はじめに - AutoDock Vina AutoDockは、 30年近く開発が進められている、分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つです。 主に、タンパク質–リガンドのドッキングに利用されています。 2009年からオープンソース・ソフトウェアとなり、非商業的利用…

はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…

wgetのデフォルトログが冗長な問題があって、その対策を検討してみた。 wgetの使い方の基本は、過去の記事を参考のこと。 skume.net skume.net Googleドライブからのファイルダウンロード Googleドライブに置いてあるZipファイル(10MBくらい)のwgetダウンロ…

シングルバイト文字・マルチバイト文字 「シングルバイト文字」は、１バイト（7ビット、または8ビット）のデータ量で表現できる文字である。文字コードとしては、ASCIIコードなどが該当する。 一方、ダブルバイト文字は、１文字を2バイト以上（16ビット以上…

はじめに Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないということがある。 今回、「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせる実行例を取り上げる。 #Docker のインストール $ brew install --cask docker #Docker.appの起動 $ open …

はじめに 最近、データを置いておくのに良さそうな公共リポジトリが見つからず、 やっぱ、Google Driveを使うのが無難かなと思いだしたので、その関連記事を書いてみた。 今回、Google Driveをデータリポジトリとして、データを公開して、 コマンドラインで…

はじめに 今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。 NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式…

はじめに grep コマンドは、AppleのHPにファイル内の文字列を探すツールであると説明されているが、 grep コマンドを知ると、単に「文字列を探す」だけでなく、 いろいろな応用的な操作ができるようになる。 この記事では、Mac版 grepコマンド の基本的なテ…

はじめに 大学時代には、MacPortsを使っていたが、 ある後輩に勧められ、Homebrewを使うようになった。 特に、MacPortsがどうとかいうわけではないが、 それ以降、Macでのパッケージ・インストールは、Homebrew で行っている*1。 Homebrew は、macOS X用のパ…