SRA Toolkit
SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形 複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション 補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…
Mac
Terminalコマンド
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SRA形式
SRA Toolkit
fastq-dump
prefetch
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R - バイオインフォ
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SRAファイル
シェルスクリプト
NCBI - Sequence Read Archive
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SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル（+ gz圧縮）をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…
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R - Bioconductor
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SRA Toolkit
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はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…
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FASTQファイル
はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…
