R言語で使用できるデータセット一覧 〜 R package ‘datasets’ version 4.1.0 〜

2021年４月現在、R言語で使用できるデータセット一覧をまとめてみた。

概要の和訳部分は、DeepLにて機械翻訳した。

# ToothGrowth の使用例
libary(datasets)

data(ToothGrowth)

head(ToothGrowth)
#   len supp dose
#1  4.2   VC  0.5
#2 11.5   VC  0.5
#3  7.3   VC  0.5
#4  5.8   VC  0.5
#5  6.4   VC  0.5
#6 10.0   VC  0.5

データセット一覧

データセット名	Description	概要説明 by DeepL
-- A --
ability.cov	Ability and Intelligence Tests	能力・知能テスト
airmiles	Passenger Miles on Commercial US Airlines, 1937-1960	米国民間航空会社の旅客マイル数、1937-1960年
AirPassengers	Monthly Airline Passenger Numbers 1949-1960	月間航空旅客数、1949-1960年
airquality	New York Air Quality Measurements	ニューヨークの大気環境測定
anscombe	Anscombe's Quartet of 'Identical' Simple Linear Regressions	Anscombeの4つの「同一の」単純線形回帰法
attenu	The Joyner-Boore Attenuation Data	Joyner-Boore 減衰データ
attitude	The Chatterjee-Price Attitude Data	Chatterjee-Price Attitude Data（チャタジー・プライス態度データ
austres	Quarterly Time Series of the Number of Australian Residents	オーストラリア人居住者数の四半期時系列データ
-- B --
beaver1	Body Temperature Series of Two Beavers	2匹のビーバーの体温系列
beaver2	Body Temperature Series of Two Beavers	2匹のビーバーの体温系列
beavers	Body Temperature Series of Two Beavers	2匹のビーバーの体温シリーズ
BJsales	Sales Data with Leading Indicator	先行指標付き売上データ
BJsales.lead	Sales Data with Leading Indicator	先行指標付き販売データ
BOD	Biochemical Oxygen Demand	生物化学的酸素要求量
-- C --
cars	Speed and Stopping Distances of Cars	自動車の速度と停止距離
ChickWeight	Weight versus age of chicks on different diets	異なる飼料を与えた場合のヒナの体重と年齢の関係
chickwts	Chicken Weights by Feed Type	飼料別の鶏の体重
CO2	Carbon Dioxide Uptake in Grass Plants	イネ科植物の炭酸ガス吸収量
co2	Mauna Loa Atmospheric CO2 Concentration	マウナロアの大気中の二酸化炭素濃度
crimtab	Student's 3000 Criminals Data	学生の3000人の犯罪者データ
-- D --
datasets	The R Datasets Package	R Datasetsパッケージ
discoveries	Yearly Numbers of Important Discoveries	重要な発見の年ごとの数
DNase	Elisa assay of DNase	DNaseのエリサアッセイ
-- E --
esoph	Smoking, Alcohol and (O)esophageal Cancer	喫煙・アルコールと食道癌
euro	Conversion Rates of Euro Currencies	ユーロ通貨の換算レート
euro.cross	Conversion Rates of Euro Currencies	ユーロ通貨の換算レート
eurodist	Distances Between European Cities and Between US Cities	ヨーロッパの都市間およびアメリカの都市間の距離
EuStockMarkets	Daily Closing Prices of Major European Stock Indices, 1991-1998	欧州主要株価指数の日次終値（1991-1998年
-- F --
faithful	Old Faithful Geyser Data	オールドフェイスフル間欠泉のデータ
fdeaths	Monthly Deaths from Lung Diseases in the UK	英国における肺疾患による月間死亡者数
Formaldehyde	Determination of Formaldehyde	ホルムアルデヒドの測定値
freeny	Freeny's Revenue Data	Freeny's Revenue Data（英語
freeny.x	Freeny's Revenue Data	Freeny's Revenue Data（フリーニーの収益データ
freeny.y	Freeny's Revenue Data	Freeny's Revenue Data（フリーニーの収益データ
-- H --
HairEyeColor	Hair and Eye Color of Statistics Students	統計学生の髪と目の色
Harman23.cor	Harman Example 2.3	ハーマンの例題2.3
Harman74.cor	Harman Example 7.4	ハーマンの例 7.4
-- I --
Indometh	Pharmacokinetics of Indomethacin	Indomethacinの薬物動態
infert	Infertility after Spontaneous and Induced Abortion	自然流産・人工流産後の不妊症について
InsectSprays	Effectiveness of Insect Sprays	虫除けスプレーの効果
iris	Edgar Anderson's Iris Data	エドガー・アンダーソンの花菖蒲データ
iris3	Edgar Anderson's Iris Data	エドガー・アンダーソンのアイリス・データ
islands	Areas of the World's Major Landmasses	世界の主要なランドマークの面積
-- J --
JohnsonJohnson	Quarterly Earnings per Johnson & Johnson Share	ジョンソン・エンド・ジョンソンの1株あたりの四半期収益
-- L --
LakeHuron	Level of Lake Huron 1875-1972	ヒューロン湖の水位（1875年～1972年
ldeaths	Monthly Deaths from Lung Diseases in the UK	英国における肺疾患による月間死亡者数
lh	Luteinizing Hormone in Blood Samples	血液中の黄体形成ホルモンについて
LifeCycleSavings	Intercountry Life-Cycle Savings Data	国際的なライフサイクルにおける貯蓄データ
Loblolly	Growth of Loblolly pine trees	Loblolly pineの成長
longley	Longley's Economic Regression Data	Longleyの経済回帰データ
lynx	Annual Canadian Lynx trappings 1821-1934	1821-1934年のカナダオオヤマネコの年間捕獲数
-- M --
mdeaths	Monthly Deaths from Lung Diseases in the UK	英国における肺疾患による月間死亡者数
morley	Michelson Speed of Light Data	マイケルソンの光速データ
mtcars	Motor Trend Car Road Tests	モータートレンドの車のロードテスト
-- N --
nhtemp	Average Yearly Temperatures in New Haven	ニューヘブンの年間平均気温
Nile	Flow of the River Nile	ナイル川の流れ
nottem	Average Monthly Temperatures at Nottingham, 1920-1939	ノッティンガムの月別平均気温（1920-1939年
npk	Classical N, P, K Factorial Experiment	古典的なN、P、Kの要因実験
-- O --
occupationalStatus	Occupational Status of Fathers and their Sons	父親とその息子の職業的地位
Orange	Growth of Orange Trees	オレンジの木の成長
OrchardSprays	Potency of Orchard Sprays	果樹園での散布物の効力
-- P --
PlantGrowth	Results from an Experiment on Plant Growth	植物の成長に関する実験の結果
precip	Annual Precipitation in US Cities	米国都市の年間降水量
presidents	Quarterly Approval Ratings of US Presidents	米国大統領の四半期ごとの支持率
pressure	Vapor Pressure of Mercury as a Function of Temperature	水銀の蒸気圧の温度依存性
Puromycin	Reaction Velocity of an Enzymatic Reaction	酵素反応の反応速度
-- Q --
quakes	Locations of Earthquakes off Fiji	フィジーで発生した地震の場所
-- R --
randu	Random Numbers from Congruential Generator RANDU	合同生成器RANDUからの乱数
rivers	Lengths of Major North American Rivers	北米の主要河川の長さ
rock	Measurements on Petroleum Rock Samples	石油岩石試料の測定
-- S --
Seatbelts	Road Casualties in Great Britain 1969-84	イギリスの交通事故死者数 1969-84
sleep	Student's Sleep Data	学生の睡眠データ
stack.loss	Brownlee's Stack Loss Plant Data	Brownleeのスタックロス・プラント・データ
stack.x	Brownlee's Stack Loss Plant Data	ブラウンリー社のスタックロスプラントのデータ
stackloss	Brownlee's Stack Loss Plant Data	ブラウンリー社のスタック・ロス・プラントのデータ
state	US State Facts and Figures	米国の州のデータ
state.abb	US State Facts and Figures	US State Facts and Figures
state.area	US State Facts and Figures	アメリカの州のデータ
state.center	US State Facts and Figures	アメリカの州のデータ
state.division	US State Facts and Figures	アメリカの州のデータ
state.name	US State Facts and Figures	アメリカの州の情報とデータ
state.region	US State Facts and Figures	アメリカの州の情報とデータ
state.x77	US State Facts and Figures	アメリカの州のデータ
sunspot.month	Monthly Sunspot Data, from 1749 to "Present"	月間太陽黒点データ、1749年から "現在 "まで
sunspot.year	Yearly Sunspot Data, 1700-1988	年間の太陽黒点数データ、1700年から1988年
sunspots	Monthly Sunspot Numbers, 1749-1983	月間太陽黒点数、1749年から1983年
swiss	Swiss Fertility and Socioeconomic Indicators (1888) Data	Swiss Fertility and Socioeconomic Indicators (1888) データ
-- T --
Theoph	Pharmacokinetics of Theophylline	テオフィリンの薬物動態
Titanic	Survival of passengers on the Titanic	タイタニック号の乗客の生存率
ToothGrowth	The Effect of Vitamin C on Tooth Growth in Guinea Pigs	モルモットの歯の成長に対するビタミンCの効果
treering	Yearly Treering Data, -6000-1979	年間樹木伐採データ、-6000-1979年
trees	Diameter, Height and Volume for Black Cherry Trees	ブラックチェリーの木の直径、高さ、体積
-- U --
UCBAdmissions	Student Admissions at UC Berkeley	カリフォルニア大学バークレー校における学生の受け入れについて
UKDriverDeaths	Road Casualties in Great Britain 1969-84	英国の交通事故死者数 1969-84
UKgas	UK Quarterly Gas Consumption	英国の四半期ごとのガス消費量
UKLungDeaths	Monthly Deaths from Lung Diseases in the UK	英国における肺疾患による月間死亡者数
USAccDeaths	Accidental Deaths in the US 1973-1978	米国における事故死 1973-1978年
USArrests	Violent Crime Rates by US State	米国の州別凶悪犯罪率
UScitiesD	Distances Between European Cities and Between US Cities	ヨーロッパの都市間および米国の都市間の距離
USJudgeRatings	Lawyers' Ratings of State Judges in the US Superior Court	米国の高等裁判所における州裁判官に対する弁護士の評価
USPersonalExpenditure	Personal Expenditure Data	個人支出のデータ
uspop	Populations Recorded by the US Census	米国国勢調査による人口統計
-- V --
VADeaths	Death Rates in Virginia (1940)	バージニア州の死亡率（1940年
volcano	Topographic Information on Auckland's Maunga Whau Volcano	オークランドのMaunga Whau火山の地形情報
-- W --
warpbreaks	The Number of Breaks in Yarn during Weaving	織物の際の糸の切れ目の数
women	Average Heights and Weights for American Women	アメリカ人女性の平均身長と体重
WorldPhones	The World's Telephones	世界の電話機の数
WWWusage	Internet Usage per Minute	1分あたりのインターネット使用量

Documentation for package ‘datasets’ version 4.1.0

以下のサイトを参照している。

stat.ethz.ch

分子モデリングシミュレーションソフトウェア AutoDock関連資料のまとめ

過去に作成した、Autodock関係の説明資料（AutoDock、AutoDock Vina、Raccoon、Ligplot+）をこちらにもまとめてみた。

AutoDock

AutoDock_japanese_ver.1.0

AutoDock_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

Autodock Vina

AutoDock_vina_japanese_ver.3.0

AutoDock_vina_japanese_ver.3.0 from Satoshi Kume

AutoDock Raccoon

AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0

AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

Ligplot+

Ligplot+_japanese_ver.1.1

Ligplot+_japanese_ver.1.1 from Satoshi Kume

関連webサイト

• https://faculty.missouri.edu/~gatesk/Docking_Assignment.pdf

• vina.scripps.edu

• en.wikipedia.org

• https://pyrx.sourceforge.io/home

AutoDock 原著論文

• AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading

• Computational protein–ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite

AutoDockを使った関連論文

• Comprehensive Evaluation of the Binding of Lipocalin-Type Prostaglandin D Synthase to Poorly Water-Soluble Drugs

• Validation on the molecular docking efficiency of lipocalin family of proteins

• Binding site analysis of potential protease inhibitors of COVID-19 using AutoDock

古いバージョンの資料

AutoDock_vina_japanese_ver.1.0

AutoDock_vina_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

AutoDock_vina_japanese_ver.2.0

AutoDock_vina_japanese_ver.2.0 from Satoshi Kume

Rstudio-Server on CentOS7 のインストール方法 + nginxのリダイレクト設定 について

CentOS7版Rstudio-Serverのインストール方法 + nginx設定についてまとめてみた。

Mac版やDocker版のRstudio-Serverのインストール方法については、以下の記事を参考のこと。

skume.net

skume.net

RStudio Server for Red Hat/CentOS のダウンロード・インストール

RStudio Server を動かすには、RedHat か CentOS 6以上のバージョンが必要である。

また以下の記事を参考にして、CetOS版Rをインストールしておくこと。

skume.net

まず、ターミナルを起動して、以下のコマンドを実行する。

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-1.4.1106-x86_64.rpm

sudo yum install rstudio-server-rhel-1.4.1106-x86_64.rpm

#パス確認
which rstudio-server
#/usr/sbin/rstudio-server

rstudio-serverのパスが通っていれば、OKである。

また、rstudio-serverのステータスを確認しておく。

#ステータス確認
rstudio-server status
#● rstudio-server.service - RStudio Server
 #  Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)
#   Active: active (running) since 火 2021-04-13 13:56:56 JST; 39s ago
#（中略）
#OR
# systemctl status rstudio-server.service

このあたりで、rpmファイルはもう不要なので、削除しておく。

#削除
rm -rf rstudio-server-rhel-1.4.1106-x86_64.rpm

ここで、一度、ウェブブラウザでrstudio-serverに接続してみる。

http://[Your IPアドレス]:8787にアクセスする。

コマンドで開く場合には、

open http://[Your IPアドレス]:8787

rserver.confファイルの設定

次に、rserver.confをvimで編集する。

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf

編集モード(i)にして、以下をコピー&ペーストして、vimを保存(:wq)する。

# Server Configuration File
www-address=127.0.0.1

ちゃんと保存されたかを確認しておく。

#確認
cat /etc/rstudio/rserver.conf

rsession.confファイルの設定

次に、rsession.confをvimで編集する。

sudo vim /etc/rstudio/rsession.conf

同じく、以下をコピー&ペーストして、vimを保存(:wq)する。

# R Session Configuration File
r-cran-repos=https://cran.csiro.au/
session-timeout-minutes=0

ここで、r-cran-reposについては、任意のリポジトリでOK。

こちらも、ちゃんと保存されたかを確認しておく。

#確認
cat /etc/rstudio/rsession.conf

rserver.confとrsession.confが設定できたら、 ひとまず設定を反映させる。

#設定の反映
sudo rstudio-server restart

以下、よく使うrstudio-serverのコマンドを記載しておく。

#スタート
$ sudo rstudio-server start

#ステータス確認
$ sudo rstudio-server status

#リスタート
$ sudo rstudio-server restart

#ストップ
$ sudo rstudio-server stop

CentOS版 nginx の設定

まずは、nginxをインストールして、有効化しておく。

sudo yum install nginx

#バージョン確認
nginx -v
#nginx version: nginx/1.16.1

#有効化
sudo systemctl enable nginx

次に、/etc/nginx/内の設定ファイル（nginx.confとか）を編集する。

#nginxフォルダの確認
ls /etc/nginx

#nginx.confの中身を表示
cat /etc/nginx/nginx.conf

以下のように出力される。

# For more information on configuration, see:
#   * Official English Documentation: http://nginx.org/en/docs/
#   * Official Russian Documentation: http://nginx.org/ru/docs/

user nginx;
worker_processes auto;
error_log /var/log/nginx/error.log;
pid /run/nginx.pid;

# Load dynamic modules. See /usr/share/doc/nginx/README.dynamic.
include /usr/share/nginx/modules/*.conf;

events {
    worker_connections 1024;
}

http {
    log_format  main  '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
                      '$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
                      '"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for"';

    access_log  /var/log/nginx/access.log  main;

    sendfile            on;
    tcp_nopush          on;
    tcp_nodelay         on;
    keepalive_timeout   65;
    types_hash_max_size 2048;

    include             /etc/nginx/mime.types;
    default_type        application/octet-stream;

    # Load modular configuration files from the /etc/nginx/conf.d directory.
    # See http://nginx.org/en/docs/ngx_core_module.html#include
    # for more information.
    include /etc/nginx/conf.d/*.conf;

    server {
        listen       80 default_server;
        listen       [::]:80 default_server;
        server_name  _;
        root         /usr/share/nginx/html;

        # Load configuration files for the default server block.
        include /etc/nginx/default.d/*.conf;

        location / {
        }

        error_page 404 /404.html;
            location = /40x.html {
        }

        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
            location = /50x.html {
        }
    }

# Settings for a TLS enabled server.
#
#    server {
#        listen       443 ssl http2 default_server;
#        listen       [::]:443 ssl http2 default_server;
#        server_name  _;
#        root         /usr/share/nginx/html;
#
#        ssl_certificate "/etc/pki/nginx/server.crt";
#        ssl_certificate_key "/etc/pki/nginx/private/server.key";
#        ssl_session_cache shared:SSL:1m;
#        ssl_session_timeout  10m;
#        ssl_ciphers HIGH:!aNULL:!MD5;
#        ssl_prefer_server_ciphers on;
#
#        # Load configuration files for the default server block.
#        include /etc/nginx/default.d/*.conf;
#
#        location / {
#        }
#
#        error_page 404 /404.html;
#            location = /40x.html {
#        }
#
#        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
#            location = /50x.html {
#        }
#    }

}

nginx.confの再作成・編集

上記を編集しても良いが、再作成するのが手っ取り早いので、その方法を紹介する。

いったんnginx.confを削除して、vimで再作成・編集する。

#削除
sudo rm -rf /etc/nginx/nginx.conf

#再作成・編集
sudo vim /etc/nginx/nginx.conf

そこで、編集モード（i）に変更して、以下をそのままコピー&ペーストする。

user  nginx;
worker_processes  1;

error_log  /var/log/nginx/error.log warn;
pid        /var/run/nginx.pid;


events {
    worker_connections  1024;
}


http {
    include       /etc/nginx/mime.types;
    default_type  application/octet-stream;

    server_tokens off;

    log_format  main  '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
                      '$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
                      '"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for"';

    access_log  /var/log/nginx/access.log  main;

    sendfile        on;
    #tcp_nopush     on;

    keepalive_timeout  65;

    #gzip  on;

    include /etc/nginx/conf.d/default.conf;
}

編集が終われば、vimを保存(:wq)する。

default.confの作成・編集

次に、/etc/nginx/conf.d/default.confファイルを作成・編集する。

sudo vim /etc/nginx/conf.d/default.conf

そして、vimで編集モード（i）に変更して、以下をそのままコピー&ペーストする。

server {
    listen 80;
    server_name localhost;
   
location / {
root  /usr/share/nginx/html;
index index.html index.htm;
}
 
    location /rstudio/ {
      rewrite ^/rstudio/(.*)$ /$1 break;
      proxy_pass http://localhost:8787;
      proxy_redirect http://localhost:8787/ $scheme://$http_host/rstudio/;

    }
  }

編集が終われば、vimを保存(:wq)する。

nginxの再起動

ここまで出来たら、nginxを再起動する。

#nginxの再起動
sudo nginx -s reload

#OR
#停止
# nginx -s stop
#起動
# sudo service nginx start

これで、nginxの設定は終了。

リダイレクトの確認

ウェブブラウザで、以下のアドレスにアクセスできたら、完了。

http://[Your IPアドレス | Your SSID]/rstudio

#OR
#コマンドで開く場合には、
open http://[Your IPアドレス | Your SSID]/rstudio

参照資料

www.rstudio.com