京橋のバイオインフォマティシャンの日常

まずは、データ分析、コマンドラインのメモとして

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Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

Mac Homebrew Homebrew - python Python Terminalコマンド - mv Terminalコマンド - which Terminalコマンド - brew

pythonの古いバージョン（例えば、3.8とか）をインストールしたいとき、 パッケージのlinkをしないと、それが使えなくなっている。 今回、python3.8をbrewでインストールして、パッケージのlinkをやり直して、 コマンド名を「python」に書き換えるまでをやっ…

PubMed API と googletrans を使って、PubMed掲載論文のAbstract和訳をRでやってみた件

Mac Python R テキスト処理 Python - Googletrans PubMed トレンド解析 グラフ可視化 翻訳 R - reticulate R - RISmed R - plotly R - magrittr

論文のトレンド解析であったり、個別の論文情報、主に要旨（Abstract）を取得してみた。 もう少し発展させて、Abstractの英文テキストの和訳をして、Rmarkdownのレポート作成するまでをやってみた。 今回扱う、RISmed パッケージは、PubMedを含むNational Ce…

R言語
googletrans
PubMed
トレンド解析
reticulate
RISmed
plotly
magrittr

Rの「reticulate」を使えば、Pythonライブラリがインポート・実行できる。そして、R上で「googletrans」を用いた日英翻訳をやってみた件

Python - Googletrans R Python テキスト処理 翻訳 R - reticulate R - googleLanguageR

Rの reticulateパッケージは、Python と R の連携性を高めるツール群である*1。 つまりは、Rセッション内でPythonのスクリプトやライブラリをインポートして、シームレスにPythonコードを実行できるなど、RからPythonを呼び出すことができる。 また、RとPyth…

Jupyterで、RとかPythonとかシェルとかのセットアップをするの巻

Mac Python R Terminalコマンド Jupyter Terminalコマンド - python

Jupyter (ジュピター) は、対話型プログラミング用のブラウザ・インターフェイス と言えば良いのかな。PythonとかRとか、数十のプログラミング言語の動作環境として使えるのが魅力である。 大別して、Jupyter notebook と Jupyter lab という２種類のタイプ…

Homebrew を使って、Python３をインストールしたときの設定諸々

Homebrew Python Mac Terminalコマンド Terminalコマンド - brew

Anacondaは使わずに、 Homebrewでインストールして、Python３をPyhonコマンド、pip3をpipコマンドとして使う。IDEは重たくて使わないという、非Anaconda派に向けて。 私はPythonもRStudio派ですけど。 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); H…