はじめに seqinrパッケージのインストール Biostringsパッケージのインストール seqinr::read.fastaを使って、HIV-1 全ゲノムのFASTAファイルの読み込み場合 seqinr::read.fastaを使って、FASTAを「ベクトル」として読み込む seqinr::read.fastaを使って、FA…

はじめに - 問題提起 Googleドライブからのファイルダウンロード デフォルトログ表示への対策 R言語でのwget実行 参考資料 はじめに - 問題提起 wgetコマンドを使ってたら、そのデフォルトログが冗長で嫌になりませんか？？ 今回の記事では、その対策として…

この記事は、2020年6月13日記事のアップデート版です。 はじめに 方法 (1): １０倍量ヨーグルト作製のマテリアル 方法 (2): １０倍量ヨーグルトの作製プロトコール 結果: 種菌の増殖曲線の検討 まとめ 参考文献 はじめに 最近、ヨーグルト作りにハマっていま…

エクセルデータをクリップボードにコピーしてR環境に読み込む コピーしたセルがヘッダーを含む場合 コピーしたセルがヘッダーを含まない場合 追記（2020年6月10日）: マークダウンなどでテーブル出力 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 参考資料 エクセルデータを…

はじめに とりあえず、結果 表示結果 Leaflet Dygraphs networkD3 d3heatmap DataTables MetricsGraphics まとめ はじめに htmlwidgets for R パッケージは、Rでインタラクティブな図が作成できる王道的なパッケージであり、 それを使った色々な依存パッケー…

はじめに R/Kerasのセットアップ MNISTデータの準備 Autoencoder with 2D CNN のモデル構築 ちょっとした関数の説明 DLモデルの出力 結果の評価 色ムラに対するDenoising Autoencoder 色ムラがある手書き文字の生成 Autoencoder for denoising モデルの構築 …

はじめに DNAの基礎知識 seqinrパッケージのインストール seqinrパッケージを使って、DNA配列データを扱う 配列データを使った基本的な処理 seqinr::AAstat 関数 補足 seqinr: Biological Sequences Retrieval and Analysis DNAコドン表 RNAコドン表 はじめ…

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

はじめに テキスト処理の関連記事 python版simstringのインストール R言語で、simstringライブラリを実行してみる。 まとめ はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミングを行うなかで、文字列・テキストに対する色々な操作のことを指します。それ…

はじめに テキスト処理の関連記事 関連パッケージをロードする 文字列の抽出/切り出しについて 文字数指定で、文字列を抽出する 文字列の検出 「月の英語表記」を「月の数字」に置換する方法について 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プロ…

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 近似的文字列マッティング agrep ＆ agrepl 関数 adist 関数 stringdist / stringdistmatrix関数で、文字列間の距離指標を計算する あとがき 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミン…

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 【１】完全一致で、その文字列を含むかどうかのの判定 比較演算子 == != base::match、stringr::str_match、演算子 %in% 【２】部分一致で、その文字列を含むかどうかの判定 charmatch関数、pmatch関数 grep…

はじめに : R版Slack API Salck API設定の手順 1. Slackのワークスペースに、任意のチャネルを作る。(必要なら) 2. Slack アプリを新規作成する 3. Incomming WebhooksをActiveにする 4. Bot User OAuth Tokenの取得、OAuth & Permissionsの設定 5. Slack ア…

はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 【１】文字列ベクトルの連結 base::paste0 関数・ stringr::str_c 関数 stringr::str_c 関数 【２】文字列長のカウント base::nchar 関数 stringr::str_length 関数 ・ stringr::str_count 関数 補足 format…

正規分布に従うデータのアニメーション 実行したスクリプト 補足 累積分布関数 コルモゴロフ・スミルノフ検定 Q-Qプロット 正規分布に従うデータのアニメーション 正規分布に従うデータ（乱数）を、異なるサンプルサイズで準備して、 それらデータについて、…

はじめに Pythonの設定・configについて Kaggleコマンドの使い方 基本的な文法 【１】コンペ一覧の表示①: 全一覧の表示 【２】コンペ一覧の表示②: titanicで検索した一覧の表示 【３】コンペ・ランキングの表示: titanic 【４】コンペ・データセットの表示: …

はじめに EPELリポジトリをダウンロードする リポジトリの有効・無効を調べる yumに--enablerepo=epelのフラッグを追加する Rのセットアップ 参考資料 はじめに CentOS７でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。 結局、デフォルトのまま…

はじめに フォルダ・ディレクトリの作成・削除・コピー・名前変更 フォルダの作成・削除について フォルダのコピー・フォルダ削除（file.removeで消せない時の対応） フォルダ名を変更する 複数階層のフォルダを作成する フォルダが存在しない時にだけ、フォ…

今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを（広く浅く）紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…

はじめに 空リストlist()からリストを作成する 空ベクトルc()からベクトルを作成する 空ベクトルc()からデータフレームを作成する %>% （パイプ演算子あるいは単にパイプ）について まとめ はじめに またもや、ジミーなトピックですけど、空リストlist()と空…

はじめに あるベクトルから他ベクトルに「含まれる要素」あるいは「含まれない要素」を抽出する方法 例１: 共通に含まれている要素を取り出す 例２: 共通に含まれない要素を取り出す ベクトル間で、「すべて」あるいは「いずれか」と一致する関係があるか？ …

はじめに レインボー色（grDevices::rainbow関数)の設定 レインボー・カラー 透明度 FF レインボー・カラー 透明度 80 レインボー・カラー 透明度 60 レインボー・カラー 透明度 40 レインボー・カラー 透明度 20 Rで使える他のカラーパレットについて palet…

はじめに 過去のバージョンのRパッケージをインストールする まとめ 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 はじめに Rを使っていると、稀に、パッケージのバージョン違いで問題が起こることがあります。 そのとき、以前の古いバージョンのパッケージをインストールす…

はじめに Rパッケージのセットアップ PubMed全体でキーワード検索をやってみる 少し脱線して、年ごとの論文数をまとめてみた 本題に入って、googletransによる論文情報の和訳とレポート作成をやってみる まとめ 全Rコード in gist 補足 MEDLINEタグ情報*5 Pu…

はじめに googletransライブラリのメリット・デメリット googletransのインストール reticulateのセットアップ RからPython googletransを呼び出す googletransの実行 まとめ 補足 Rから、Python ライブラリのヘルプ表示 googleLanguageRの「No authorizatio…

はじめに Keras/TensorFlowのセットアップ 手書き文字MNISTデータセットの用意 Autoencoderのモデル構築 シンプルAutoencoderモデル ０１ RStudioセッションの初期化 シンプルAutoencoderモデル ０２ シンプルAutoencoderモデル ０３ 各モデルのlossの比較 …

はじめに まずは、 ターミナルを立ち上げて、Macの実行環境確認 jupyterの設定 jupyter notebook のインストール jupyter lab のインストール いまさらながら、python2の設定（失敗） Rの設定 ibashの設定 SPARQLの設定 ijsの設定 まとめ 補足 jupyterのipyn…

はじめに 実行環境 検証用のファイル生成 opensslコマンドを用いた、ランダム文字列の生成 echoとtrコマンドを用いた文字列の生成 seqコマンドを用いた連番数字の生成 seqコマンドを用いた検証用ファイルの生成 Rでのファイル読み込み検証 utils::read.table…

はじめに CRAN系 CRAN Task Views The R Journal RWeekly.org CRANberries RStudio系 R Views RStudio Blog RStudio AI Blog Conductor系 Bioconductor Neuroconductor その他 rOpenSci seekR R bloggers Awesome DataCamp はじめに 特に、パッケージユーザ…

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server（RStudioサーバー）の構築法は推奨しておらず（2020年9月13日現在）、この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 はじめに macOS X編 RStudio Serv…