはあまり適さない。 rOpenSci/pdftoolsパッケージを使えば、 PDFファイルから、テキストやメタデータを抽出できる。 今回、RでP…

R言語で、現在最強の機械翻訳ツール「DeepL API」を使ってみた件

今回、画期的な機械翻訳ツールを紹介する。その名も、DeepL である。 DeepLのWebインターフェイスも中々使い勝手は良い #RからWebページを開く browseURL("https://www.deepl.com/translator") DeepLの良さは、何と言っても、その翻訳精度である。 Google翻…

R言語/Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。 データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。 本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomics # Spring 2017 # Tuesday, May 9 & Thursday, May 11 # R…

Rで、S&P500 index (SPY: SPDR S&P500 ETF) のSeasonalityを考えてみた件

2021年3月のアメリカ株式市場は、初旬からテック株、小型株がかなりの暴落であった。まさか、ここまで下がるとは、、、*1 こうなると、常識的な相場のSeasonalityをちゃんと理解して、相場の乗り降りのタイミングを考えないといけないなと強く思えてきた。 …