京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

Terminalコマンド - echo

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…

R言語で実行するSudachiPyによる日本語形態素解析

SudachiPyは、日本語形態素解析器SudachiのPython版である。 今回、R/RStudio上でのSudachiPyの実行例を概説する。 個人的には、RユーザーにとってPythonパッケージがR環境上で実行できると、いろいろと良いのでは考えている*1。 例の如く、HomeBrewでPython…