京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

ケモインフォ

【R言語とケモインフォ】PubChemからの化合物の情報・構造の取得、およびOpen-Babelを使ったファイル形式変換についての諸々

はじめに 実行環境 Rパッケージの読み込み Open-Babel & PyMolのインストールについて Open-Babelの基本動作 Open-Babelの関連コマンドについて PubChemからの化合物の情報・構造データの取得 Rで、PubChem化合物データを読み込み 「gluc」あるいは「glyc」…

M1チップ搭載の MacBook Air におけるAutoDock Vina (1.2.2) の使い方とドッキングシミュレーションについて

はじめに - AutoDock Vina 原著論文 - AutoDock Vina - 今回やること セットアップ brewの設定 brewコマンドを用いたパッケージのセットアップ Autodock Vina 1.2.2のセットアップ AutoDock Vinaのチュートリアル「basic_docking」を実行してみる 実行時のコ…

分子モデリングシミュレーションソフトウェア AutoDock関連資料のまとめ

過去に作成した、Autodock関係の説明資料(AutoDock、AutoDock Vina、Raccoon、Ligplot+)をこちらにもまとめてみた。 AutoDock AutoDock_japanese_ver.1.0 AutoDock_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume Autodock Vina AutoDock_vina_japanese_ver.3.0 Auto…