京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Homebrew

Homebrew を使って、Python 3.9 をインストールしたときの設定諸々 〜インストール先が「/opt/homebrew/bin」になってるよ!!〜

はじめに(2022年1月アップデート版) Homebrew でPython3をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python3 をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …

Mac Homebrewで、pandocのインストール

はじめに pandocのインストール はじめに R/Knitで、bibtexのリファレンスの処理ができなくなったと思ったら、pandocが消えてるっぽい。 Pandocというのは、文書作成ツール や出版作業時に用いられるドキュメント・コンバータの1つであり、、、、 なので、p…

こういうキラーアプリを探していた!!重複ファイルを検索・削除するツール dupeguru を使ってみた件

はじめに dupeguruのインストール・実行 dupeguruの使い方の概要 まとめ 参考資料 はじめに 今回の記事は、コンピュータ上の重複ファイルを検索するソフトウェア「dupeguru」を紹介します。。 このソフトウェアでは、 ファイル名またはコンテンツのいずれか…

pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

はじめに MacTexのインストール universal-darwinの方にもパスの設定 tlmgr のパス確認とアップデート 参考記事 はじめに OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその1つである、MacTexをインストールした時の話であ…

RからのKaggleコマンド実行のTips 〜コンペ一覧・データセット取得・submitなどを一通りやってみた。Predictionはまた今度で編〜

はじめに Kaggleコマンドの使い方 基本的な文法 【1】コンペ一覧の表示①: 全一覧の表示 【2】コンペ一覧の表示②: titanicで検索した一覧の表示 【3】コンペ・ランキングの表示: titanic 【4】コンペ・データセットの表示: titanic 【5】コンペ・データ…

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョンのインストール python@3.8へとlinkを書き換える pythonとpip関連コマンドのエイリアス名を書き換える 補足 pythonの古いバージョンのインストール pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージ…

これから「Mac版ImageJ/Fiji」はHomeBrewでインストールしよう!!

はじめに brewコマンドでのfijiのインストール はじめに 最近ではMacOS Xのフォルダ/ファイルのアクセス制限から、Fijiのインストールすら、不便になってきた。 Fiji(Fiji)のHPから、アプリをダウンロードしてきたのだが、「read-only」のエラーが出て、F…

【R言語と形態素解析】R環境/reticulateで実行する、Python版Sudachi『SudachiPy』による日本語形態素解析

はじめに 実行環境 SudachiPyのデフォルト・インストール Sudachi 辞書 fullの設定 R環境でのコマンドライン版sudachipyの実行 R環境でのPythonパッケージ版sudachipyの実行 自作関数SudachiTokenizerRについて まとめ 補足 Rはイチスタート、Pythonはゼロス…

GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

はじめに 実行環境 git のインストールとログイン gitのインストール・コマンドの実行 はじめの設定 gitコマンドの使い方 (1)ローカルフォルダ作成からやる場合 (2)GitHubリモートリポジトリを作成してからやる場合 .DS_Storeに関する補足 gistのイン…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

はじめに macOS X編 RStudio ServerのインストールのTips*3 実行環境 Rとか関連パッケージをHomebrewでインストールする RStudio Serverをインストールする To complete the installation of RStudio Server 続けて、RStudio Serverの設定が必要である。 rse…

Homebrewで OpenJDK の特定バージョンをインストールするときのTips

Homebrewのインストール・環境設定のやり方については以前の記事を参考に Java について バージョン対応表 brewを使って、OpenJDK 12 をMacにインストールする方法 AdoptOpenJDK/openjdk の formula を追加する OpenJDK (コマンドでは小文字) を検索しておく…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…