京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2021-12-01から1ヶ月間の記事一覧

Wikipedia 英語記事「COVID-19」の日本語訳を公開してみた【その1: COVIDの概要】

はじめに 概要 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容だった…

最も重要な ribosomal RNA(rRNA)の1つである『16S rRNA』の生命科学的な話

リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である リボソーマルRNA(rRNA) 16S rRNA とは?? 16S rRNAの特徴 16S rRNA 遺伝子検出と次世代シーケンスの利用 まとめ 参考資料 リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である まず、リボソーム(riboso…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…

Macで、DS_Storeとか、Rの隠しファイルをバッチファイル(.command)で削除するTips

はじめに .commandのバッチファイルを作成する shスクリプトをコピペする .commandファイルに実行権限を与える 補足: chmodの使い方 はじめに Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがある…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その3

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その2

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「Coronavirus / コロナウイルス」の日本語訳 その1

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

Wikipedia 英語記事「HIV(ヒト免疫不全ウイルス)の構造とゲノム」の日本語訳 その2

はじめに Genome organization / ゲノム構造 Viral structural proteins / ウイルス構造タンパク質 Essential regulatory elements / 必須の規制要素 Accessory regulatory proteins / アクセサリー制御タンパク質 RNA secondary structure / RNAの二次構造 …

MacでPower Point(パワポ)ファイル(.pptx)を展開して、xmlファイル、画像メディアなどの構成ファイルを見る方法 〜パワポファイルがクラッシュしたときのファイル修復・普及に使える〜

前書き 解凍ソフトウェアのインストール ファイルの拡張子をpptxからzipに変更する The Unarchiverでzipファイルに展開する 同じ名前のフォルダが解凍されると、ほぼ完了である。 まとめ 前書き 今回、やることは、タイトルの通りである。 パワポファイル(.…

Wikipedia 英語記事「HIV(ヒト免疫不全ウイルス)の構造とゲノム」の日本語訳 その1

はじめに 概要 Structure / 構造 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月13日現在のWikipedia 英語記事「Structure and genome of HIV」を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ペー…

R言語で核酸配列データを扱ってみた件【その1: 生物学的配列の検索と解析パッケージ seqinr】

はじめに DNAの基礎知識 seqinrパッケージのインストール seqinrパッケージを使って、DNA配列データを扱う 配列データを使った基本的な処理 seqinr::AAstat 関数 補足 seqinr: Biological Sequences Retrieval and Analysis DNAコドン表 RNAコドン表 はじめ…

R言語で『eval + parse + paste関数』を使って、文字列をRプログラムとして実行するTips

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

Macターミナルのコマンドライン先頭に表示されるディレクトリ表示を無くすTips【zsh編】

はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina(10.15)より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell(zsh)に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…

Macで、RをTerminalコマンドでアンインストールするときにやること

Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI(R.APP)とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その4

はじめに History / ヒストリー Reported cases / 報告された事例 Market reactions / マーケットの反応 International response / 国際的な対応 はじめに この記事は、2021年12月8日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳し…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その3

はじめに Prevention / 予防 Treatment / 治療 Epidemiology / 疫学 統計 / Statistics その4に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その2

はじめに Signs and symptoms / 兆候と症状 Characteristics / 特徴 Diagnosis / 診断 その3に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

Wikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 オミクロン変異体」の日本語訳 その1

はじめに 概要 Classification / 分類 Nomenclature / 命名法 Mutations / 変異 Possible consequences / 想定される影響 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月5日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものであ…