京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、

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【SRA Toolkitの続編】Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpの高速版「fasterq-dump」を試してみた件

SRA Toolkitの設定 SRA Toolkitの設定は、以前の記事を参考のこと。 skume.net Mac版のSRA Toolkitを設定すれば、 そのままの設定で、fasterq-dumpコマンドも実行できる。 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する SRA toolsの2.9.1リリース…

Mac版のSRA Toolkitを設定して、fastq-dumpを使ってみた件

はじめに - SRA Toolkitについて - SRA Toolkitは、NCBIのデータベースである、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツール群である。 もっと簡単に言うと、コマンドラインでシークエンス・データを取得・処理するための、入れておくと便利なツール群…