CentOS７でのR言語のインストールにハマったので、メモを残しておく。 結局、デフォルトのままだと、EPELリポジトリが無効になっているっぽい。 まずは、パッケージのバージョンを最新版にあげておく、 #リポジトリのアップデートなど $ sudo yum update #OR…

最近、CentOS７で、R言語のインストールでややハマった件

R言語でのフォルダ操作（作成・削除・コピー・名前変更・移動）に関する関数について、色々とまとめてみた*1。 フォルダの作成・削除について #フォルダの存在確認 dir.exists("01_test") #[1] FALSE => 「01_test」というフォルダが存在していない #フォル…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】フォルダ・ディレクトリの作成・削除・コピー・名前変更 〜フォルダが存在しない時にだけ作成を実行する〜

今回、画像処理・画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを（広く浅く）紹介する。 調査対象は、CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN) とかで、検索キーワードは、imag(e), microscop(y) あたりで調べた。 あと、…

画像解析関連のRパッケージについて調査してみた件 〜ANTsRNetを用いた、RにおけるU-NETの実装事例〜

またもや、ジミーなトピックであるが、空リストlist()と空ベクトルc()について取り上げてみる。 こういうジミーな技術の積み重ねがスキル向上に繋がるんだと思うんけどね。 今回の内容 空リストlist()からリストを作成する 空ベクトルc()からベクトルを作成…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】空リストの作成とリスト操作、それと空ベクトルを使ったベクトル結合とデータフレーム結合のトピックスを扱う

ある数値・文字列が、こっちのベクトルにも含まれるのか、何番目に出現するのか等を考えると、しばしば悩ましい状況がある。 このような、ベクトル間の関係性を調べる方法を紹介する。 （１）あるベクトルから他ベクトルに「含まれる要素」あるいは「含まれ…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】ベクトルに「含まれる」「含まれない」要素の取り出し、論理値について

楽なので、Rのplot()時に、レインボー色（grDevices::rainbow）を使うんだけど、 お世辞にも良い色とは言えず、ドギツイ色を使うねと周囲から言われる。 今回、それを挽回するために、そのレインボー色を和らげる方法を紹介する。 rainbow関数では、16進数で…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】Rのどぎついレインボー・カラーを和らげて、使える色へと変換するTipsについて

Rを使っていると、稀に、パッケージのバージョン違いで問題が起こる。 そのとき、以前のバージョンのパッケージをインストールする必要がでてくる。 以前のバージョンをインストールする場合には、まず、CRANのパッケージのページにいく。 例えば、psychパッ…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】時々にしたくなる、Rの古いバージョンのパッケージ（The previous version packages）をインストールする件

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨（Abstract）を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

「R/Keras/TensorFlowでやるディープラーニングのすゝめ」の連載２回目です。 【１】では、ベクトルデータに対する Autoencoderを取り上げたが、 今回は、 2D Convolutional Neural Network (CNN: 畳み込みニューラルネットワーク) を使ったAutoencoderの実…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その２】教師なしニューラルネットワーク Autoencoder with 2D CNNの実装、そして色ムラ・ノイズ除去(Denoising)をやってみた件

Rの reticulateパッケージは、Python と R の連携性を高めるツール群である*1。 つまりは、Rセッション内でPythonのスクリプトやライブラリをインポートして、シームレスにPythonコードを実行できるなど、RからPythonを呼び出すことができる。 また、RとPyth…

Rの「reticulate」を使えば、Pythonライブラリがインポート・実行できる。そして、R上で「googletrans」を用いた日英翻訳をやってみた件

Rで、ディープラーニング( Deep Learning )をやるというのが最近の活動である。 【１】では、教師なしニューラルネットワークであるAutoencoder（オートエンコーダー）のsimple modelを実装してみる。 Autoencoder は、Encoder（元データから低次元への変換…

R/Keras/TensorFlowでやる『ディープラーニング(Deep Learning)』のすゝめ【その１】教師なしニューラルネットワークDeep Autoencoder のsimple modelをやってみた件

最近、ヨーグルト作りにハマっている。 種菌（いわゆる、0.1L 飲むヨーグルト）から、１０倍量（1L）のヨーグルトを作っている。飲むヨーグルト１本は、だいたい１００円くらいなので、１０倍量で１０００円となって、必要経費を引いても、だいたい７００円…

１０倍量のヨーグルトを作りながら、菌の増殖曲線を考えてみた件

今までほぼやってなかったけど、さっき使ってみて思いの外便利だったので、今後はこれを使いたいと強いメッセージを込めて、これのみでメモっておく。 まずは、エクセルの任意のセルを選択して、command + c でコピーする。 Rを起動して、以下のコマンドを打…

【Rのジミ〜な小技シリーズ】エクセルのセルをコピーして、クリップボードのまま、Rのread.tableでデータフレームとして直接読み込む時の方法

Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という２種類のタイプ…

Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

最近、数GBを超えるテキストデータを扱うようになり、今更ながら、Rのファイル読み込み関数の速度比較について一度検討してみた。 今回、以下の３つのファイル読み込み関数について調査してみた。 utils::read.table関数 data.table::fread関数 readr::read_…

【R言語】データサイズ・行数が異なるテキストファイルにおけるファイル読み込み関数の速度比較

htmlwidgets for R パッケージは、Rでインタラクティブな図が作成できる王道的なパッケージであり、それを使った色々な依存パッケージが開発されている。 www.htmlwidgets.org 今回、htmlwidgetsのshowcaseにある１２パッケージをHatena Blog内の図表として…

htmlwidgets for R のShowcaseにあるパッケージがCodePenでブログ表示できるかを調べた件

特に、パッケージユーザーとしては、Rパッケージの開発状況を定期的にフォローして、日常の解析作業にいち早く取り入れていくのが良いだろう。 Rパッケージを探索する際の一助となればと、参考となる情報サイトをまとめてみた。 CRAN系 CRAN Task Views 解析…

Rパッケージ探索のための情報サイトをまとめてみた件 〜2020年版〜

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Serverの構築法は推奨しておらず（2020年9月13日現在）、 この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 skume.hatenablog.com (adsbygoogle = window.adsbyg…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定