京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

Terminalコマンド - wget

【Mac/R/wgetコマンド】NCBIのE-utilitiesサービスを使って、RefSeqのFASTAファイルをダウンロードするTipsについて

はじめに NCBI RefSeqのFTPサイトについて NCBIのE-utilitiesサービスを使った、RefSeqのダウンロード方法について 枯草菌(Bacillus subtilis)のRefSeqのダウンロード実行について 枯草菌について Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete ge…

Mac版wgetコマンドのプログレス・ログ詳細を表示させないTips

はじめに - 問題提起 Googleドライブからのファイルダウンロード デフォルトログ表示への対策 R言語でのwget実行 参考資料 はじめに - 問題提起 wgetコマンドを使ってたら、そのデフォルトログが冗長で嫌になりませんか?? 今回の記事では、その対策として…

M1 Mac環境で、flash2を使ってペアエンドfastqをマージしてみた件

はじめに FLASHの原著論文 今回のzsh実行環境 M1 Macにおけるflash2のインストール flash2によるペアエンドfastqのマージ実行 GAGEからペアエンドのfastqデータを取得する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 補足 FASTQ形式からFASTA形式への変換 - sed…

M1チップ搭載の MacBook Air におけるAutoDock Vina (1.2.2) の諸設定とドッキングシミュレーションについて

はじめに - AutoDock Vina 原著論文 - AutoDock Vina - 今回やること セットアップ brewの設定 brewコマンドを用いたパッケージのセットアップ Autodock Vina 1.2.2のセットアップ AutoDock Vinaのチュートリアル「basic_docking」を実行してみる 実行時のコ…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…

文字コード変換のLINUXコマンド 〜文字化け変換、シングルバイト文字、マルチバイト文字、JIS、Shift_JIS、UTF-8、BOM付きUTF-8、Unicodeエスケープ文字、URLエンコードなどの諸問題について〜

シングルバイト文字・マルチバイト文字 UTF・BOM Unicodeエスケープ文字・パーセントエンコード文字 nkfコマンドの基本的な使い方 nkfコマンドでの文字コードの変換例 UTF-8からUTF-8(BOM付)への変換 Unicodeエスケープシーケンス形式を日本語文字に変換す…

Mac Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンを「1.27.4」から「1.28.4」にアップグレードさせるTips

はじめに docker-compose 1.28.4 をGitHubリポジトリからダウンロード・インストール 【追記 2021/4/13】Mac docker-compose 1.26.2 を 1.27.4 にアップグレードする まとめ はじめに Dockerインストール後に、docker-compose のバージョンが合わないという…

Mac版wgetでGoogle DriveからファイルをダウンロードするTips〜フォルダの共通設定からwgetコマンド実行まで〜

はじめに テストファイルの生成 Google Driveの共通フォルダ設定・ファイルアップロード ファイルURLの取得・書き換え wgetでのファイル・ダウンロード 小さいファイルの場合 大きいファイル(100MB以上)の場合 まとめ 補足 gdrive_downloadのスクリプト 参…

バーチャルスライドスキャナー画像(.ndpi)からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

はじめに NDPIToolsのセットアップ NDPIテストファイルのダウンロード ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開 Fiji/ImageJでのCompress TIFFのインポート&エクスポート ImageJマクロでの実行 まとめ ImageJ & 画像解析に関する入門書 補足 Fiji/Image…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト(text.txt)をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…