京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

R - バイオインフォ

Mac版のSRA-toolkitのprefetchコマンドを使用して、SRA(Sequence Read Archive)ファイルをダウンロードしてみた件

SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net prefetchコマンドについて prefetchは、SRA(Sequence Read Archive)、dbGaP、ADSPデータのコマンドライン・ダウンロードを行うSRA Toolkit内のツールである。 prefetchコマンド…

R/ShortReadパッケージを使って、FASTQ形式ファイルを読み込む

はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を用いる。 readFast…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…