はじめに
knitrパッケージは、R言語による動的レポート生成のための汎用パッケージであって、Literate Programmingの手法を用いたRでの動的なレポート生成のための汎用ツールを提供しています。 また、mmtable2パッケージでは、ggplot2/patchwork 構文でテーブルを作成・結合することができます。 また、getting started vignetteで、簡単な紹介を参照してください。
Rでの気の利いたテーブル表示について、knitr & mmtable2の実行例をまとめてみた。
パッケージのインストール
#パッケージのインストール install.packages("devtools") devtools::install_github("ianmoran11/mmtable2") install.packages("knitr") install.packages("magrittr") install.packages("tidyverse") library(tidyverse) library(mmtable2) library(knitr) library(magrittr) library(gt)
knitr::kableを用いた実行例
#データのインポート data(iris) #headでの通常出力 head(iris) # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species #1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa #2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa #3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa #4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa #5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa #6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa #pipeでの出力 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "pipe", booktabs = T) #| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length| Petal.Width|Species | #|------------:|-----------:|------------:|-----------:|:-------| #| 5.1| 3.5| 1.4| 0.2|setosa | #| 4.9| 3.0| 1.4| 0.2|setosa | #| 4.7| 3.2| 1.3| 0.2|setosa | #| 4.6| 3.1| 1.5| 0.2|setosa | #| 5.0| 3.6| 1.4| 0.2|setosa | #| 5.4| 3.9| 1.7| 0.4|setosa | #rstでの出力 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "rst", booktabs = T) #============ =========== ============ =========== ======= #Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species #============ =========== ============ =========== ======= # 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa # 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa # 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa # 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa # 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa # 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa #============ =========== ============ =========== ======= #simpleでの出力 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "simple") # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species #------------- ------------ ------------- ------------ -------- # 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa # 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa # 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa # 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa # 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa # 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa #simple出力でオプション設定01 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "simple", booktabs = F, align = "c") # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species #-------------- ------------- -------------- ------------- --------- # 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa # 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa # 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa # 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa # 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa # 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa #simple出力でオプション設定02 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "simple", booktabs = F, align = "r", padding = 2, caption = "iris") #Table: iris # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species #-------------- ------------- -------------- ------------- --------- # 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa # 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa # 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa # 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa # 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa # 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa #latexでの出力 iris %>% head() %>% knitr::kable(format = "latex", booktabs = T) #\begin{tabular}{rrrrl} #\toprule #Sepal.Length & Sepal.Width & Petal.Length & Petal.Width & Species\\ #\midrule #5.1 & 3.5 & 1.4 & 0.2 & setosa\\ #4.9 & 3.0 & 1.4 & 0.2 & setosa\\ #4.7 & 3.2 & 1.3 & 0.2 & setosa\\ #4.6 & 3.1 & 1.5 & 0.2 & setosa\\ #5.0 & 3.6 & 1.4 & 0.2 & setosa\\ #\addlinespace #5.4 & 3.9 & 1.7 & 0.4 & setosa\\ #\bottomrule #\end{tabular}
mmtable2を用いた実行例
head(iris) iris %>% mmtable(table_data = Sepal.Length) + header_top(Species)
#データ準備 gm_df <- gapminder_mm %>% filter(var != "Life expectancy") head(gm_df) # A tibble: 6 x 5 # country continent year var value # <chr> <fct> <int> <chr> <chr> #1 Australia Oceania 1992 Population 17.5 #2 Australia Oceania 1997 Population 18.6 #3 Australia Oceania 2002 Population 19.5 #4 Australia Oceania 2007 Population 20.4 #5 Botswana Africa 1992 Population 1.3 #6 Botswana Africa 1997 Population 1.5 table_gm <- gm_df %>% mmtable(table_data = value) + header_top(year) + header_top_left(var) + header_left(country) + header_left_top(continent) table_gm
#Lineの設定 row_list <- cells_body(rows = c(1,3,5,7,9,11)) style_list <- list(cell_borders(sides = "top", color = "grey")) table_gm + table_format( locations = row_list, style = style_list)
参考資料
https://githubmemory.com/repo/ianmoran11/mmtable2githubmemory.com
