SRA Toolkit
SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net Mac版のSRA Toolkitを設定すれば、 そのままの設定で、fasterq-dumpコマンドも実行できる。 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する SRA toolsの2.9.1リリース…
Mac
Terminalコマンド
FASTQ形式
SRA形式
SRA Toolkit
fastq-dump
prefetch
シークエンスデータの取得
R - バイオインフォ
FASTQファイル
SRAファイル
シェルスクリプト
NCBI - Sequence Read Archive
Accession List
SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net prefetchコマンドについて prefetchは、SRA(Sequence Read Archive)、dbGaP、ADSPデータのコマンドライン・ダウンロードを行うSRA Toolkit内のツールである。 prefetchコマンド…
Mac
R言語
Bioconductor
R - Bioconductor
FASTQ形式
ShortRead
ShortRead - readFastq
SRA Toolkit
fastq-dump
シークエンスデータの取得
シークエンスデータ解析
R - バイオインフォ
FASTQファイル
R - par()
はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を用いる。 readFast…
NCBI
シークエンスデータの取得
NGSデータ
SRA Toolkit
fastq-dump
vdb-config
SRA
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - open
Terminalコマンド - echo
パス設定
FASTQ形式
FASTA形式
R - バイオインフォ
FASTQファイル
はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…
