R
SimStringライブラリは、 類似文字列検索のための高速かつシンプルなライブラリである。 類似文字列検索とは、文字列集合の中から、特定のクエリ文字列との類似度が閾値以上のものを見つけ出す処理のことをいう。 類似検索では、クエリと完全には一致しなく…
Rでの、文字列の抽出/切り出し、検出について、いろいろと試してまとめてみた。 主に、baseやstringrのパッケージを扱った。 関連パッケージをロードする library(stringr) library(readr) 文字列の抽出/切り出しについて stringr::str_extract関数、stringr…
Rでの文字列処理について、いろいろと試してまとめてみた。 このシリーズでは、主に、baseやstringr、stringdistとかのパッケージを扱う。 今回は、文字列距離を使って、近似的文字列をマッティングする方法を紹介する。 下準備について ###################…
wgetのデフォルトログが冗長な問題があって、その対策を検討してみた。 wgetの使い方の基本は、過去の記事を参考のこと。 skume.net skume.net Googleドライブからのファイルダウンロード Googleドライブに置いてあるZipファイル(10MBくらい)のwgetダウンロ…
今回、Rでの文字列の検出について、いろいろと試してみた。 主に、base、stringrのパッケージを扱う。 Rでの文字列処理に関する過去記事 skume.net skume.net 下準備について ######################## #シリーズ共通 ######################## #必要なパッ…
RのSlack APIであるslackrパッケージの使い方について、いろいろとまとめてみた*1。 APIの諸設定、基本的なslackrの使い方に加えて、新着論文情報をRからチャネルに送信するプログラムも実装してみた。 まずは、Salck API設定の手順からはじめよう。 Salck A…
Rでの文字列ベクトルの連結とカウントについて、いろいろと試してまとめてみた。 主に、baseやstringrとかのパッケージ内の関数群を扱う。 文字列の連結・結合は普段もよく使うので簡単と思ってたけど、いろいろと試してみると奥が深いかも。 下準備について…
正規分布に従うデータ（乱数）を、異なるサンプルサイズで準備して、 それらデータについて、ヒストグラム・密度分布、累積分布、Q-Qプロットとかで可視化して、 アニメーションにもしてみた。 以下のアニメーションを作成した。 実験的に、こういうのを試す…
Kaggle（読み方は「ケグル」？？、どうも「カグル」らしい）は、世界中のデータサイエンティストや統計分析者がその最適モデルを競い合う、予測モデリング及び分析手法関連プラットフォームである*1。 この記事では、Terminalを使わずに、R上からすべてのKag…
CentOS７でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。 結局、デフォルトのままだと、EPELリポジトリが無効になっているっぽい。 まずは、パッケージのバージョンを最新版にあげておく、 #リポジトリのアップデートなど $ sudo yum update #OR…
R言語でのフォルダ操作（作成・削除・コピー・名前変更・移動）に関する関数について、色々とまとめてみた*1。 フォルダの作成・削除について #フォルダの存在確認 dir.exists("01_test") #[1] FALSE => 「01_test」というフォルダが存在していない #フォル…
今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを（広く浅く）紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…
またもや、ジミーなトピックであるが、空リストlist()と空ベクトルc()について取り上げてみる。 こういうジミーな技術の積み重ねがスキル向上に繋がるんだと思うんけどね。 今回の内容 空リストlist()からリストを作成する 空ベクトルc()からベクトルを作成…
ある数値・文字列が、こっちのベクトルにも含まれるのか、何番目に出現するのか等を考えると、しばしば悩ましい状況がある。 このような、ベクトル間の関係性を調べる方法を紹介する。 （１）あるベクトルから他ベクトルに「含まれる要素」あるいは「含まれ…
楽なので、Rのplot()時に、レインボー色（grDevices::rainbow）を使うんだけど、 お世辞にも良い色とは言えず、ドギツイ色を使うねと周囲から言われる。 今回、それを挽回するために、そのレインボー色を和らげる方法を紹介する。 rainbow関数では、16進数で…
Rを使っていると、稀に、パッケージのバージョン違いで問題が起こる。 そのとき、以前のバージョンのパッケージをインストールする必要がでてくる。 以前のバージョンをインストールする場合には、まず、CRANのパッケージのページにいく。 例えば、psychパッ…
論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨（Abstract）を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…
「R/Keras/TensorFlowでやるディープラーニングのすゝめ」の連載２回目です。 【１】では、ベクトルデータに対する Autoencoderを取り上げたが、 今回は、 2D Convolutional Neural Network (CNN: 畳み込みニューラルネットワーク) を使ったAutoencoderの実…
Rの reticulateパッケージは、Python と R の連携性を高めるツール群である*1。 つまりは、Rセッション内でPythonのスクリプトやライブラリをインポートして、シームレスにPythonコードを実行できるなど、RからPythonを呼び出すことができる。 また、RとPyth…
Rで、ディープラーニング( Deep Learning )をやるというのが最近の活動である。 【１】では、教師なしニューラルネットワークであるAutoencoder（オートエンコーダー）のsimple modelを実装してみる。 Autoencoder は、Encoder（元データから低次元への変換…
最近、ヨーグルト作りにハマっている。 種菌（いわゆる、0.1L 飲むヨーグルト）から、１０倍量（1L）のヨーグルトを作っている。飲むヨーグルト１本は、だいたい１００円くらいなので、１０倍量で１０００円となって、必要経費を引いても、だいたい７００円…
今までほぼやってなかったけど、さっき使ってみて思いの外便利だったので、今後はこれを使いたいと強いメッセージを込めて、これのみでメモっておく。 まずは、エクセルの任意のセルを選択して、command + c でコピーする。 Rを起動して、以下のコマンドを打…
Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という２種類のタイプ…
最近、数GBを超えるテキストデータを扱うようになり、今更ながら、Rのファイル読み込み関数の速度比較について一度検討してみた。 今回、以下の３つのファイル読み込み関数について調査してみた。 utils::read.table関数 data.table::fread関数 readr::read_…
htmlwidgets for R パッケージは、Rでインタラクティブな図が作成できる王道的なパッケージであり、それを使った色々な依存パッケージが開発されている。 www.htmlwidgets.org 今回、htmlwidgetsのshowcaseにある１２パッケージをHatena Blog内の図表として…
特に、パッケージユーザーとしては、Rパッケージの開発状況を定期的にフォローして、日常の解析作業にいち早く取り入れていくのが良いだろう。 Rパッケージを探索する際の一助となればと、参考となる情報サイトをまとめてみた。 CRAN系 CRAN Task Views 解析…
この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server（RStudioサーバー）の構築法は推奨しておらず（2020年9月13日現在）、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com (adsbygoo…
