京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

Mac - R

R言語で『eval + parse + paste関数』を使って、文字列をRプログラムとして実行するTips

はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行することができる。 このプログラム実行のやり方は、 「eval + parse + text + paste」型と表現されることがあるが、 実際には、eval関数、parse関数、paste関数を組み合わせて実行する。 使用する関数群の…

Macで、RをTerminalコマンドでアンインストールするときにやること

Mac版Rは、GUI(R.APP)とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なインストールの手順では、GUIは/Applications/R.appフォルダに、R frameworkは/Library/Frameworks/R.frameworkフォルダにイ…

R環境でのパッケージのversion管理の諸事

パッケージを不意にアップデートしたばかりに、 解析ワークフローが動かなくなったりする。。 Rで特定のバージョン*1のパッケージを 管理するには、やはりCRANのソースファイルからインストールするしかないのか。。。 R環境だけでなく、パッケージのバージ…

Mac版wgetコマンドのプログレス・ログ詳細を表示させないTips

wgetのデフォルトログが冗長な問題があって、その対策を検討してみた。 wgetの使い方の基本は、過去の記事を参考のこと。 skume.net skume.net Googleドライブからのファイルダウンロード Googleドライブに置いてあるZipファイル(10MBくらい)のwgetダウンロ…

R言語で、pdf2textを実行する

はじめに 科学論文などは、通常、PDF形式のファイルで保管される。 このフォーマットは主に印刷用に設計されているため、検索や索引付けにはあまり適さない。 rOpenSci/pdftoolsパッケージを使えば、 PDFファイルから、テキストやメタデータを抽出できる。 …

R言語で、現在最強の機械翻訳ツール「DeepL API」を使ってみた件

はじめに 今回、画期的な機械翻訳ツールを紹介する。その名も、DeepL である。 DeepLのWebインターフェイスも中々使い勝手は良い #RからWebページを開く browseURL("https://www.deepl.com/translator") DeepLの良さは、何と言っても、その翻訳精度である。 …

R言語 / Bioconductorを用いた、RNA-seq解析チュートリアル(HGEN 473 - Genomics, Spring 2017, 日本語版)

概要 R言語を使った、RNA-seq解析チュートリアルを作成してみた。 データは、RNA-seqのカウント済みのデータを使用している。 本記事は、以下のArticleの日本語訳記事 + α である。 # HGEN 473 - Genomics # Spring 2017 # Tuesday, May 9 & Thursday, May 1…

Rで、S&P500 index (SPY: SPDR S&P500 ETF) のSeasonalityを考えてみた件

はじめに 2021年3月のアメリカ株式市場は、初旬からテック株、小型株がかなりの暴落であった。まさか、ここまで下がるとは、、、*1 こうなると、常識的な相場のSeasonalityをちゃんと理解して、相場の乗り降りのタイミングを考えないといけないなと強く思え…