【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net Mac版のSRA Toolkitを設定すれば、そのままの設定で、fasterq-dumpコマンドも実行できる。 fasterq-dumpコマンドで、FAST…

2022-01-05

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA（Sequence Read Archive）ファイルをダウンロードしてみた件

Mac Terminalコマンド FASTQ形式 SRA形式 SRA Toolkit fastq-dump prefetch シークエンスデータの取得 R - バイオインフォ FASTQファイル SRAファイルシェルスクリプト NCBI - Sequence Read Archive Accession List

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net prefetchコマンドについて prefetchは、SRA(Sequence Read Archive)、dbGaP、ADSPデータのコマンドライン・ダウンロードを…

mac ファイルダウンロードダウンロード mac mac でダウンロード

2022-01-03

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

Mac R言語 Bioconductor R - Bioconductor FASTQ形式 ShortRead ShortRead - readFastq SRA Toolkit fastq-dump シークエンスデータの取得シークエンスデータ解析 R - バイオインフォ FASTQファイル

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 Sh…

fastq r r データ解析 r 言語解析 r shortread sra tool kit r FASTQ FASTQ クオリティ

2021-12-28

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

NCBI シークエンスデータの取得 NGSデータ SRA Toolkit fastq-dump vdb-config SRA Terminalコマンド - wget Terminalコマンド - open Terminalコマンド - echo パス設定 FASTQ形式 FASTA形式 R - バイオインフォ FASTQファイル

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・デー…