Terminalコマンド - open
NCBI
シークエンスデータの取得
NGSデータ
SRA Toolkit
fastq-dump
vdb-config
SRA
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - open
Terminalコマンド - echo
パス設定
FASTQ形式
FASTA形式
R - バイオインフォ
FASTQファイル
はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…
.DS_Store を消したら悲劇が。。。 .DS_Store を消していたら、Macの設定がいろいろと消えてしまいました*1。。。なんてこった！！ 現在、MacOS X 10.15.7を使っていますが、スティッキーズのデータ復旧が以前のバージョンとやや変わっているようです。 実際…
バーチャルスライド画像
Mac
画像解析 - Fiji/ImageJ
画像解析 - NDPITools
Terminalコマンド - ndpisplit
Terminalコマンド - wget
Terminalコマンド - which
Terminalコマンド - chmod
Terminalコマンド - open
Terminalコマンド - mkdir
Terminalコマンド - mv
Terminalコマンド - cd
はじめに 今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式…
