京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド - which

RからのKaggleコマンド実行のTips 〜コンペ一覧・データセット取得・submitなどを一通りやってみた。Predictionはまた今度で編〜

はじめに Kaggleコマンドの使い方 基本的な文法 【1】コンペ一覧の表示①: 全一覧の表示 【2】コンペ一覧の表示②: titanicで検索した一覧の表示 【3】コンペ・ランキングの表示: titanic 【4】コンペ・データセットの表示: titanic 【5】コンペ・データ…

Mac brew で、pythonの古いバージョンを管理するときのTips 〜「python3」から「python」にコマンド名を書き換える〜

pythonの古いバージョンのインストール python@3.8へとlinkを書き換える pythonとpip関連コマンドのエイリアス名を書き換える 補足 pythonの古いバージョンのインストール pythonの古いバージョン(例えば、3.8とか)をインストールしたいとき、 パッケージ…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

はじめに NDPIToolsのセットアップ NDPIテストファイルのダウンロード ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開 Fiji/ImageJでのCompress TIFFのインポート&エクスポート ImageJマクロでの実行 まとめ ImageJ & 画像解析に関する入門書 補足 Fiji/Image…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト(text.txt)をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…