分子モデリングシミュレーションソフトウェア AutoDock関連資料のまとめ

過去に作成した、Autodock関係の説明資料（AutoDock、AutoDock Vina、Raccoon、Ligplot+）をこちらにもまとめてみた。

AutoDock

AutoDock_japanese_ver.1.0

AutoDock_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

Autodock Vina

AutoDock_vina_japanese_ver.3.0

AutoDock_vina_japanese_ver.3.0 from Satoshi Kume

AutoDock Raccoon

AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0

AutoDock_Raccoon_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

Ligplot+

Ligplot+_japanese_ver.1.1

Ligplot+_japanese_ver.1.1 from Satoshi Kume

関連webサイト

• https://faculty.missouri.edu/~gatesk/Docking_Assignment.pdf

• vina.scripps.edu

• en.wikipedia.org

• https://pyrx.sourceforge.io/home

AutoDock 原著論文

• AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading

• Computational protein–ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite

AutoDockを使った関連論文

• Comprehensive Evaluation of the Binding of Lipocalin-Type Prostaglandin D Synthase to Poorly Water-Soluble Drugs

• Validation on the molecular docking efficiency of lipocalin family of proteins

• Binding site analysis of potential protease inhibitors of COVID-19 using AutoDock

古いバージョンの資料

AutoDock_vina_japanese_ver.1.0

AutoDock_vina_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume

AutoDock_vina_japanese_ver.2.0

AutoDock_vina_japanese_ver.2.0 from Satoshi Kume