京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

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R - magrittr

Rにおけるテーブル表示（１）knitr & mmtable2

R - テーブル出力 R - devtools R - mmtable2 R - knitr R - magrittr R - gt R - tidyverse

Rでの気の利いたテーブル表示について、knitr & mmtable2の実行例をまとめてみた。 パッケージのインストール #パッケージのインストール install.packages("devtools") devtools::install_github("ianmoran11/mmtable2") install.packages("knitr") install…

R言語/Webスクレイピングで、Wikipediaページからテーブル情報を取得する 〜日経225、米国ダウ平均株価、S&P500、NASDAQ-100とかの銘柄リストを取得して、株価も見てみた件〜

Webスクレイピング R - Webスクレイピング R - rvest R - magrittr R - BatchGetSymbols R - quantmod Wikipedia Stock - Nikkei 225 Stock - NYダウ Stock - NASDAQ Stock - S&P500 GIF動画作成 R - eval - parse R - ggplot2 R - treemapify R - gganimate R - gapminder R - gifski

ずっと纏めたかったけど、後々になっていた件。 R言語を用いた、Webからの銘柄コード取得と株価情報の取得について解説する。 主な内容としては、「Webスクレイピング」によるWikipediaページからの銘柄コード情報の取得、 それとRで株情報を扱う「quantmod …

R言語/Webスクレイピングで、Google サーチ / Google scholar経由で見つかったPDFファイルを自動ダウンロードしてみた件

R - magrittr R - rvest R - xml2 R - Google search R - browseURL R - install.packages R - seq_len R - download.file R - rvest::html_nodes R - xml2::read_html R - URLencode R - startsWith R - sub Webスクレイピング R - Webスクレイピング

Webスクレイピングとは、Webサイトから情報を抽出して、その情報を格納・分析可能な構造化データへと変換する技術を意味するようだ*1。 本記事では、RからWebスクレイピングで、 キーワード検索してヒットしたURLやPDFファイルを自動取得する方法を紹介しま…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】空リストの作成とリスト操作、それと空ベクトルを使ったベクトル結合とデータフレーム結合のトピックスを扱う

R R - %>% R - magrittr R - list() R - c() R - seq_len

またもや、ジミーなトピックであるが、空リストlist()と空ベクトルc()について取り上げてみる。 こういうジミーな技術の積み重ねがスキル向上に繋がるんだと思うんけどね。 今回の内容 空リストlist()からリストを作成する 空ベクトルc()からベクトルを作成…

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

Mac Python R テキスト処理 Python - Googletrans PubMed トレンド解析 グラフ可視化 翻訳 R - reticulate R - RISmed R - plotly R - magrittr

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨（Abstract）を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…